顺治七年十一月，多尔衮出猎古北口外。行猎时坠马跌伤，医治不得要领，十二月初九日死于喀喇城，享年只有39岁。灵柩运回北京，顺治帝追尊他为义皇帝，庙号成宗。多尔衮的葬礼依照皇帝的规格举行，埋葬在北京东直门外(今新中街三条3号附近)。
多尔衮弥留之际，他的同胞兄长阿济格当时在他身边，两人有过密谈。多尔衮刚一断气，阿济格立即派自己统帅的三百骑兵飞驰北京，颇像发动军事政变的动作。大学士刚林身为多尔衮的心腹，洞悉此中底细，立即上马飞奔进京，布置关闭城门，通知诸王做好防变准备。顺治帝听从王爷们的建议，将三百飞骑收容在押，诔杀殆尽。阿济格随多尔衮的灵柩进京时，立即成了囚犯，被送入监牢幽禁。他在监狱中企图举火，被赐令自尽。这个举动剪除了多尔衮的嫡派势力，清算多尔衮也从此开始。
多尔衮与顺治小皇帝如何结怨的
顺治八年正月，多尔衮的贴身侍卫苏克萨哈向顺治皇帝递上一封检举信，揭发多尔衮生前曾与党羽密谋，企图率两白旗移驻永平(今河北卢龙县)，“阴谋篡夺”;又说他偷偷地制成了皇帝登基的龙袍服装，家中收藏着当皇帝用的珠宝。
这时只有13岁的顺治皇帝，第一次亲理朝政。他召集王爷大臣密议，公布郑亲王济尔哈朗等的奏折，抖数多尔衮的罪状，主要是“显有悖逆之心”。少年天子福临向诸位王爷宣告说：“多尔衮谋逆都是事实。”多尔衮被撤去帝号，他的母亲及妻子的封典全都被削夺了。
当时在北京的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中记载说：“顺治帝福临命令毁掉阿玛王(多尔衮)华丽的陵墓，他们把尸体挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众，他的雄伟壮丽的陵墓化为尘土。”1943年夏天，盗墓者曾将多尔衮陵墓的正坟挖开，只见地宫中摆放一只三尺多高的蓝花坛子，里面放着两节木炭。当时看管墓地的汪士全向盗墓者解释说：“九王爷身后被论罪，其中的金银圆宝都被掘去，据说坟地遭过九索(挖抄九次)。坛子是骨灰罐，是一个虚惊位(象征性的尸棺)。”彭孙贻笔记中有关焚骨扬灰的说法，当然是可以相信的。
顺治帝仇恨多尔衮福临对多尔衮是仇恨的，其中有多种原因。
多尔衮是想当皇帝的，暂时没当皇帝只是策略而已，这对小皇帝是个寝食不安的威协。顺治五年十一月，他凭借自己的权力，加皇叔父摄政王为皇父摄政王，用皇帝的口气批文降旨。当时人写的《汤若望传》说：“他穿的是皇帝的服装。”顺治七年七月二十五日，他操纵追封自己的生母、努尔哈赤的大妃纳喇氏为太皇太后，他自己完全以皇帝的面目出现。顺治十二年，福临对诸王大臣回忆当时的事说：“那时墨尔根王摄政，朕只是拱手做点祭祀的事，凡是国家的大事，朕都不能参与，也没有人向朕报告。”多尔衮一旦机会得手，亲自登上皇帝宝座，没有任何理由排除这种可能。
逮杀豪格后强占他的妻子，是多尔衮引起福临愤怒的一个焦点。顺治元年四月，以往支持豪格的正黄旗头子何洛会，向多尔衮告发豪格图谋不轨，说豪格后悔当初在继位大事上有失谋算。其中有一句侵犯多尔衮的话说：“我豪格恨不得扯撕他们的脖子。”多尔衮以“诸将请杀虎口王(豪格)”为理由，企图谋杀豪格，由于他的同胞弟弟顺治小皇帝哭泣不食，才得以免死。顺治五年，反对毫格的人建议将毫格处死，多尔衮假装说：“如此处分，实在不忍!”便将豪格幽禁起来，等于判了无期徒刑。数月后，豪格就不明不白地死在狱中。顺治七年正月，多尔衮强迫豪格的福晋(妻子)博尔济锦氏做自己的妃子，又害怕此事贻笑后人，秘密布置大学士刚林在史档中不要留下任何痕迹。
娶皇嫂孝庄皇后，是福临痛恨多尔衮的难言之衷。孝庄皇后是皇太极的妃子、顺治皇帝的生母，蒙古人，姓博尔济吉特氏，名叫布木布泰。
多尔衮是个好色之徒，他一共娶了多少个王妃妻妾，没有史籍能够说得清楚。他的原配福晋博尔济锦氏刚刚去世，很快就强占侄儿豪格之妻为妾，后来屡在朝鲜境内选美，又在八旗区域搜娇，至于汉家小娘更是任他随意糟蹋。他不放过寡居深宫的皇嫂孝庄太后，便是情理之中的事了。
乾隆四十三年，弘历阅看实录，以为多尔衮“定国开基，以成一统之业，厥功最著”，明示平反昭雪，还其原爵，成为清代八家铁帽子王之一。从清廷爱新觉罗氏家族看，多尔衮是大清帝国的实际创建者，乾隆帝为他重新作出评价，是件非常正常的事。但乾隆多心，避免日后惹起宫廷是非，上谕中说：“为后世征信计，将从前关于此事之上谕，均不得载入国史。”于是有关多尔衮的档案概行销毁，以至《八旗通志》中的多尔衮传，记他死后的事也只寥寥数笔，后人很难弄清多尔衮死后遭到清算之事的本来面目。
多尔衮得祸的原因，史书归罪为他想当皇帝。乾隆帝以为，这是“诬为叛逆”。他明白，中国历史上那些当了皇帝的人，包括他的父亲雍正帝在内，在他们没有当皇帝之前，有谁没有想当皇帝的念头和动作?想当皇帝的人，为什么当了皇帝就没有罪，没有当上皇帝就有罪呢?问题就在于做皇帝的怎样对待反对派。彭孙贻以为，多尔衮“初称摄政，次称皇父，继而称圣旨”，他拥有至高无上的权力，是没有称谓的皇帝。但多尔衮 “无成谋，拥戴者駸駸，骑虎难下。”这是认为，多尔衮不是毁于政敌，而是拥戴者拍马招摇所致。中国第一历史档案馆存有一件当年审问多尔衮心腹刚林的档案，其中说：“刚林昼夜不断往默尔根王处阿谀奉迎”。多尔衮死后，他在以往的一片“皇父之恩浩荡”的呼声中败下阵来。对于反对派，如果多尔衮能像李世民收用魏徵那样，那就称得上胸有成谋了。或者退一步说，他生前能在反对派的挑剔监视下，严于律己，谨慎从事，与朝廷大臣之间的距离不要拉得太远，反对他的人就不会那样蜂拥而上，以至于让他死无葬身之地，造成全局的败亡。