乾隆时期，经过多次用兵最终平定了准噶尔部及大小和卓的叛乱，南疆划入大清的版图之内。也就是从这个时候起，叶尔羌所产的美玉成了清廷的贡品，对于叶尔羌的贡玉管理，也形成了一套较为完备的制度。
叶尔羌所产的美玉，白如羊脂，绿若翠羽，黄若蒸粟，赤若鸡冠，黑比纯漆，自古就是玉中上品。南疆稳定之后，和阗、叶尔羌所产玉成为进献清廷的贡品。清人椿园在《西域闻见录》中有记载：“去叶尔羌230里有山，曰‘米尔台山’，遍山皆玉，五色不同，有大至千万斤者，在绝高险峰之上，难以攀登。当地土产牦牛，惯于登山，本地人携带工具，乘牛攀缘，用锤凿玉石，任其自行滚落，再收取变卖。”
当时的为生产力还比较落后，一般多采用拉网接玉的方式，在玉石掉落的地方，安放多条索网，玉石从山上滚入网中后，再将网放下取石。密尔岱山的玉石都是在深山峡谷中，运输是个大问题，故而常在冬季开采玉石，如此可以在谷底泼水结冰，再用人畜之力，拉出山外。如果在夏季开采玉石，则要等到冬季冰雪封地之后再运出。
山玉之外，叶尔羌、和阗两地的河流中，出产高品质河玉。“河中所产之玉，无定额，尽数入贡，由台站送至京城。”到了秋分，当河水漫过腰部时，以羊祭祀，将羊血洒入河中，然后开采。
采河玉时，叶尔羌帮办大臣到河边视察，采玉者皆是当地人，入河中以足试探，且探且行，一旦触探到了玉石，则拾出水面，河上鸣金为号，“一鸣金，官即记于册，按册稽其所得，采半月，乃罢”。
清代严禁私人开采玉石，和阗玉龙喀什河即哈朗圭塔克河中的子玉，除了不足二两的以外，全数入贡。为防止玉石外流，在和阗城城外东西河，共设卡伦12处稽查。河玉之外，叶尔羌所产的山玉，也不许变卖。而且乾隆还霸道地指示：“和阗所所出玉石皆为官物，要尽得尽纳。”对于民间捡到玉石而主动献出者，给予报酬。
乾隆三十年(1765年)，和阗总兵和诚因此藏匿贡玉被治罪。他利用监管开采贡玉的权力，偷偷藏了十几块上好的玉石，总重有二百余斤。此后又利用巡城的机会，向当地民众勒索金银玉石，被人告发，被乾隆帝下令处死。
乾隆四十一年(1776年)，又发生了一件关于玉石的大案。国舅高朴被委派到叶尔羌任职，他贩卖玉石，一路上经过诸多关卡，各地关卡或被收买，或是摄于其权势，均畅行无阻。案发之后，在内地各省查处涉案玉石14万斤，另外在叶尔羌查出涉案玉石33万余斤。
对于高朴盗卖玉石，乾隆帝惊呼此案是从来所未有，破口大骂高朴：“此等孽种，不惟国法所不容，亦其家所断不可留。”乾隆帝毫不留情，指示将高朴就地正法，“正法后，其尸骸即掷喂狼犬，尸骸断不准携回内地”，其他涉案人员也均被处死。
高朴案发生之后，清廷下令关闭密尔岱山，禁止民间入山采玉。但尽管这样，还是有人铤而走险。乾隆五十五年(1790年)，有一批叶尔羌玉到京，内务府查验之后，发现两块玉竟然被人换成了石头。经过调查发现，是叶尔羌当差的绿营兵张殿魁，在贡玉装箱时，乘人不备，以两块大小重量相差无几的石头，调换出玉。案情明了后，张殿魁被判处绞刑，疏忽查验的官员均被严惩。
还是在乾隆五十五年，叶尔羌挖出三块大玉石，大者万斤，次者八千斤，又次者三千斤。叶尔羌大臣为了拍皇帝的马屁，于次年将这三块大玉石运往北京。不过从叶尔羌到京城，路途遥远，且要经过诸多险要地势，动用诸多民工，逢山开路，遇水架桥，花了八年时间，才将三块玉石运到和硕之乌什他拉。
乌什办事大臣将运送大玉石的诸多麻烦上奏，都被和珅压下。嘉庆帝亲政后，下令将玉石就地抛弃，不准再运。当年，嘉庆帝又下令，此后玉石准许卖给民间，不许官方经手。玉禁一开，玉石的价格随即一落千丈，价格暴跌了近百倍。据说那些囤积了大量玉石的贵族们，有的还差点倾家荡产。