翰林作为皇帝的顾问和秘书，来自唐高宗时期。明朝时，废除宰相制，朱棣以几名翰林入值文渊阁参预机务，内阁制度开始出现。内阁不同于宰相，既不统驭六部又受制于内监。
对此，学者张飞燕在紫禁城杂志《明朝的内阁和清朝的军机处》一文中进行了详细论述。
故宫
内阁最初在明朝建立时，实际上是翰林院的一个负有特殊职责的分支机构。明宣德年间，宣宗命阁臣代为批答部分奏章，阁臣开始独立批答。办公地点也由御前转为文渊阁。
为了适应内阁的这一变化，明宣宗宣德七年，翰林院新署落成然后翰林院迁出，文渊阁遂正式成为内阁官署。所以，史料中对于永乐时参预机务的地点皆云“东角门内”、“奉天门内”等而不言文渊阁，而后人记正统以后的内阁则直言“文渊阁”。
明宣宗 网络图片
内阁活动由御前移至文渊阁，一方面，内阁建置由临时性设施成为永久性机构，内阁拥有自己的官署，不在御前受命处理政务，反映了内阁由皇帝的侍从幕僚到明代政治中枢的演变。另一方面，这个表面看似内阁地位升级的变化，却为执掌“照阁票批朱”权力的宦官擅权创造了条件。
文渊阁 网络图片
文渊阁距乾清宫相去不过1000米。但是这1000米，也是全世界距离最长的1000米。皇帝和大臣们之间的交往差不多全部出于纸头书面。
清朝入关之后，恢复明朝的内阁制度，是拥有288人正规编制的、规模庞大的辅政机关。然而，这时的内阁不同于明代，只是办理一般事务，重大和机密的事务则由议政王大臣会议办理。康熙新政后，皇帝直接处理各项政务，因此，同样需要机要秘书，而此时的内阁已经不再具有处理机要的功能。
隆宗门
雍正时因用兵西北而建立军机处，设于隆宗门内。办理机密要政，所以“枢廷义取慎密，有官而无吏，凡收发文移、登记档案及奉寄旨并饬封存之件，皆章京自料简”。皇帝召见军机大臣，太监都不得在侧。他们办事的值房，都有严密的防范，即使是高级的王大臣，没有皇帝“特旨”，也不准到军机处值房去。其余官员更不得擅入，其帘前、窗外、阶下，均不许闲人窥视。
雍正帝 网络图片
军机处总的职掌是“掌军国大政，以参军务”。军机处不同于唐朝的翰林院，军机处在宫内办公，办公场所紧邻皇帝的居所乾清宫，以便军机大臣“常日直禁廷以备召见”。军机处只是一个力求准确贯彻皇帝意图的御前机要处，不是有权威的宰相府，是名副其实的宰相奉命拟旨辅政制。军机处主管重大的机密事务，而内阁办理一般性日常事务，二者之间既有分工又有配合。
军机处
明朝内阁办公地点先在御前，后来转为文渊阁;而清朝军机处办公地点在隆宗门内的军需房，更加靠近皇帝居所，便于皇帝随时召见。
明朝内阁票拟需要经过太监朱批，皇帝经常以内制外，甚至使太监共掌朝政;而清朝军机处被视为机密要地，王公和太监皆不得擅入。明朝内阁诸事都需要皇帝批朱，皇帝不胜其烦;而清朝军机处只掌军国机要，日常事务由内阁处理，皇帝仅对大政要务乾纲独断。设立军机处，清朝皇帝得以轻而易举控制中枢机要，不使皇权旁落，杜绝了明朝的宦官专权的政治弊端。
这并不是说清朝的军机处就一定好于明朝的内阁制，明朝的内阁制如果不受皇权干涉，已经接近近代西方的内阁。而清朝是皇帝事事要乾纲独断，只要皇帝没想通的，就一概办不了。因此，清朝的覆亡在于决策体系的闭塞僵化，这种决策体系用于维持稳定尚且可以，但是用于创新以迎接全球工业化的挑战则一无是处。
慈禧照片
“同治中兴”期间，朝廷出于镇压太平天国，维护政权生存的需要，曾经被迫由曾国藩、左宗棠等汉族高级知识分子参与决策。此后康有为、梁启超、袁世凯虽勉强进入决策中枢，但难以真正影响最高决策，一切重大机务需要当时实际掌权的慈禧太后和皇族内阁乾纲独断才能实行。作为帝国振兴的唯一机会的“戊戌变法”，因为太后和老臣没有想通就无法进行，后来挽救帝国的唯一机会“清末新政”，因为皇族内阁没有想通就拖延不决，而当他们想通了就为时已晚了。