除此之外，樊哙还娶了吕后的妹妹吕须为妻，生下儿子吕伉，跟刘邦的关系越来越亲近。
刘邦成为皇帝后，随着异性王的不断反叛，刘邦担心江山不稳，又让樊哙平息异姓王，樊哙的仗打得很漂亮。刘邦很新闻。
但是，这时的刘邦身体越来越不好，有人就诋毁樊哙和吕氏结党，皇帝假如有一天去世的话，那么樊哙就要带兵把戚夫人和赵王如意这帮人全部杀死。
刘邦本来就对吕后干预朝政，早已不满，现在听说吕后又跟她妹夫樊哙串通一气，立时觉得情况严重了，他决意临阵换将，与陈平计议此事。最后，刘邦采用陈平的计谋，以陈平的名义前往樊哙军中传诏，在车中暗载大将周勃，等到了军营里，才宣布立斩樊哙，由周勃夺印代替。刘邦要陈平尽快地把樊哙的头取来，让他检验。
陈平、周勃当即动身，在途中边走边细心合计。陈平说：“樊哙是皇帝的老部下，劳苦功高。况且他又是吕后的妹夫，可以说是皇亲国戚，位高爵显。眼下，皇帝正在气头上，万一他后悔了，我们怎么办?再说皇帝病得这么厉害，再加上樊哙是吕后的妹夫，她们姐妹二人必然会在皇帝身旁搬弄是非，到那时难免会归罪于咱们两人。”
周勃一时没有了主张，便问：“难道把樊哙放了?”
陈平说：“放是不能放的，咱们不如把他绑上囚车，送到长安，或杀或免，让皇上自己决定。”周勃也认为这是个好主意。
到了樊哙的军营前，陈平命人筑起一座高台，作为传旨的地方，另外又派人持节(一种信符)去叫樊哙。樊哙得知只有文官陈平一个人前来，认为只是传达平常的敕令，也没多想，立即一个人骑马赶来接诏。不料，台后忽然转出武将周勃，当即将樊哙拿下，钉入囚车。周勃又立即赶到中军大帐，代替樊哙，由陈平押解囚车返回长安。
当走到半路，陈平忽然听说刘邦病故。他想：现在朝中必然由吕后主持政事，这可糟了。唯一可喜的是，幸亏先前未斩樊哙，还好向吕后交待。可即便如此，也怕夜长梦多，会有人在吕后面前说他的坏话，一定要先赶到长安，把自己的事解释清楚。他立即策马赶往长安，路上遇到使者传诏，让他屯戍荥阳。
于是，他又生一计，跌跌撞撞地跑入宫中，跪倒在汉高祖的灵前，放声大哭，边哭边说：“您让我就地斩决樊哙，我不敢轻易处置大臣，现在已经把樊哙押解回来了。”这明明是说给活人听的，是在向吕后表功。吕后姐妹听说樊哙没死，都松了一口气。遂释放了樊哙，并恢复了他的爵位和封邑。
正因为刘邦的恰巧逝世，樊哙才保住了一命。
汉惠帝六年(公元前189年)时，樊哙去世了，谥号为武侯。他的儿子樊伉代其侯位。而樊伉的母亲吕须也被封为临光侯。