从明太祖北伐，将元朝逐出中原之后，蒙古虽然还在北方草原上维持了一段时间，但在从太祖到成祖时期的多次主动北伐打击之下，蒙古到1402年就陷入了四分五裂的状态。之后，虽然一度形成了鞑靼和瓦剌两个主要的系统，瓦剌甚至一度接近统一整个草原，但在土木堡大胜明朝之后的第二年，瓦剌就又崩溃了。此后，蒙古始终没统一起来。
明朝在主动出击草原之后，蒙古各部落不断向北迁徙，离长城线越来越远。因此，明朝也逐步将原来的防线从长城向北推进，尤其是在辽东和辽西一带，形成了比较稳定的控制区。而且，这个地区气候相对来说较为适合发展农耕，汉人不断向这个地区移民进行开发，到明朝灭亡时，辽东地区的汉人估计已经达到350万人的规模。
辽东和辽西地区是一个非常关键的地区，也就是今天的内蒙古东部和辽宁中部、西部和河北省北部地区，大概相当于清末民国时期的热河、察哈尔两个省的地区，这是一个战略位置非常重要的地区。这个地区因为河流较多，气候相对草原的其它地区也要更加适合人类生存，传统上就一直是游牧民族非常重要的草场，也是每个从草原崛起的民族必须要率先控制的地区。
一直到明朝中后期，明朝在这一地区的控制力仍然是非常强的。比如在李成梁驻守辽东的时期，主要采取的策略就是枪打出头鸟，扶持小部落，对抗大部落，始终保持着辽东地区各个部落之间的实力均衡。一旦出现比较强大的部落有崛起的苗头，李成梁就会主动进行打击。在安禄山崛起之前，唐朝在幽州地区采取的其实也是同样的策略。
因为明朝始终牢牢的控制着辽东和辽西地区，就让东北地区与蒙古之间的联系通道被切断了，东北条件更好，更容易出现强大的部落和民族，但却无法通过辽西进入蒙古草原，也就无法先建立起整个草原地区的统一。蒙古地区因为自然条件相对较差，人口负载能力有限，在历史上就很难产生比较强大的部落，一般都是从阿尔泰山或者大兴安岭一带出现强大部落。
明朝在不断主动出击，寻求与蒙古主力进行会战无果之后，进入明朝中期，也逐步转入防御为主的时期，所以开始大修长城，建成了比较完整的长城防御体系，依托长城设置九边，屯兵驻守，形成了完整的防御体系。依托这个防御体系，除了土木堡之战等个别情况之外，其他大多数时间明朝都对游牧民族部落保持着主动权，无论是开放朝贡贸易，还是暂停，主动权都在明朝手中。
也正是因为明朝对草原地区实行长期的分而治之的策略，让草原地区始终无法建立起强大的统一政权。即便是在土木堡之战后，明朝虽然与瓦剌也进行了谈判，但却并没有达成宋朝那种岁币或者汉朝的和亲那种稳定的关系，仍然保持着对草原地区的封锁。这就让朝贡贸易获得的好处是由明朝直接分配到各个小部落，而无法掌握在一个强势的部落手中，从而导致草原无法形成统一。
在女真开始崛起的时候，明朝在辽东地区的优势仍然是明显的，但实力已经处于相对下降的阶段。在努尔哈赤时期，经过松山之战、大凌河之战、辽阳之战和沈阳之战，后金基本上打掉了明朝在辽东地区的主要军事力量，打开了通往蒙古草原的通道。到袁崇焕主持重建关宁锦防线的时候，只能保持辽西走廊，这已经是防御性的了，无法遏制后金的崛起。
所以，在皇太极时期，因为已经解决了明朝在辽东和辽西地区对后金的威胁，打开了和草原之间的通道，而这时候的草原上仍然是四分五裂、群龙无首的局面，后金就很顺利的完成了对东蒙草原各部的统一，并且将他们也和女真自己一样编旗管理，让这些蒙古八旗和满八旗一样，成为清朝后来入关的武力基础。而且，之后蒙古与满清始终休戚与共，荣辱相依。
在清朝入主关内之后，蒙古和满人一样，享受朝廷的财政供养，蒙古王公和满人的各种贝勒、贝子一样，有世袭的爵位和稳定的收入，所以他们也始终把自己和满清捆绑在一起。在葛尔丹一度崛起并与清朝发生战争的时候，东蒙的王公贵族也仍然和满清保持了一致。在之后满清与准格尔长达百年的对抗中，东蒙也一直是满清的重要依靠力量。