九层楼
洞窟编号第96号，初唐(618-705)。 此窟开凿于初唐，窟内的大佛高35.5米，两膝间宽度为12米，是莫高窟的第一大佛。
根据敦煌遗书《莫高窟记》记载，这尊大佛为唐代武周证圣元年(695年)由禅师灵隐和居士阴祖所建。是佛国三世中的“未来佛”弥勒佛，即释迦牟尼的“接班人”。大佛的制作方法为石胎泥塑，即在崖壁的石沙岩体上凿出佛像的大体形状，再用草泥垒塑、用麻泥细塑，最后着色而成。这尊大佛因多次重修，已非唐塑原貌，但仍不失雄伟壮观的气势。
窟前的建筑为九层楼，因其共有九层而得名，原为四层，晚唐(874~879)年间建成五层，宋初(966年)重修，九层楼是1935年建造，它攒尖高耸，檐牙错落，铁马叮咚，已成为莫高窟的标志之一。
三层楼
洞窟编号第16-17号，16窟建于唐大中五年至咸通(851~867)间。窟前倚崖统建三层木构窟檐，故俗称“三层楼”，为清光绪三十二年(1906年)王道士主持修建，王道士于16窟甬道北侧发现藏经洞，后编号为第17窟。因此三层楼也是为数不多的窟中窟。
其中，第十七窟(晚唐，848-906)又名藏经洞，位于第16窟甬道北壁，建于晚唐。原为晚唐河西释门都僧统洪bian(去声，上"巩"下"言")的影窟。十一世纪初叶，由于战乱等原因，将大量佛经、佛画、法器以及其它宗教、社会文书等五万多件秘藏于此，砌墙封门，表层饰以壁画，随着时间的流失，封门之事渐渐被人遗忘……
1900年(清光绪二十六年五月二十六日)，这一秘室被道士王圆簶在清理积沙时，偶然发现。但令人痛心的是，自1905年至1915年期间，先后有英国人斯坦因、法国人伯希和及日本人桔瑞超、吉川小一郎、俄国人鄂登堡等纷至沓来，他们用低廉的价格从王道士手中骗购古文献资料近四万件。
敦煌遗书，包罗万象，内容涉及到了四世纪到十一世纪中国古代的政治、经济、军事、文学、史地、医药、科技、民族、宗教、艺术等各领域。
藏经洞
1900年，在莫高窟居住的道士王圆箓为了将已被遗弃许久的部分洞窟改建为道观，而进行大规模的清扫。当他在为第16窟(现编号)清除淤沙时，偶然发现了北侧甬道壁上的一个小门，打开后，出现一个长宽各2.6米、高3米的方形窟室(现编号为第17窟)，内有从4世纪到11世纪(即十六国到北宋)的历代文书和纸画、绢画、刺绣等文物5万多件，这就是著名的“藏经洞”。
藏经洞的内壁绘菩提树、比丘尼等图像，中有一座禅床式低坛，上塑一位高僧洪辨的坐相，另有一通石碑，似未完工。从洞中出土的文书来看，最晚的写于北宋年间，且不见西夏文字，因此可推断藏经洞是公元11世纪时，莫高窟的僧人们为躲避西夏军队，在准备逃难时所封闭的。
莫高窟藏经洞是中国考古史上的一次非常重大的发现，其出土文书多为写本，少量为刻本，汉文书写的约占六分之五，其它则为古代藏文、梵文、齐卢文、粟特文、和阗文、回鹘文、龟兹文、希伯来文等。文书内容主要是佛经，此外还有道经、儒家经典、小说、诗赋、史籍、地籍、帐册、历本、契据、信札、状牒等，其中不少是孤本和绝本。这些对研究中国和中亚地区的历史，都具有重要的史料和科学价值，并由此形成了一门以研究藏经洞文书和敦煌石窟艺术为主的学科——敦煌学。
藏经洞陈列馆
利用原莫高窟下寺改建而成，陈列着跟藏经洞有关的文物，包括流失到国外的敦煌遗书和绘画的复制品，以及藏经洞的发现和被劫掠的历史回顾，并且有敦煌学的发展现状介绍。
莫高窟的画师
创造了莫高窟壁画的古代画师，大致分为三类：一种是僧官，有一定的社会地位，但为数不多。再就是画僧，他们是僧侣也会作画，人数较前者略多。最后便是纯粹的画工了，他们游走四方居无定所，在洞窟里作画，便在洞窟里起居，一旦完工，就再也看不到他们的身影了。可想而知这个巨大的绘制工程，一定是令许许多多的画工，耗尽了毕生的精力，他们走进了这状如蜂巢的石洞，恐怕就再也没有走出莫高窟了，正是这样一批优秀而又伟大的无名者，为后世留下了，人类辉煌的丝路文明的影像。