大背景让他有所顾忌
管仲所处的时代，虽然已经是天下纷纷，但诸侯国家各自为政且被他国承认，只因为这时候天下的共主名义上还是周天子，管仲辅助齐桓公和齐桓公拥护周天子并不矛盾。诸葛亮所处的时代不同，这时候天下名义上的皇帝是汉献帝，而汉献帝却是掌握在曹操手里。萧何是丞相，而诸葛亮时代的丞相是曹操。尽管很多地方大员早已经成为“诸侯”，早就不听中央政府的号令，但刘家天下的皇帝还在，这时候谁要是去当萧何，的确有点儿不合时宜。如果我们抛开这个大背景，从他们自身情况来看看，诸葛亮为什么选择的是管仲而不是萧何呢?管仲文武兼备，而萧何则是只有治国理政才能，没有表现出军事才能。
管仲所处的时代，一个国家可以不设相国，但一旦设立，就有很大的权力，用后世的话说，他们是“上马管军，下马管民”。所以，管仲在齐国实行了比前人更大的改革，所有的条文都是他提出来的，齐桓公只是批准者，制定、执行都由管仲进行。正式上任之前，管仲还推荐了一些官员让齐桓公任命，这有点儿现代组阁的意思。齐国作为一代霸主，有过几次较大的军事行动，而所有的军事行动都是管仲随行，他的这个角色，很像是后世的军师和现代军队的参谋长一职。不过，齐桓公这个军队“总司令”，却是个“甩手掌柜的”，除了战前发布命令，战后接受祝贺，其他的事情基本都是管仲的。这还不算，有时候心血来潮，齐桓公鲁莽用兵，管仲还要给他“擦屁股”，让他的行为合乎正义。比如，齐桓公伐楚。本来，齐桓公因为一时不高兴将蔡国的夫人赶回去了，蔡国在没有解除婚姻关系的情况下将其改嫁，就为这事，齐国要对蔡国用兵。管仲给齐桓公找了一个借口，说是楚国不向周天子进贡，因而由伐蔡变为先伐蔡后伐楚，既让周天子高兴，又得到了很多国家的支持。
萧何也是相国，这在统一的中央政权下很少有人能够担任这一职务，从秦始皇开始，就把相国称为丞相。鉴于吕不韦的教训，秦始皇还有意削弱丞相的权力。所以就权力而言，萧何和管仲相比那是大打了折扣。又因为萧何个人经历的原因，他的军事才能并没有得以展现。刘邦做沛公，萧何作为助手办理的也是一些公务而不是军务。刘邦进入咸阳，手下将领们抢夺的是财物，萧何收取的是文献资料。刘邦当了汉王，任命萧何为丞相，想回兵东进，却先要找一个统兵大将。为什么不让萧何作为大将呢?可见刘邦知道萧何是治国的高才，不是统兵的大将。刘邦在评价人才特长时说萧何：“镇守国家，安抚百姓，供给粮饷，保证运粮道路不被阻断，我比不上萧何”，也没有说他的军事才能。也就是说，诸葛亮觉得自己文武兼备，他要做一个像管仲那样的“相国”，而不是做一个萧何那样的相国。
管仲自始至终都得到信任，而萧何则没有这般幸运。
管仲本来辅佐的是齐桓公的哥哥公子纠，为了帮助公子纠当上国君，管仲还拉弓搭箭射了齐桓公一箭，差一点要了他的性命。但是，当鲍叔牙极力推荐，经过谈话知道了管仲的才能以后，齐桓公马上任命管仲为相国，从此再也没有丝毫动摇和猜忌，也就是从来没有更换相国的想法。
萧何不同，刘邦嘴里说的比齐桓公要甜蜜的多，内心却始终隐含猜忌。汉五年，刘邦打败项羽平定了天下，准备论功行赏。刘邦那意思是让萧何为第一，可是很多人认为萧何只在后方，不如他们披坚执锐攻城拔寨功劳大，很不服气。刘邦说：“打猎时，追咬野兽的是猎狗，但发现野兽的踪迹，找出野兽所在的才是猎人。”因此，他把那些冲锋陷阵的将领们比作是“功狗”，而把萧何比作是“功人”。但是，萧何却并不是始终被信任。楚汉争霸时期，刘邦在前方打仗，萧何协助太子留守后方。汉三年(前204)，刘邦多次派遣使者慰劳萧何。有个叫鲍生的人说：“汉王在前方风餐露宿，却反过来派使者慰劳您，这是有怀疑你的心意。”萧何于是听取了鲍生的意见，将自己的子、侄都派到前线去，刘邦这才高兴放心。刘邦死的这一年(前195)，英布反叛，刘邦亲自带兵平叛，他仍然多次派人来询问萧何在干什么。可见，刘邦自始至终对萧何都是重用而不是信用。而萧何为了自保，竟然采取的是自毁清誉的方法，因为他在老百姓的心目中威望太高。当萧何借机会为百姓请求上林苑的空地耕种，刘邦立刻将萧何下狱。就是萧何这个相国，刘邦也并不认为非他莫属。在《史记·留侯世家》中有一句话：“劝皇上立萧何为相国”，说明刘邦对此信心并不坚定。诸葛亮肯定是想当一个始终被信任的人，这是他自比管仲的另一个原因。
管仲是在替主子做事，而萧何只是在听主子做事。
相国无论多么风光，但是这天下(地盘)都是人家的，你立了功得到一些利益，也都是人家赏赐给您的。在这个方面，管仲和萧何并没有任何区别。他们不管权力有多大，和君主永远都是主从关系，任何时候都改变不了。但管仲和萧何由于遇到的主子不同，所受到的信任不同，他们在各自集团中所起的作用也是有所区别的。管仲提出的所有主张，只要齐桓公点个头就行了，或者是，齐桓公想干一件事情，只要把这件事情说出来，剩下的都由管仲来完成。也就是说，管仲是在替主子做事，齐桓公只不过是一个所有者而已。而萧何不同，他也在做事，但他的这种做事，是在刘邦的允许之后才可以做，即便这样，萧何还得时时看一看刘邦是不是高兴。这让萧何养成了大事不表态的习惯，直到刘邦死后。临终前，萧何病重，汉惠帝刘盈问他谁可以接替?这件事本来刘邦已经有安排，那就是曹参。曹参自己也知道，萧何也会推荐他，尽管两人有矛盾。但是，萧何就是不先说出来，而是用一句“知臣莫如君”来搪塞。刘盈说：“曹参这个人怎么样?”萧何马上说：“陛下得到合适的人选了，我死了也不遗憾了。”如果不是人们理解他的无奈，这哪儿像一个起栋梁作用的相国所说的话!
诸葛亮不会愿意自己走到萧何那个处境中。实际上，诸葛亮是不是把自己比作管仲也很难说，但古代文人们的理想就是希望自己成为管仲，而不希望自己做萧何。他们希望自己遇上齐桓公这样的帝王，以便自己可以放手施展自己的才华，已达到“致君尧舜上”的人生志向。而萧何虽然历史功绩同样彪炳青史，但他那种提心吊胆过日子的人生经历却并不令人羡慕。或许，这就是文人情结，他们是想借着诸葛亮的事情说出自己的心里事吧。