但是，12生肖的来历如何呢?我国古籍中记载，我国古代的中原地区，最初使用的是“干支纪年法”，即用10个天干符号甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸和12个地支符号子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥相配合来纪年。在我国西北地区的少数游牧民族则以动物来纪年。《唐书》中记载：“黠戛斯国以十二物纪年，如岁在寅，则曰虎年。”另外，《宋史·吐蕃传》中也记载说，吐蕃首领在叙事时，以物纪年，所谓“道旧事则数十二辰属日，兔年如此，马年如此。”以后，在中原同少数民族的交往中，两种纪年法相互触合形成现在12生肖。正像清代赵翼在《陔余丛考》中指出的那样，“盖北俗初无所谓子丑寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之类分纪岁时，浸寻流传于中国，遂相沿不废耳。”这种关于12生肖来历的解释，已经被许多人认可。
另外，关于12生肖来历的说法还有：洪巽的《阳谷漫录》中说，12地支中位居奇数者，以动物的指或蹄也为奇数相配，如子位居首位，与它相配的鼠为5指，地支中居偶数位的，则取相属之偶数以为名，如牛与丑相配，为4爪。叶世杰在《草木子》中，把12生肖的来历解释为：术家以12肖配12辰，每肖各有不足之形焉，如鼠无牙、牛无齿、虎无脾、兔无唇、龙无耳、蛇无足、马无胆、羊无瞳、猴无臀、鸡无肾、犬无胃、猪无 筋、人则无不足。”
其它的说法还有种种。诸如：黄帝要选拔12种动物在天上按时值班……通过竞赛而选中了鼠、牛、虎等12种动物;12生肖来源于原始社会一些氏族的图腾崇拜;12生肖可能是从天竺引进的;或28个星宿分布周天，以值12个时辰。每个星宿都以一种动物命名。从每个时辰值班的动物中挑选某种常见的作某一年的代称等等，不一而足。尽管人们不能确定12生肖的确切来历，但因为它的通俗、方便又具有趣味性，所以一直沿用至今，成为古人留给我们的一种仍有实用价值的宝贵遗产。