1965年，中国和印度尼西亚高层互访频繁，各类团组往来如织。国庆期间集聚北京的印尼大小团组28个共500多人，创历年中、印尼人员往来之最，在当时我国的对外关系中也少见。谁也没想到这“繁华”背后，竟暗藏着外交危机。
祸起“九卅事件”
1965年9月30日午夜，以印尼总统警卫部队查克拉比拉瓦营营长翁东中校为首的亲苏加诺军官，在印尼共产党的支持与配合下，以陆军中有个“将领委员会”在首都大量集结兵力、阴谋发动推翻苏加诺总统的军事政变为由，在雅加达逮捕和处死了包括陆军司令亚尼在内的六名陆军将领和一名军官。苏加诺的政敌、国防安全统筹部长纳苏蒂安本是逮捕名单的头名，则侥幸逃脱，其幼女被误杀。这就是60年代世人皆知的印尼“九卅事件”。
这一突发事件，给了以纳苏蒂安为首的军人集团公开反共的口实，引发起大规模镇压共产党的行动。10月1日，时任战略后备司令部司令的陆军少将苏哈托调动大量兵力控制了首都雅加达，全城通宵戒严，军、宪密布，陆军控制的报纸和电台发动宣传攻势，就“九卅事件”中处死6名陆军将领事极力煽惑。在陆军当局控制下的雅加达一些政党团体，也公开指责印尼共产党是“九卅事件”的主谋。10月2日，印尼共中央机关报《人民日报》及《忠诚报》被禁止发行。10月3日，印尼国家通讯社《安塔拉》被封，旋被军管。10月8日至10日，印尼共、人民青年团、全印尼中央职工会和印尼妇女运动协会等的总部办公处相继被捣毁。10月18日，雅加达军区司令部宣布取缔上述组织和其他一些进步团体。在几个月内，印尼共和进步团体受到严重摧残，其主要领导人艾地等人全部被杀。据不完全统计，先后有20万人惨遭杀戮，约30万人被逮捕监禁。
大造反华舆论
与此同时，军人集团一方面逼压苏加诺总统逐步让权，一方面不断通过媒体诬蔑中国支持“九卅运动”、干涉印尼内政，煽动反华情绪。1965年10月6日，陆军的《战斗报》含沙射影地说：“难道九卅运动仅出自翁东的想法，而没有作为幕后主使者的国内或国外的政治活动家的参与谋划吗？难道‘九卅运动’的反革命冒险仅靠他们各自的物质力量，而没有国内或国外广大阶层在物质和精神上的支持和帮助吗？”《武装部队报》10月10日则别有用心地说，“为何‘九卅运动’选择10月1日，正好是中华人民共和国国庆日，作为民族悲剧的开端”。在大造反华舆论的同时，印尼还利用“挂旗问题”大做文章。10月5日，纳苏蒂安下令全国和驻印尼的外交使团降半旗一周，为被杀将领致哀。中国使领馆坚决拒绝。但为避免刺激右派势力，根据国内指示此间不挂旗。印尼军人集团借题发挥，横加指责，说中国使领馆的做法“伤害了印尼的民族感情”。印尼伊斯兰教联合会的《社会使者报》10月7日煽惑说：“在雅加达全市，包括外国使馆都下半旗，惟独中国大使馆没有下半旗……难道没有外国的手参加捣乱。”10月8日，印尼反华势力煽惑群众向我驻雅加达总领事馆示威。1965年10月16日下午，40余名全副武装的军人，突然包围了中国大使馆商务参赞处。他们用枪威逼中国外交人员，逐一搜身盘问，并用刺刀劈开办公室的箱柜，搜查文件，抢劫财务。制造了外交史上罕见的恶劣事端。