支遁在内典之中，对《般若经》下的功夫最深。他在落发曾经，就曾研讨过《般若》。后来又常常争辩、讲诵《般若》。他所著的论文中可视为支遁般若义的代表作是《即色游玄论》。此论现已亡佚，在慧达《肇论疏》中有所证引：“吾认为即色是空，非绝灭空，此斯言至矣。何者，夫色之性，色虽色而空。如知不自知，虽知而恒寂也。”《中论疏记》引《山门玄义》，文字上稍有不一样：“夫色之性，色不自色。不自，虽色而空。知不自知，虽知而寂。”其义又见于《支遁集·妙观章》：“夫色之性也，不自有色。色不自有，虽有而空。故曰色即为空，色复异空”(《世说新语·文学篇》注引)。他这些话的粗心是：所谓色不自色者，即明色法无有自性。亦即谓其色虽有，而自性无有，亦便是空。无体，故曰：“色复异空”。非别有空，故曰：“色便是空”。既主色无体，无自性，则非色象灭坏之后，乃发现空无之本体，故曰：“非色灭空”。后人对即色义虽有不一样的观点，但支公所论要不失为一家之言。
他又著有《释即色本无义》、《道行指归》(并见《出三藏记集》卷十二)。原书现已亡佚，但由书名估测，必定也是解说《般若》的著作。此处还有《圣不辩知论》、《辩三乘论》、《释蒙论》等，也都亡佚。他又曾就大小品《般若》之异同，加以研讨，作《大小品比照要钞》。但原书也不存在了。《出三藏记集》卷八还保存着这部书的序。
此外，他也曾注重过禅学，撰写过《安般经注》及《本起四禅序》。又曾致力于《本业经》，《出三藏记集》录入他的《本业略例》、《本业经注序》。又曾讲过《维摩诘经》和《首楞严经》。
他又是建议彻悟的一个人，南齐刘虬《无量义经序》论彻悟说：“寻得旨之匠，起自支安。”《世说新语·文学篇》注引《支法师传》：“法师研十地，则知彻悟于七住。”因为他建议到第七地生起彻悟，七地以上尚须进修，因而又称为“小彻悟”。如慧达《肇论疏》说：“第二小彻悟者，支道林师云，‘七地始见无生’。”
他的集子《隋书》著录八卷，加注说：“梁十三卷。”《唐书·艺文志》作十卷。可是到了清初的《读书敏求记》和《述古堂书目》就都作两卷了，可见此书缺佚已久。现存的清光绪年邵武徐氏刊本《支遁集》有两卷，附补遗一卷。