他与情人所生的私生女儿有木婉清(秦红棉所生);钟灵(甘宝宝所生);阿朱丶阿紫(阮星竹所生);王语嫣(王夫人所生)。还有马夫人康敏生的儿子，被康亲手掐死了，这是书里明确写的。
与妻子刀白凤的儿子段誉，和他并没有血缘关系，为刀白凤因不喜他到处拈花惹草，而在天龙寺外报复自己与段延庆苟合所生，段正淳虽对段誉疼爱有加，但自始至终都被蒙在鼓里。
钟灵：甘宝宝可能是在和钟万仇婚后才为段正淳主下女儿钟灵的，否则，以钟万仇的秉性，他是绝不会让这个女儿姓钟的，而且可能残害这个女孩的。
阿朱和阿紫：阮星竹是在未婚时和段正淳同居多年的，并为他生了两个女儿.在《天龙八部》这部书中现身的段正淳的几个女儿中，以阿朱和阿紫的命运最差。阿朱流落到江南、被卖为丫头。
阿紫紫还算好一点，流落到西部青海一带，成了“星宿老怪”的弟子。在第二十三回，阿朱在临死时告诉萧峰：“他(指段正淳)和妈妈不是夫妻，先生下了我，第二年又生下了我妹妹，
王语嫣：王夫人(阿萝)是在丈夫将要去世时或丈夫刚去世时当段正淳的情妇的。在第十二回，王语嫣说过：“我爹爹早故世去了，我没生下来，他就已故世了，”她是个遗腹女。如果是在丈夫已经死去很多年后才和段正淳相好，那么生的女儿就不该姓王了。