于是，16年的师生情谊至此恩断义绝。朱翊钧下令对张居正进行抄家，并削尽其宫秩，夺去生前所赐玺书，以及四代诰命，以罪状示天下，还差点开棺戮尸。他的家人饿死的饿死，流放的流放，逃亡的逃亡，一代名相之家竞落得如此可悲的下场，令人叹息。人亡而政息，张居正在位时所用一批官员有的削职，有的弃市；而朝廷所施之政，也一一恢复以前弊端丛生的旧观。整个万历一朝，没有人敢为张居正呼冤。然而国难思良将，国衰思良臣，直到40年之后，天启二年，即公元1622年，明熹宗朱由校为激励臣下，鼓舞士气，才想起昔日的一代名相张居正，于是，下旨予以复官复荫。然而，这一切俱已晚矣，因为，世间早已没有了张居正！此时，距明朝灭亡的甲申之变仅有22年。
清朝入关进驻北京之后，对《帝鉴图说》一书十分重视。在清朝的皇室教育中，这部在明朝问世的小皇帝教科书起到了不可替代的作用。它成为清朝帝王必读的教科书之一，为他们掌握为政之道、树立正确的帝德大有裨益。尤其是清朝末年，《帝鉴图说》更是受到慈禧太后的青睐。
当时，慈禧垂帘听政，自知文化水平不高，便注意加强学习。正当此时，给事中孙楫向两宫太后奉上《帝鉴图说》作为小皇帝载淳的启蒙教材。由于这部书通俗易懂，图文并茂，不仅适合小皇帝阅读，也很适合慈禧的胃口。于是，她将这部书留下，作为自己每天的阅读功课。她还告诫臣下说“《帝鉴图说》于指陈规戒，绘图辑说，切实显豁，不无裨益。”并指示同治皇帝的师傅翁同龢，将《帝鉴图说》作为同治皇帝的启蒙读物。
翁同龢，身为清同治、光绪两朝帝师、两入军机，又身为总理各国事务衙门大臣，是晚清政局中举足轻重的重要人物。公元1865年11月，经主持朝政的恭亲王奕和负责嵇查书房事务的醇亲王奕譞的联名保举，翁同龢被命在弘德殿行走，授读同治皇帝。翁同龢入值书房后，首先给同治皇帝讲解的就是《帝鉴图说》一书。翁同龢讲解得既浅显，又明白，同治皇帝读得津津有味，时常手不释卷。
光绪元年，即公元1875年12月1日，两宫皇太后降旨翁同龢和侍郎夏同善担任毓庆宫行走，担任刚刚即位的光绪皇帝的师傅。翁同龢接旨后，喜忧交加。喜的是两宫皇太后一再重用自己，再为帝师；忧的是要将一个年仅仅4岁的孩童塑造成一代圣主明君，责任重大。他考虑再三，一再推辞，但终未获准，而且慈禧太后温谕再三，要他“尽心竭力，济此艰难”，翁同龢只好勉力从之。
光绪二年，即公元1876年3月21日，是翁同龢向光绪帝讲课的第一天。翁同龢首先教光绪帝写了“天下太平”和“光明正大”八个字。接着，又教光绪帝朗诵了“帝”、“德”二字。接着，他便讲解了《帝鉴图说》的首篇《三皇五帝》。对于《帝鉴图说》，光绪皇帝也十分喜爱。有一次，他还根据《帝鉴图说》中的图画，在书房内画了一幅《天人交战图》，画中人团头虎脑、横眉竖眼，看了令人捧腹生笑。翁同龢看了十分高兴，就在这一天的日记中写道“殿中日来阳气四溢，亦不复旧景矣！”。就这样，日复一日，年复一年，直至光绪二十三年，即公元1897年毓庆宫书房被撤，翁同龢担任光绪帝师傅达20多年之久。在这20多年中，翁同龢尽心尽力，循循善诱光绪皇帝，彼此结下了深厚的感情。
七年后，光绪皇帝已长成11岁的英俊少年，开始明事知礼。此时，西方列强的侵略已开始从沿海地区向中国内地深入，中国面临着危机。因此，翁同龢决定加强对光绪皇帝的教育，在保留《帝鉴图说》，以及《四书》、《五经》等传统伦理道德课程的同时，又增设了有关中外史地、洋务运动和早期改良主义者著作方面的课程。光绪皇帝综合这些课程一起学习，感到受益非浅。这对他在政治上成熟较早，特别是后来发动维新变法运动产生了一定的影响。