选谁来继承皇位，朱棣一开始很是纠结。他有两个选择：一个是大儿子朱高炽，一个是二儿子朱高熙。按道理说，在重视长幼观念的古代，大儿子本来就是合理的法定继承人，可是朱高炽身体条件不太好，生下来就是个残疾人，而且脑子也不太聪明，和朱棣比起来差远了。
难怪老二朱高熙会心里不平衡，朱高熙不论相貌体魄，还是军事谋略，都远胜朱高炽，而且，在靖难之役攻打南京时，朱高熙立了很多战功，还曾救过朱棣一命。
朱高熙跟朱棣一样孔武有力，有勇有谋，朱棣非常喜欢他。相反，朱高炽不仅残疾，甚至连意志都不坚定。更让朱棣不喜欢朱高炽的是，朱高炽太有仁爱之心。进入南京后，朱棣大开杀戒，朱高炽没考虑时局的需要，硬着头皮劝朱棣手下留情。朱棣渴望建立千秋伟业，需要一位非常强硬的继承人，朱高炽如此文弱，自然不讨朱棣喜欢。可是，皇位一般都要传给长子，如果处理不好继承人问题，朱棣辛苦打来的天下，可能就会被别人抢去。
因此，在立太子的问题上，即使是英明果断的朱棣，也甚是犯难。自己不好拿主意，朱棣就去问群臣。但是，关于这个棘手的问题，群臣也分成两派，一派是武将，一派是文臣。武将中，大多来自靖难之役的功臣。朱高熙在南京一战中立了大功，这是众人皆知的事实。再说，如果是一个爱好武功的人继承皇位，朱棣所施行的“军事贵族”制度就会得到沿袭，甚至发扬光大。相反，如果让文弱的朱高炽继承皇位，他会提升文官的地位，消弱武将的重要性，因为他不喜欢动用武力。
支持朱高炽的文臣以解缙、杨士奇、杨荣和杨溥等人为首，他们的传统观念很重，认为自古皇位都是由长子继承。如果长子被抛弃，不仅不合惯例，有时甚至会引发国家内乱。这批文臣大多遭遇过靖难之役，他们不想再遇到一次为了皇位的战乱。而且，朱高炽的仁义之心也正是相对和平的形势下所需要的，这种难能可贵的品质，不论在朱棣还是朱高熙身上都是极其缺乏的。
朱高炽有文臣支持，朱高熙有武将支持，彼此势均力敌。手心手背都是肉，朱棣很是为难。
幸好，朱高炽并非一无是处的人。据说，太祖朱元璋对朱高炽就颇为欣赏，认为他性格温和，对政治也很感兴趣，不仅才气出众，而且行政能力也很强。在靖难之役的时候，朱高炽手下只有一万士兵，却巧妙的组织了城防，并挫败了李景隆的有力攻击。可见朱高炽并不是一个迂腐之人。在关键时刻，他能担当重任，也会拿起武器，勇敢战斗。在靖难之役中，朱高熙是先锋，功劳不小，但是，也不能忽略朱高炽守卫大后方的作用。
另外，朱高炽还有一个致胜的筹码，就是他的儿子朱瞻基。朱瞻基文武双全，深得朱棣喜爱。朱棣最终决定立朱高炽为太子，是考虑到将来这个孙子能继承大统，这样朱高炽只是一个过渡。
太子之争落定了，但不代表皇位之争结束。
朱高熙都安排到云南驻守边疆，他心里一直怀恨在心。他是一个自命不凡的人，本以为胜券在握，可是最终落空，实在不甘心。后来他在朱棣面前装可怜，又被调回京城。这下，他终于有机会施展拳脚兴风作浪了。
不可否认，朱高熙整治人的手段很毒辣。经过他周密的连环计划，朱高炽几经陷害，一度还被打入了牢狱。凡是太子党的人，只有两条出路可走，第一是跟随朱高炽一起坐牢，第二是倒向朱高熙。朱高炽最坚定的支持者为解缙和“三杨”等人，他们是文官的中枢力量，这也是朱高熙难以攻克的一道关。
可这个朱高熙偏偏爱把自己比作李世民，一直想发动“玄武门事变”。后来，朱棣觉察到了朱高熙的野心，朱棣便告诉朱高熙让他去驻守青州，朱棣是意思是想试试朱高熙的反应。如果朱高熙高兴的接受，说明他不会造反，如果他仍然拖拖拉拉，不肯离京，这就暴露了他图谋不轨。
果然，只是一个小小的试探，朱高熙就上当了。他死乞白赖，就是不想走。如此一来，朱棣更加怀疑，下定决心，一定要赶朱高熙出城。
朱棣不顾朱高熙的不情愿，硬将他分封到山东，这是强行命令，无论朱高熙怎么哀求，都必须走。带着家眷和侍卫，朱高熙几乎是一步一回头的走了。
之后，朱棣大赦了曾因支持朱高炽而倒霉的那群文官。可是，因为朱棣当了太久的皇帝，等到朱高炽继位后，只做了十个月的皇帝就死去了。