都司卫所是明太祖洪武初年建立的一种军事机构，原名都司、行都卫，洪武八年(1375年)改为都指挥使司(简称都司)、行都指挥使司(简称行都司)，到宣德年间逐渐固定下来。
明朝在全国共有十六都司、五行都司、二留守司。在全国十三个布政使司(即行省)都设有一个都司，其军事长官备称为都指挥使，与行省政治长官布政使同驻一城。
山东都司治济南府，浙江都司治杭州府，江西都司治南昌府，福建都司治福州府，湖广都司治武昌府，山西都司治太原府，陕西都司治西安府，四川都司治成都府，广东都司治广州府，广西都司治桂林府，河南都司治开封府，云南都司治云南府(今昆明)，贵州都司治贵阳府。
另外，大宁都司先治大宁卫(今辽宁宁城西)，辖境相当于今天的河北长城以北和辽宁西拉木伦河以南地区，永乐元年(1403年)移治保定府。辽东都司治定辽中卫(今辽阳)，辖境今天的辽宁大部。万全都司治宣府左卫(今河北宣化)，辖境现在的河北省内外长城一线的赤城、怀来以西和宣化、阳原以北地区。奴儿干都司治特林(今俄罗斯远东州)，辖境相当于现在的黑龙江、乌苏里江、松花江到库页岛一带。
行都司则设在“边境海疆”之地，治所不在省城内，以辅助本省都司，管理一部分卫所。陕西行都司治甘州卫(今甘肃张掖)，山西行都司治大同府，福建行都司治建宁府(今南平)，四川行都司治建昌卫(今西昌)，湖广行都司治郧阳府(今湖北郧县)。
洪武十四年(1381年)，朱元璋于安徽凤阳府设置中都留守司，统领凤阳等八卫，专门守护皇陵。嘉靖十八年(1539年)于湖广承天府(今湖北钟祥)置兴都留守司，统领显陵、承天二卫，专门守护显陵，留守司的长官称留守。
都司和行都司为明代地方的最高军事机构，专门统辖各地卫所，分别直隶京师五军都督府。
明初于京师和全国各地皆设有卫所，一府设所，数府设卫，洪武六年(1373年)定制，每卫设前后中左右五千户所，大约五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所。凡一卫统领十个千户所，一个千户所统领十个百户所，每个百户领总旗两个(五十人为一总旗)，一总旗领小旗五个(十人为一小旗)。
又有守御千户所，独驻一地，以守御某地为名，大部分直属于都司管辖，少数隶属于卫。还有屯田千户所、群牧千户所，它们都以农牧为主，品级同守御千户所相当。卫的长官叫指挥使，所的长官称为千户、百户。
据《明史-兵志》记载，洪武二十六年(1393年)，全国共有“内外卫三百二十九，守御千户所六十五。”后来逐渐增加，到明朝末年，“所属卫四百九十有三，所二千五百九十有三，守御千户所三百一十有五。”《明史-地理志》中记载，各卫所皆由各省的都司和行都司分别管理，两直隶(北京和南京)境内的卫所则直属于直隶两京五军都督府。
明代都司卫所的任务，对外具有防止侵略，巩固边防，对内则是镇压国内叛乱，维护统治的工具。留守司只掌管中都和兴都两个皇陵的守御防护任务。自卫指挥使以下的官职大多为世袭制，卫所士卒也大多为父子相继。
国家一旦需要，则有朝廷调遣将官担任总兵官，统率卫所军士出征，待战事平息还朝之后，军士各回卫所驻地。平时由国家拨付耕牛进行屯田生产，并进行军事训练，起先并不与地方政府有任何联系。
后来，由于边境地区地区屯田制度日渐废弛，军士和当地百姓完全融合，卫所为了保证军士的给养，不得不负责治理民政。同时，又于未设置州县的地方皆设置都司卫所，既管军事，又管民政。于是，这两部分卫所，既有军队，也有百姓生活在其中，由单一的军区管理逐渐转变为一种行政区划。
《明史-地理志》中将这种涉及民政较深且拥有大量屯田的卫所被称之为实土卫所，依附于个省布政使司名下。至于内地，因为民户多于军伍，卫所田地较少，且无力治理民政，军需主要靠官府供给，成为无实土卫所，纯粹是一种军事组织。
据《明史-地理志》的记载，十六都司中，辽东都司全部都属于实土卫所，万全都司大半是实土，大宁都司初治大宁路，皆实土，永乐元年(1403年)大宁都司迁往保定府，所辖卫所变为无实土。山东等十三都司及其所辖卫所，因设在各省州县境内，绝大多数无实土，其中只有陕西、四川、湖广、云南、贵州五都司有少数实土卫所。五行都司中，只有陕西、四川有实土卫所，山西、湖广、福建无实土卫所。留守司主要负责守卫皇陵，不参与屯田，所以都没有实土。
都司与布政使司，直隶卫所与直隶州县的区划和辖境，基本上相同，仅有个别卫所不在本省或直隶境内。可以说这是朱元璋所设计的军政分管体系的重要环节，以此杜绝地方割据势力的出现，但由于此后屯田制度的废弛，军士被官宦肆意征用成为他们的私人佃农，最终破坏了原本完善的卫所制度，使其在明朝末年空有大量的纸面人员，但却没有任何实力来维护国家的安定，抵御外族的入侵。