红巾军的失败之处在于分兵三路北伐。在大军转战的时候是不能分散力量的。此外，红巾军起事于中国南北方分界线上，选择北上而非南下也是失败之处。可能是他们研究历史，发现没有政权能够在南迁后复兴。东晋和南宋都是如此，南北朝也是由北方来完成统一的，就连隋炀帝都无法从江都(扬州)北归。南宋高宗从应天府南下准备前往扬州的时候，主战派李纲主张要是避难就应该去西北，并举例说安史之乱中避难西北的肃宗在不久后就收复了长安。然而我们却不能忘了，唐之所以能摆脱危机，是因为一直保有淮南。淮南、江南是富饶的土地。元末动乱中北上的红巾军主力遭遇溃灭，而留存到决战阶段的都是南下的集团。
蒙古骑兵最怕的就是多水路的江南，而且离大本营又远，因为元对江南只能是间接统治，驻防军也不多。最能强烈激发江南人反元感情的莫过于被当成“蛮子”的差别待遇，因此这给了红巾军极大的民间支持。
蒙古骑兵
通过初道考验关卡的江南造反军团之间展开了争霸战，朱元璋成了最后的胜利者。江南有张士诚和陈友谅等军团，浙江有方国珍的海上造反团。四川明玉珍自称夏皇帝，但实力相对弱小。江南的朱、张、陈的三方混战，决定了天下之主的归属。
1352年，二十五岁的朱元璋离开皇觉寺，加入了郭子兴军。据说在一开始，不知何故他被误当成间谍绑了起来，而郭子兴对他的相貌称奇，给他松了绑。因为面相，朱元璋做了十人之长，崭露头角，逐渐受到重用。郭子兴军受元军攻击，损失惨重，因此朱元璋为了补充兵力，回到故乡钟离(安徽省)募兵。他聚集了七百名士兵，任命徐达和汤和等幼时玩伴为将校，加以严格训练。可以说大明帝国的国军就此诞生。
黄觉寺
朱元璋回到郭子兴军后，因发生内部纠纷，他失望地率领自己的军队南下。南下直指富饶地域这一点，显示出朱元璋着眼点的精确。接着，他把途中遭遇到的元军予以全盘接收。虽说是元军，但被赶到战场上的都是当地的贫民子弟。在家庭成员全部饿死的朱元璋眼里，他们不是敌人，而是同一阶层的伙伴，这使他在劝降上应该有说服力。此外，李善长、宋濂、刘基、陶安等知识分子也加入阵营。两万南下军行军秩序肃然，令民众感觉不到流寇的气息。
朱元璋南下时，因郭子兴死去，他就成了名副其实的濠州起兵派红巾军的领袖。禁止杀人，禁止虐待居民的命令被贯彻到了基层。1356年三月朱元璋占领了南京。元称南京为集庆，御史大夫福寿力战朱元璋并战死。入南京城后，朱元璋为福寿郑重举行葬礼，接着把集庆改名应天府。
集庆现代图
与此同时，张士诚也从高邮南下。元右丞相脱脱率领大军包围了高邮，就在他即将放弃的时候，发现元军在天刚亮时出现了混乱，他于是出击并幸运地打跑了敌人。元军之所以发生混乱，是因为总司令脱脱突然失势，顺帝下诏，他被以滥费军财的罪名削去官爵，带去了淮安(安徽省)。实际上这是有个叫哈麻的人恨他，向皇太子和皇后奇氏进谗言的结果。仅有一步之差就能消灭张士诚，可就在这时局势发生逆转，元军溃逃，因此不能不说这是个愚蠢的决定。脱脱在流放云南的途中被毒杀。
顺帝立爱猷识理达腊为皇太子，尽管他统治时间三十年过半，却基本过着退休生活。而且他着迷于喇嘛教的秘仪，任由喇嘛僧在朝廷中横行，而且为秘仪支出了大量经费。忽里台上推举皇帝的蒙古原则已经崩溃。顺帝退休退了一半，皇太子看政看了一半，因此在汉地派、蒙古派之外又产生了皇帝派和皇太子派的对立。
喇嘛僧
元的内讧挽救了张士诚。他从饥荒地域出逃南下，占领了苏州并以此为据点。这是朱元璋占领南京前仅仅一个月的事情。从此，南京和苏州的对立时代开始了。张士诚为了对抗朱元璋，和元讲和，终止王号，受元官爵。这应该算得上是堕落吧。不久，他乘浙江元军不和，入主杭州。为了给自己增加筹码，他给北京运送米粮，还出兵攻击逃往安丰的红巾军，前面已经概述。部将吕珍在安丰杀了刘福通，但因为朱元璋北上救援红巾军，吃了败仗。因为这件事，朱元璋既蔑视张士诚，又对他怀有强烈的憎恨。
朱元璋占领南京的时候，徐寿辉的大军正驻扎在长江上游的湖北蕲州、黄州，跟刘福通和韩林儿的红巾军主力对垒，他们被称为西派红巾军。如前所述，徐寿辉很早以前就建立天完国，定年号为治平，自称皇帝。徐寿辉似乎曾是贩布为业的白莲教信徒，也并不甘心落在主力的下风。
徐寿辉
这个天完国任命的丞相倪文俊在和元军战斗的过程中逐渐得势，图谋取代徐寿辉做皇帝，失败后逃到黄州。倪文俊的部下里有个渔夫出身的陈友谅，杀了倪文俊后接管了军队。倪文俊想取代却反被取代，成了人们的笑料。
陈友谅接管倪文俊的军队是在1357年，之后他从安庆、瑞州开始，攻陷江西池州后得势。就这样，这支军队成了西派红巾军中最强的军团，1360年陈友谅用铁锤击杀徐寿辉后自立，自称汉皇帝。