1903年，邹容、章太炎分别写出轰动全国的《革命军》和《驳康有为论革命书》。《苏报》连续发表《读〈革命军〉》、《序〈革命军〉》、《介绍〈革命军〉》等文章，大骂皇帝和清政府，高呼革命为神圣“宝物”，要求建立资产阶级“中华共和国”，推荐《革命军》为国民必读的第一教科书。同时报道各地学生的爱国运动。为此清政府照会上海租界当局， 以“劝动天下造反”、“大逆不道”罪名将章太炎等逮捕。邹容激于义愤，自动投案。“苏报案”和章太炎、邹容的狱中斗争，影响深远，它促使了革命政治团体的成立。
“苏报案”发生后，章太炎、邹容仍与革命派保持联系。革命派于1903年8 月23日在上海愚园开追悼会，祭文即出自章太炎手笔。《驳〈革命驳义〉》，章、邹也与革命派合著。1904年，章太炎和蔡元培、陶成章、徐锡麟等组织光复会，成为同盟会成立成立前的主要革命小团体之一。同时，华兴会的成立，也和“苏报案”有关。华兴会的发起人黄兴在1903年返国后，即大量翻印邹容所著《革命军》，“散布到军商各界，扩大反清宣传。”两湖志士“与上海言光复者相应和。”组织了华兴会。这样，就给1905年中国同盟会的成立，准备了条件。
“苏报案”的发生和章太炎、邹容的狱中斗争，又扩大了革命的思想影响。
《苏报》被封后，章士钊、陈去疾等续办《国民日日报》，“放肆蜚言，昌言无忌”，重遭清政府外务部通饬总税务司转知邮政局，“毋得代寄”。不久，蔡元培等又创《俄事警闻》，后扩展为《警钟日报》，愤斥帝国主义，抨击清朝政府。在日本发刊的《江苏》、《浙江潮》，也在“苏报案”发生后，言论转趋激烈，宣传反清斗争。中外统治者虽日益阻挠，肆意查禁，终不能抗拒时代的洪流。《革命军》和《驳康有为政见书》秘密印刷，广泛流传，据章太炎《赠大将军邹君墓表》④称：
君既卒，所著《革命军》因大行，凡摹印二十有余反，远道不能致者，或以白金十两购之，置笼中，杂衣履糍饼以入，清关邮不能禁，卒赖其言为光复道原。
广大的知识分子纷纷从改良主义的思想影响下解放出来。从此，改良派的思想阵地日益缩小，革命派的思想阵地日益扩大。