大乘佛教：在部派佛教流行时期，大乘的思想在南印度已开始产生和传播。当时在家佛教徒中流行着对安置佛陀舍利的佛塔崇拜，从而形成了大乘最初的教团——菩萨众。参加这些教团的有出家的导师(僧侣)和在家的支持者(俗人)。他们中间一部分人为了修持和传教的需要，编辑了阐述大乘思想和实践的经籍，最初为般若系经典，以后又有《妙法莲华经》、《维摩经》、《华严经》和《无量寿经》等出现。这些经典阐发了空、中道、实相、六度、菩萨道、多佛、三乘分别和一心本净等等思想。
在上述种种经典思想的基础上逐渐形成了大乘两个主要派别——中观派、瑜伽行派。中观派大概在2世纪才开始形成，创始人是龙树，经提婆、罗睺罗跋陀罗传至佛护和清辨时，因对中观的理论有不同的解释，分为自续派和应成派。中观派发挥了般若经中的思想，认为修持最高的境界是空，空是“不可描述的存在”，世界上的一切现象都是一种相对的依存关系(缘合)和一种假借的要领或名相(假名)，它本身没有实体(无自性)。对于真正的佛教徒应该证悟上述空性的“真谛”，但是对于被无知(无明)覆盖的凡夫仍应导以“俗谛”，即承认世界相对存在的真理。瑜伽行派兴起于4～5世纪间，因强调瑜伽的修行方法并以瑜伽行总括全部佛教教义而得名，该派的理论奠基人是无著和世亲，主要经论是《解深密经》、《瑜合伽师地论》、《唯识二十论》、《成唯识论》等。世亲的继承者有亲胜和火辨两家，较亲胜稍后并发挥亲胜学说的有德慧和安慧，以上称为无相唯识派;世亲的另一继承者是陈那，他是后期瑜伽行派的先驱。
陈那的后继者有护法和法称，护法发展了世亲和陈那的唯识学说，法称发挥了陈那的因明学说。瑜伽行派认为人所认识的一切现象都是由人们的认识主体即“识”所变现出来的，提出“万法唯识”、“三界唯心”。他们把识分为三类八识，而把第八识即阿赖耶识(藏识)看作是现象世界(现行)的根源(种子生现行)，所以名之为“所知依”。他们又把一切存在现象分为“五位百法”。另外还阐扬五种姓说，认为有一种“无种姓”的人，毕竟不能成佛。