“晚明三大疑案”指明朝末期宫廷中发生的梃击案、红丸案、移宫案。这三起事件本身并不是很重要，但是却标志着明末纷乱和衰亡的开始，故有“三大案”之称。令人惊奇的是这些疑案都是围绕一个人而发生，那么这个人是谁呢？
第一疑案：梃击案
万历年间，由于王皇后无子，朝臣主张立皇长子朱常洛为太子，是神宗宫女所出。不过明神宗朱翊钧想立皇三子福王朱常洵，因为她是自己宠爱的郑贵妃之子。郑贵妃亦不断向神宗进言，但遭到朝臣的一致反对，而皇太后李氏也支持立朱常洛。
皇长子朱常洛二十岁，神宗在无法拖延下终于策立常洛为皇太子，常洵为福王，封地为洛阳。
结果，郑贵妃忍无可忍，终於爆发明朝立国以来最严重宫廷仇杀事件——梃击案。
1615年（万历四十三年）五月，一个名叫张差的男子，手持木棍闯进太子朱常洛居住的慈庆宫，击伤守门太监，太子内侍韩本用闻讯赶到，在前殿逮捕张差。
经过御史刘廷元审讯，张差是蓟州井儿峪人，靠砍柴与打猎为生。在一个月前，他在济州卖完货後，赌钱输了，结果遇上一位太监，太监说可以带他赚钱，就随这位太监入京，见到另外一位老太监，老太监供与酒肉。几天后，老太监带他进紫禁城。老太监先让他饮酒，再把一根木棒交到他手上。然后带他到慈庆宫，嘱咐进宫後见人即打，尤其见到穿黄袍者(是太子朱常洛)。老太监还说，如打死穿黄袍者，重重有赏，如被人捉住，他会出手相救。
张差供言里的那两个太监叫庞保、刘成。
明光宗朱常洛
朝臣有人怀疑是郑贵妃想要谋害太子，王志、何士晋、张问达奏疏谴责外戚郑国泰“专擅”；郑贵妃则惶惶不可终日，向皇上哭诉，神宗朱翊钧要她去向太子表明心迹。结果皇帝和太子不愿深究，最后以疯癫奸徒罪将张差处以凌迟。张差临死前曾说：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。”（据《先拨志始》）。不久刑部、都察院、大理寺三法司前後五次会审庞保、刘成两人，由于人证消失，庞、刘二犯有恃无恐，矢口否认涉案。六月一日，明神宗密令太监将庞保、刘成处死，全案遂无从查起。
第二疑案：红丸案
郑贵妃看见朱常洛坐稳了太子的位子，为了讨好朱常洛，投其所好，送了八个美女供他享用。朱常洛本来体质就差，又与这些女人淫乐，身体渐渐垮了下来。即位才十几天，就因酒色过度，卧床不起了。
可是，他并不节制自己，照样与这些人鬼混。一天夜里，为了寻求刺激，朱常洛服了一粒“红丸”，结果，狂躁不已，狂笑不止，精神极度亢奋。次日早，侍寝的吴赞连忙请来御医崔文升诊治。崔文升不知皇帝是阴虚肾竭，还以为是邪热内蕴，下了一副泄火通便的猛药。结果，朱常洛一宿腹泻三十余次，危在旦夕。这下子，闯了大祸，朝廷上唇枪舌剑，吵声骂声不绝于耳。
郑贵妃
重臣杨涟上书，指责崔文升误用泻药。崔文升反驳说并非误用，而是皇帝用了“红丸”造成病重。东林党人马上强调，不但崔文升用药不当，还拿“红丸”之事，败坏皇帝名声……
病危之中的朱常洛，躺在病榻上，还想要服用“红丸”。鸿胪寺丞李可灼当即进了颗红色丸药，朱常洛服后，没甚动静。晚上，朱常洛又要求再服一丸，李可灼又进了一颗红色丸药。结果，不大一会儿，皇上就手捂心口，瞪着两眼，挣扎几下，一命呜呼了。朱常洛才即位三十天，年号还没来得及实施呢！
明末宫廷内党派斗争激烈，“红丸”一案，引起了党派的更加尖锐的矛盾。
第三疑案：移宫案
朱常洛死后，尸骨未寒，又发生了“移宫案”。
乾清宫是内廷的正宫，只有皇帝皇后才能居住。朱常洛进乾清宫时，他的妃子李选侍跟随入居。
朱常洛临终前，召大臣入宫，西李见大臣们来了，带着朱常洛的皇太子朱由校避进内房。朱常洛吩咐群臣，封李选侍为贵妃，李选侍在里面听见了，唆使朱由校出来向父亲请求封她为皇后。朱常洛当时没有答应，在场的臣子们对李选侍的做法十分不满。
朱常洛死后，李选侍仍住在乾清宫不走。她把朱由校带在身边，企图挟皇太子以自重。
群臣对李选侍十分愤慨，纷纷上书，要求李选侍搬出乾清宫。大臣杨涟说：“皇太子明天就要登基为天子，哪有天子住在太子宫里，反让一个选侍住在正宫里的道理！今天要是选侍不搬出乾清宫，我们死也不走！”其他朝臣也高声附议。在这种情势下，李选侍只得在九月初五搬到了仁寿殿。
明熹宗朱由校
初六，朱由校正式登基，这就是明熹宗。熹宗下旨令李选侍至哕鸾宫居住，这是明代宫女养老之地。这一搬，李选侍当皇太后垂帘听政的愿望化为泡影。
至此，“移宫”风波才算暂告结束。
它与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案一直是天启朝党争的题目，都是与明光宗朱常洛有着直接或者间接的关系。
此后，如火如荼的党争，加速朱明王朝灭亡的进程，他们迂腐冗陈的观念主张让大明在那个转型的特殊时代与近代化失之交臂。