在他的重视下，补抄人员增加到百余人，费用全部由浙江籍人募集，徐仲荪任总校，堵福冼任监理，历时两年，史称“癸亥补抄”。解放初，由于徐仲荪和堵福洗修补《四库全书》有功，他们俩的画像曾被悬挂在杭州文澜阁，以志纪念。2008年后《四库全书》大部分内容已经恢复。如今《四库全书》只存3套半，其中文渊阁本原藏北京故宫，后经上海、南京转运至台湾，现藏台北故宫博物院(也是保存较为完好的一部)。文溯阁本1922年险些被卖给日本人，现藏甘肃省图书馆。文津阁本于1950年由中国政府下令调拨到中国国家图书馆，这是唯一一套原架原函原书保存的版本。而文澜阁本则藏于浙江省图书馆。
1966年10月，当时正处于中苏关系紧张时，为保护《四库全书》安全，林彪下令将文溯阁《四库全书》秘密从沈阳运至兰州，藏於戈壁沙漠中。辽宁有关人士要求归还，以书阁合璧。甘肃方面也修建藏书楼，加强保护。文溯阁《四库全书》其最终归属仍处争议中。整套书分为经、史、子、集四部，44类，其中也包括了《论语》、《大学》、《孟子》、《中庸》、《周易》、《周礼》、《礼记》、《诗经》、《孝经》、《尚书》、《春秋》、《史记》、《尔雅注疏》、《说文解字》、《史记》、《资治通鉴》、《孙子兵法》、《国语》、《水经注》、《战国策》、《本草纲目》、《茶经》等其他经典著作，还有日本、朝鲜、越南、印度以及来华欧洲传教士的一些著作，为后代学者研究中国古代文化提供了较完善的文献资料。