百日维新的半途，光绪谕示内阁：“着令直隶总督荣禄迅速刷印冯桂芬《校邠庐抗议》一书，并分发各衙门悉心核看，逐条签出……”显然，光绪要把这部呼吁体制革新的旧著，当作维新变法的改革预案来用。
在《校邠庐抗议》中，冯桂芬提出要裁减冗员，分别对清朝的漕运、河务、关口、盐务、督抚诸衙门，以及京官、内外武职等机构的设置与人员问题，提出了裁减方案。冯桂芬认为，国家官员多且滥，如民谚所云，遍地都是“吃饭官”—“今之冗员多矣，不冗于小冗于大，不冗于闲冗于要，不冗于一二冗于十百。”冯桂芬又提出了冗员之害：“国家多一个无所事事的官员，不光多了一个白吃皇粮和白拿俸禄的人，也等于多了一个吸吮、盘剥民脂民膏的人，甚至是多了一个败坏、倾覆国计民生的人。为什么要设置这样拖累人民、贻误国家的官位呢?”
应该说，冯桂芬对官场冗员问题认识深刻，裁汰冗员的建议也很有针对性。但是，裁汰冗员说起来简单，真要付诸实施，不光复杂，甚至难上加难，因此精官简政的机构改革往往无疾而终。为了避免重蹈覆辙，光绪召见康有为，向他咨询具体的裁员之策，康有为对以“不要去掉旧衙门，而只增加新衙门;不要罢黜旧大臣，而只渐渐擢升小臣”的策略。他以为，这样先做“加法”，暂不用“减法”，精官简政就能推行开来。但是，渐渐擢升小臣、信用维新党人，必然会影响那些旧臣的权柄，并引起他们的猜疑，进而遭到他们的抵制。守旧的后党势力也绝不会束手待毙，他们会到“老佛爷”面前去告状。
虽然康、梁等人对后党势力阻挠变法、干扰裁汰冗员之举早有预见，可还是低估了其能力。他们以为，只要皇上一纸诏书畅行天下，就能带来改革新局面。于是，他们不顾后党势力的阻挠，向官僚机构开刀，发出了裁汰冗官的简政令。
成千上万“吃饭官”的金碗即将被砸，他们能不拼死反抗吗?因此，这道撤并机构、裁汰冗员的简政令引发了一场官场大地震!从中央到地方各个衙门的大小官员，无不挖空心思考虑应对之策。于是，新政推行起来阻梗重重，有的空言搪塞，有的因循推诿，有的甚至公然对抗。结果光绪威信扫地，维新派碰了一鼻子灰。
变法维新的最后一月，光绪帝和军机处三令五申，要求加快衙门撤并、冗员裁汰，不得延误。道道皇诰犹似催命符，始是警告“毋得迟玩，致干咎戾”，继之威胁“必当予以严惩，断难宽贷”，终则力竭声嘶，祭出尚方宝剑：“用特重加申儆，毋谓宽典可屡邀也。”无奈大清国的衙门、冗官，好比大象屁股，随你怎么推也推不动。一场撤并衙门、精简冗员的变法改革就这样流产了。安享富贵的“吃饭官”没有被裁减掉，戊戌六君子的吃饭家伙反倒被砍掉了。康、梁亡命日本，光绪帝被幽禁于瀛台。
“百日维新”的机构和人事改革失败，固然有准备不足、策略失当等因素，但其根源在于大清专制体制的根深蒂固。只要大一统的专制体制存在，无论是慈禧的垂帘听政，还是光绪的开明新政，就只能在衙门、官员的数量上做些“加减法”，即在统治阶层内部的不同集团之间做些权力的微调。这是晚清改革运动难以逾越的体制障碍。专制体制在那里，光绪纵有孙悟空的本领，也翻不出“专制”的手掌心!