在明朝，一个高级官员一旦受到言官也就是彼时的纪检官员的批评，为了显示自己的清白无辜，一定会主动向皇帝提出辞呈。如果皇帝觉得这个被批评的官员还有利用价值，就会温言相慰，明确表示不同意;反之，就会批准。李三才最初也是遵照这个游戏规则干的。奇怪的是，他一而再再而三地打辞职报告，却都如同石沉大海。
李三才的辞职报告一连递了15次，皇帝依然充耳不闻，换了一般官员，很可能就顺坡下驴，不再提辞职的事了。可李三才是个有脾气的官员，见第15份辞职报告递上去后仍然没反应，他一气之下，卷铺盖走人。对此，皇帝仍然没有任何反应。这个皇帝就是万历。
李三才当时的官职是户部尚书，算是响当当的当权派。李三才在万历二年(1574年)中进士后，先后干过河南参议、山西学政、漕运总督和凤阳巡抚等职，直到万历三十四年，也就是宦海沉浮32年之后，才升至正部级的户部尚书。也就是说，为了和万历赌这口气，李三才不惜输掉自己几十年官场修炼才得到的正果。
在晚明官员中，李三才个性鲜明，是个让人印象深刻的“三有”干部。所谓“三有”，即有能力、有脾气、有污点。
先说有能力。李三才入仕初年，曾任山东佥事，当地土匪很多，多年来地方官都束手无策，只能大度地和土匪井水不犯河水。李三才到任后，“广设方略，悉擒灭之”。因此功劳，他很快升任河南参议。
在任凤阳巡抚时，因凤阳产海盐，万历便派太监出任税使，一边征税，一边搜刮百姓。其中为首的太监叫陈增，自以为口含天宪，根本不把地方官放在眼里，不仅“公行攘夺”，而且“数窘辱长吏”，地方官看到他就头痛。一个叫程守训的家伙，投靠到陈增门下，依仗陈增权势，“纵横自恣”，“刑拷及妇孺”。李三才到任后，一方面对陈增等宦官“以气凌之”，上疏弹劾;另一方面派人收集程守训的不法证据，查到赃款数十万和一些原本皇家才可以使用的器物，进而把程守训等人下狱法办。李三才一连诛杀了好几个横行不法之徒后，陈增不得不收敛行径。李三才的行事风格，使他赢得了“雷轰电掣，雨注风飚，令人有不可测者”和“豪杰而有圣贤之资”的评价。
再说有脾气。在古代，百姓向国家上缴的税赋一般是田赋和人头税，万历时期，开始征收一个新税种—矿税。应该说，征收矿税并不是什么耸人听闻的事，但万历时期的矿税征收之所以搞得天怒人怨(陈增即是一例)，有两个原因：其一，这笔税收并不是纳入国库，而是充当万历的私房钱;其二，负责征税的不是国家官吏，而是万历指派的宫中太监。这些人一旦有了鱼肉民间的机会，很少没有无所不用其极的。在明朝高级官员中，李三才最早意识到征收矿税将会带来的恶果。
他很自然地向万历上奏章，要求停止这种短视行为。这类奏章，前后一共有十余道之多。一开始，他还用委婉的言词给万历苦口婆心地讲道理，可万历根本不理。后来，李三才急了，奏章里的火药味便越来越浓。比如其中一道奏章中说：“奈何陛下欲崇聚财贿，而不使小民享升斗之需……自古未有朝廷之政令、天下之情形一至于斯，而可幸无乱者。今阙政猥多，而陛下病源则在溺志货财。”在另一封奏章里，李三才骂得更厉害：皇上你每回征税，都说宫里太穷，你所说的太穷，不过是黄金没有堆满地，珠玉没有垒齐天罢了。你这样乱搞，官员只有请求罢免，百姓只有去死，到时候天下就会大乱了，你为什么还不醒悟还不警惕呢?你不要认为我危言耸听，若真的到了那般田地，皇上你该怎么办呢?李三才毫不留情，可万历却采取鸵鸟政策，装作什么也没有发生一样。
最后说有污点。魏忠贤上台后，对以清流派为主的东林党人大肆清洗，从肉体上消灭之，从精神上抹黑之。以魏忠贤为首的阉党还编了个《东林点将录》，以梁山好汉来对应东林党人，其中排在第一位的，就是已经去世的李三才，被称为“开山元帅托塔天王南京户部尚书李三才”。究其实，李三才虽然与东林党精神领袖顾宪成关系很铁，但严格说来，他并不是东林党人。不过，在阉党专政时期，与东林有染就是历史不清白。但是，这里说的李三才有污点，乃指其经济上不清白。尽管李三才并不以贪墨著称，但他家境甚是富有，据说其家财价值白银470万两，大略相当于天启时期全国一年的财政总收入。纵使李三才的父亲是商人，也不可能赚到这么多银子。李三才至少有巨额财产来源不明的嫌疑。
李三才不得不辞职以示清白的起因，在于当时内阁缺人，有人向万历建议说，内阁不能老是用那些笔杆子，还是应该从有地方工作经验的官员中选拔，比如李三才就很适合。在这之前，李三才贪污的事情几乎没有言官批评或揭发过，但听说李三才有可能进入内阁，言官甚至非言官一时间纷纷上奏，指斥李三才有“十贪”“五奸”之罪。这些义正词严的批评并不是源于李三才贪污犯了众怒，而是因为这个被视作“东林巨星”的人将高升内阁，那些与东林纷争多年的浙党、齐党，当然不能眼睁睁地看着政敌平步青云。这就是中国官场的一个怪象：在大家都闷声贪污的情况下，没有人会去告发政敌贪污;只有在政敌阻挡自己的锦绣前程时，才会有人铤而走险地剑走偏锋—因为一旦调查政敌贪污，就很可能引火烧身。
三有干部李三才在中国历史上并不是独有现象，像这种有能力，有脾气，但同时也有污点的官员，史上不乏其人。归根到底，其实所有的官员都可以分为三种类型：有能力会办事，但手脚不干净;无能力不会办事，但手脚干净;既无能力也不会办事，同时手脚还不干净。这三种官员，到底该重用哪一种呢?明君会用第一种，在利用他的能力的同时，尽量限制他的手脚;有道德洁癖的君主会用第二种，官员不贪便是宝，根本不管他称职与否;昏君会用第三种，他的昏和庸，注定了他既没有能力也缺少机会去甄别人才。在这三种君王中，万历哪种都不算，所以，李三才只能愤然辞职。
这个故事说明：第一，批评皇帝是一种高风险高收入的赌博，既可能因皇帝一时之怒而身首异处，也可能因皇帝今儿个真高兴而在一夜之间暴得大名，荣获“仗义执言奖”;第二，末世征兆有很多，其中之一就是皇帝潜伏在宫中享受幸福人生，高级官员却集体患上人格分裂症。