胡惟庸谋反全家被诛杀后，朱元璋并没有放下屠刀，“胡惟庸案”也没有就此了结。
五年之后，“胡惟庸案”又起，有毛响糖者告发，李善长的弟弟李存义以及李存义的儿子李佑与胡惟庸“通谋”，朱元璋如获至宝，先把此二人流放到崇明岛安置。
又五年，即洪武二十三年(1390)，胡惟庸被杀十年之后，李善长的一个亲戚丁斌因别的罪名被捕，供出了当年胡惟庸谋反，曾派李存义、李佑向李善长游说。李善长知情不报，因此也是个“胡党”。朱元璋早就想挖掉这根“淮西帮”的台柱子，借题发挥，以“(李)善长元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道”的罪名，将其妻女弟侄家口七十余人同时问斩。曾被朱元璋誉为“开国第一功臣”的李善长，也在皇帝恩赐的一条绳索下，结束了他七十七年艰难的行程。
与此同时，吉安侯陆仲亨的家奴也告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爷串通胡惟庸，“共谋不轨”。一场“肃清逆党”的政治运动铺天盖地而来。受此牵连的还有杨璟、朱亮祖，都是“瓜蔓抄”，被满门抄斩，直杀得血流成河，遍野血腥。
据统计，因受胡惟庸一案牵连而惨遭屠戮的达三万多人，绝大多数是出生入死的开国功臣和他们的家属，其中享有公、侯爵位的近二十人。
两年之后，还有一位靖宁侯叶昇因“交通胡惟庸”而被补杀。此时距胡惟庸之死已是十多年了。
后世史家每每论及此处，就会反讽：岂有首逆已死，同谋之人十余年始败露者?
为了平服人心，朱元璋还特地颁布了一部《昭示奸党录》?把这些“奸党”的罪状、审讯过程、供词一一公布，以示他执法公正严明。
但是，死去的已经死了，无法辩驳;活着的侥幸逃得一劫，谁敢吭声?朱元璋想怎么编造，就可以怎么编造，后世的人怎能相信这些供词是真?
不过，朱元璋仍没有放下屠刀，血腥的屠杀也没有停止。洪武二十六年(1393)二月，锦衣卫指挥蒋献揭发大将军蓝玉谋反，一场新的大屠杀又拉开了序幕。
蓝玉，明朝开国功臣常遇春之妻弟，最早隶属常遇春帐下，因作战勇敢，所向皆捷，积功至武德卫指挥使。朱元璋平定天下后，北元蒙古势力依然雄踞漠北，与明朝对?。为了消除隐患，明朝边将与北元展开了长期的角逐，蓝玉便是在几次北征中脱颖而出的佼佼者。
洪武十一年(1378)，蓝玉因参与讨平西番而晋升为永昌侯。
洪武二十一年(1389)，蓝玉率军十五万北征，风餐露宿，进军千里，结果大获全胜，虏获元军官属三千，男女七万七千人，金银驼马不计其数。朱元璋喜不自禁，把他比做汉之卫青、唐之李靖，晋封为凉国公。
他为大明王朝建立了赫赫功勋，成为洪武后期最勇猛的将领。然而功高震主，他也为自己种下了祸根。
洪武二十五年(1392)，正当他踌躇满志，请征民丁，准备讨伐“百夷”之时，朱元璋突然命令他班师回朝。他到京时已是第二年二月，锦衣卫蒋献的揭发帖也应时而至。
二月初八，蓝玉上朝，被当廷收禁。次日，收监于锦衣卫，狱词云：“(蓝)玉同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋为变，将伺帝出耤田举事。”(《明史》)意思是，蓝玉勾结党羽，准备在皇帝外出视察农牧生产的时候发动政变。
两日后，即二月初十，朱元璋就迫不及待地将蓝玉处死。由蓝玉案蔓引株连的，除狱词所列侯、伯之外，还有察罕、张温等，被连坐族诛的达一万五千多人，中包括一公、十三侯、二伯。
为了平服人心，朱元璋又特地颁布了一部《逆臣录》，照例把这些“逆臣”的罪状、供词一一公布，昭告天下。
胡、蓝两案，几乎把所有的开国元勋、功臣宿将一网打尽。而对于那些与胡、蓝两案毫不相干的重臣贵戚，朱元璋也频频出手，毫不留情。
颍国公傅友德、宋国公冯胜本在河南、山西一带练兵，与蓝玉了无关系，蓝玉案发后他们也被召回，既未拘捕，也未审讯。安居一年多后，至洪武二十七年(1394)十一月，傅友德被赐死。三个月后，即二十八年(1395)二月，冯胜也被无缘无故地赐死。
有人，战功第一的徐达因为一向反对胡惟庸，所以无法牵连进“胡党”;他死时蓝玉案还没有爆发，当然与“蓝党”也无关，但是他也没能幸免。洪武十八年(1385)，他患上了极为凶险的背疽，按中医的说法，背疽忌吃蒸鹅。朱元璋偏偏派人送一只蒸鹅给他吃。皇上所赐，不敢不吃。徐达明知皇上不希望他继续活下去了，只好当着来人的面，流着眼泪吃下蒸鹅，没有几天就一命呜呼了。
曾经向朱元璋建议“高筑墙，广积粮，缓称王”的朱升，预感到主公疑忌功臣，众醉而独醒，于洪武三年(1370)就告老还乡，还特地向皇帝请求?赐了“免死券”。第二年，朱升寿终正寝，享年七十二岁。但他的儿子朱同却没有得到“免死券”的庇护，最后还是死在朱元璋的手下——赐自缢。令人欷歔不已。
这样，终洪武一朝，在明初开国功臣中，身为公侯而得以幸存者，仅长兴侯耿炳文、武定侯郭英二人而已