公元645年（日本的大化元年）6月12日，高句丽、新罗、百济的“三韩”使者在飞鸟板盖宫太极殿里向日本皇极女天皇贡献礼品。皇极女天皇，是日本天皇谱系上的第二位女皇、也是第三十五代天皇了。看着藩属国来进贡，她心情舒畅极了。就在这个时候，宫门仿佛自动关闭了起来，皇极天皇之子、中大兄皇子突然站立起来，拔剑就向在皇极女天皇身边的大贵族苏我入鹿的胸口刺去。
据说暗杀的暗号是朝鲜使者上表文的宣读。因为当时暗杀迟迟没有动手，苏我入鹿的堂兄弟苏我石川麻吕宣读上表文之际，直冒冷汗、肩膀抖动，觉查到苏我石川麻吕可疑状况的苏我入鹿问：“为什么发抖？”苏我石川麻吕回答：“是在大王的御前的缘故。”中大兄皇子看刺客佐伯子麻吕等人畏惧苏我入鹿之威，不敢动手，就亲自跳出去。佐伯子麻吕等人也飞快杀出，砍到了苏我入鹿的头部和肩部。苏我入鹿大惊，站起身来，被佐伯子麻吕砍到一只脚。苏我入鹿倒下，向皇极天皇申诉自己无罪，尽管如此，中大兄皇子等人并没有停止刺杀。苏我入鹿被乱刀刺死后，尸体被扔到了殿外的大雨中。
因为这一年的干支是乙巳，所以又被称为“乙巳之变”。这次政变与往常很不一样，因为它掀开了日本历史上划时代变革的“大化改新”。那么被行刺的苏我入鹿又是一个怎样的人呢？
苏我入鹿体制
公元3世纪以后，日本本州地区出现了一个较大的政权——大和国，不断地兼并周围的小诸侯，最终统治了日本。不久朝政大权落到大臣物部氏手中。后来新兴的苏我氏强大起来，打败了物部氏，夺得了中央的控制权，扶植有利于自己的天皇。 苏我入鹿在青少年时期师从于僧旻（曹植的后代），在学问堂学习时是个很有天分的才子。其父苏我虾夷晚年身体状况不佳，绝大部分的政治决策都出于苏我入鹿之手。公元642年（皇极天皇元年），苏我入鹿代替父亲执掌国政。
不久，他看见圣德太子的儿子山背大兄王可能争夺王位，就派兵将其杀死。据日本史书记载：他是一个比皇极天皇还要横暴的人。弄得长期在苏我入鹿身边生活的大兄皇子，精神高度紧张，总担心不知什么时候自己的脑袋就掉地了，于是他决定除掉苏我入鹿。这时，他的一个谋臣出现了，这个人是谁呢？
中臣镰足：两位皇子的谋臣
因为中臣镰足有匡济朝廷之志，密谋推翻苏我氏体制的大志，所以一直在寻找值得拥立的皇子。刚开始的时候，中臣镰足设法攀上轻皇子（孝德天皇），与他建立友好关系。轻皇子素来敬重中臣镰足，对他非常的尊敬。轻皇子命宠妃阿倍氏净扫别殿，设新蓐，凡中臣镰足的需求无不应允。
不过，中臣镰足最后却认为中大兄皇子才是一个干大事的人。据说，一天皇族们在飞鸟寺举行足球大会（蹴鞠），中大兄皇子踢的球偶然滚落到了中臣镰足的脚下。他就是低头这么一捡球，再飞出一脚踢出去，中臣镰足帮他捡回来，还跪着还给他，中大兄皇子也跪着接受了。从此中臣镰足与中大兄皇子成为莫逆之交，两人一起密谋除掉苏我入鹿。中臣镰足趁苏我氏一族内部对立之际，就劝中大兄皇子迎娶苏我石川麻吕之女，将苏我石川麻吕拉拢到反苏我氏宗家的阵营中。中臣镰足还向中大兄皇子推荐了佐伯连古麻吕、稚犬养网田等力能扛鼎的武勇之士作刺客。
“大化改新”
“乙巳之变”后，皇极天皇想传位于中大兄皇子。中大兄皇子就把这件事告诉中臣镰足。中臣镰足考虑到古人大兄皇子是中大兄皇子之兄，如果中大兄皇子越次继承皇位，犯了“废长立幼”大忌，但是轻皇子是中大兄皇子的舅舅。中臣镰足劝中大兄皇子将皇位让于轻皇子，这样可以获得民心。中大兄皇子听从中臣镰足的建议，让位与轻皇子，这就是孝德天皇。中臣镰足被孝德天皇任命为内臣，掌握了国家的军队。
据说，轻皇子即位后，与中大兄皇子的关系恶化。中大兄皇子心情不愉快，很快就去世了。在后来推行的“大化改新”中，中臣镰足作为中大兄皇子的亲信，与保守派的左大臣阿部内麻吕、右大臣苏我石川麻吕对立。公元647年（大化三年），新冠位制度实行后，中臣镰足受封大锦冠。两年后，阿部内麻吕去世、苏我石川麻吕受到打击，迅速失势，中臣镰足扩张了势力，权倾朝野。公元654年（白雉5年）左右，中臣镰足升为大紫冠。公元669年（天智天皇8年），临终前天智天皇亲自探病，受封大织冠，被任命为内大臣，受赐“藤原氏”之姓。