甲午战败后，许多研究者将失败的重要原因概括为军费不足，批评慈禧太后修建颐和园工程挪用海军经费，造成北洋海军的装备没有跟上世界海军日新月异的变化。那么，北洋海军的经费到底够不够呢?拨给北洋海军的经费到底花到哪去了?
1875年，南北洋确定分别建设海防的方案，其时已是清朝末期，清政府历年积蓄几乎罗致一空，所以，建设北洋海军，经费是最棘手的问题。
不久，总理衙门和户部奏请由关税和厘金项下拨解南北洋海防经费。具体计划是，每年从各地关税中直拨约200余万两;从苏、浙厘金项下，每年各提银40万两，赣、闽、鄂、粤厘金项下，每年各提银30万两，总计200万两。全部分解南北洋海防大臣沈葆桢、李鸿章兑收应用。两项合计，海防经费每年共达400余万两，实在是笔不小的款项。
但现实的情况是，李鸿章发现实际资金到账极少。比如1875年7月至1877年6月两个财政年度里，各省关实际仅解200万两，仅为名义拨款的四分之一。也就说，朝廷的指令，地方并没有统一执行好。
1885年，清政府成立海军衙门，主管全国海防建设。原解南北洋收支的海防经费拨归海军衙门收放。海军衙门的经费来源，除常年海防协拨外，还在开办时从其他方面筹集总计300余万两。
总体来说，建设北洋海军的全部开支，包括20年的海防协饷、购买军舰以及官兵薪粮和日常费用等，共用银3500万两，占同期国库开支的2%左右，远远低于陆军的军费开支。但对于一个近于崩溃的封建国家，仍是不胜负担。
多年以来，人们一直有个疑问：海军衙门一直说缺乏经费，那么，他们筹集到的款项是否都用到海军事业上去了呢?
1885年，慈禧太后考虑到光绪帝即将亲政，自己归政后若要重修圆明园，不但国家财力难以支持，同时又会遭到反对，于是在当年6月21日下懿旨重修三海。根据档案记载，事实上工程在此之前已经开始动工。
三海工程包括北海、中南海所有的殿宇、房屋、道路、河池、假山、堤泊、电灯、铁路等，全部工程有100多处，整个工程经费总额在白银600万两左右。从1885年至1895年10年中，三海工程共计挪借海军衙门经费437万两。
在“人治”社会，最高统治者会通过各种方式巧立名目，以避开制度对其的束缚。海军衙门所垫的款项虽然后来如数归还，慈禧太后孜孜以求的三海工程也如期竣工，但拆东墙补西墙，受损的却是海军。
在清末，由于海军经费一直无法完全按照计划拨付，李鸿章一直与各地督抚、总理衙门、海军衙门和户部有着打不完的口水仗。
1891年5、6月间，李鸿章校阅北洋海军，后请于烟台、胶州口添筑炮台。清政府批准了他的请求。但差不多在同时，户部决定将南北洋购买外洋枪炮、船只、械器暂停两年，所省资金解部充饷。
又过三年，1894年5月，也就是甲午战争爆发前夕，李鸿章再次校阅海军。他上奏报告，称西洋各国船式日新月异，即日本蕞尔小邦，犹能节省经费，岁添巨舰。中国自1888年北洋海军开办以来，迄今未添一船，恐后难为继。
主持停购军舰决策的，是户部尚书翁同龢。翁同龢是同治、光绪两任皇帝的师傅，作为正统士大夫的魁首，他有强烈的忧国忧民责任感。但这次停购外洋枪炮的决策却给海军事业的发展带来了消极影响。
户部为停购的辩解是：部库空虚，海疆无事，明将南北洋购买枪炮船只机器暂停两年，借资弥补。
李鸿章和翁同龢之间的扯皮，代表了不同派系不同的利益集团，导致的军购停顿对晚清海防建设造成了极大的影响。