一直以来，康有为在戊戌变法期间抬出孔子，都被认为是他的权宜之计，是为了减少改革阻力的临时性策略。实际上，创立孔教是康有为变法图强的独立目标，是救亡图存的核心内容。康有为希望通过推崇孔子、改造儒学，进而创立儒教、富国强兵。正如康有为所说：“变法之道，在开教会、定教律而已。”
康有为从小深受儒家文化影响，对儒家思想深信不疑甚至顶礼膜拜，而学习西方新思想则纯属半路出家，所以理解不到位、解读不深刻，甚至断章取义、管中窥豹。正因为此，他竟误以为宗教是西方强盛的根本，是西方社会规范、民众和谐的关键。对照中国，他想到了孔子和儒家思想，想当然地认为中国的儒家崇拜与西方的基督信仰有相似甚至相通的地方，所以，只要对儒家思想进行一定的技术化处理和制度化规范，中国也会逐渐形成与西方基督教并驾齐驱的儒教(又叫孔教)。
当时，各地教案频繁发生，康有为担心一旦无法及时应对、有效处理，政府对社会的管理不仅会逐步失控，中国也有亡国灭种的潜在危险，因此他迫切希望在中国创立本土宗教。
以如何解决教案为切入点，康有为开始了创教构想—仿照西方宗教模式建立孔教，依靠本国的教会与列强的教会订立平等的“教律”。如此一来，既能有效解决棘手的教案问题，又能消除列强入侵的现实借口，还可发展与西方教会的关系。在此基础上，经过长期的“宗教外交”，利用宗教在西方国家的特殊地位，可以有效影响列强的对华政策。乐观的康有为甚至提出了“衍圣公(孔子嫡派后裔的世袭封号)派人直接进驻罗马”的大胆构想，以便直接与教皇定约和交涉。随着对“宗教外交”理解的深入，康有为开始了系统化的宗教构建工作。他极力神话孔子，把儒学宗教化、孔子教主化，把孔子的社会地位推向了历史最高峰。
在理论构建完备后，康有为开始上书光绪帝，请求尊孔教为国教，在中央设立教部，各省建立分部，并号召“天下乡邑增设文庙”，令男女老幼日夜顶礼膜拜。他本人更是身体力行—早在广州万木草堂的时候，他就以孔学为主要教学内容，还专门写了本书;每个月举行一次祭孔大典，每七日开展一次集会读经。
他还模仿西方宗教构造设计了一套规范化、组织化的宗教行政体制—在中央设立“孔教会”，上自王公贵族，下至庶民百姓皆可入会。推举一名学行、品行、能力最佳者当督办，推选多人为会办，从各省入会者中选出优秀者为本省的分办。
另外，康有为还主张进行科举改革，增设道学一科。中举者可以直接担任州县的教官，专门教授儒学、管理儒教;考中生员者，可以取得“讲学生”的资格，由政府统一分配到乡下工作，专门负责乡镇的儒学宣传与儒教组织。
更有甚者，康有为在公车上书中还发出了“明孔、祀孔、尊孔”的呐喊，并建言国人向国外传播孔教。
所以，与其说康有为是一个改革家，倒不如说他是一位宗教家，或者更准确地说是宗教改革家。怪不得康有为当时就有“孔教之马丁·路德”的称号，正如梁启超所说的，“先生(康有为)所以效力于国民者，以宗教事业为最伟;其所以得谤于天下者，亦以宗教事业为最多”。