1856年9月初，天京城外秦淮河的出口处，原本碧绿的江水忽然被染成了血红，一些被捆绑的黄衣黄褂者尸体顺河漂流，数量之多，令人震惊。正在围攻天京的清军断定，太平天国一定发生了内讧。这次他们还真猜对了。
太平天国定都天京后，清军在城东南建立江南大营，扬州城北郊又建起江北大营，这两个大营就像定时炸弹，时刻威胁着天京的安全。而就当时的形势而言，太平天国的北伐军虽已全军覆没，但西征军进展顺利，皖北等地区均落入了太平军之手。1856年初，在东王杨秀清的指挥下，太平军先击破镇江城外及扬州之敌，并击溃江北大营;随后，太平军在石达开部队的回援下一举打破江南大营。此战后，天京围解，天王洪秀全总算长舒了一口气。
胜利的背后隐藏着重大的危机，其中以洪秀全与东王杨秀清的矛盾为最。按太平天国的宗教理论，天王洪秀全系上帝次子，是上帝派来解救人间的最高代表;而东王杨秀清在举义前会众思想动摇的危急时候，和西王萧朝贵联手搞了个“天父天兄”下凡的把戏，并在事后得到了洪秀全的追认。洪秀全不能不承认，因揭穿杨秀清的话，大家就都露馅：如果杨秀清、萧朝贵不是什么“天父天兄”，那洪秀全又算什么上帝次子呢!?
但由此导致了一个问题。东王杨秀清本应在天王之下，但他时不时以“天父”下凡的名义，直接越过洪秀全给太平军部众发号施令。客观的说，杨秀清主持了太平天国早期的全面工作，功绩有目共睹，与之相比，洪天王则大都高高挂起，既有些宗教领袖的味道或是虚君。建都天京后，太平天国仍保留了这种“二元体制”，洪秀全在天王府中深居不出，很少参与具体军政事务，杨秀清由此，权威日盛，日益骄横，也就起了篡位之心。
东王府穷极奢丽，内有妃妾数百，选取的都是面容姣好、身材风流的江南美女，毫不逊色于天王府。据说，东王杨秀清经常昼夜淫佚，并造有龙车，让美女侍妾裸体拖曳，供其淫乐。也许是杨秀清小时候穷怕了，他发迹后，排场也像暴发户一般，出行时乘轿需三十二个人抬，轿子里还有两个小童服侍，连轿夫都是华衣华服，派头大得很。每次出门，队伍前必打着绣有青白二巨龙的旗仗，扈从千人，鼓乐齐奏，一副煞有介事的样子。
洪天王强压心头之火，假心假意的宽慰东王好生养病。杨秀清不理会却作呓语：“都说天无二日，人无二主，秦时二日相斗，这是为何?”洪秀全大惊，忙令手下随员对杨秀清九叩首，三呼东王万岁。洪秀全的突然之举，反让杨秀清一时没反应过来。本来呢，杨秀清想引诱洪秀全逊位，如果不答应就动手杀了他，但洪秀全猝令手下对杨秀清高呼万岁，反让他无话可说，只好打起呼噜装睡了。
洪秀全见杨秀清半天没反应，便假称如厕并乘机跑回了天王府。洪走后，杨秀清突然睁开眼睛，问左右：“天王去哪了?”左右说上厕所了，杨秀清才没有继续装下去。这幕戏，说起来有些像鸿门宴的痕迹，若按李宗吾的《厚黑学》理论，这杨秀清还是心不够黑，反应也不够快，所以成不了大事，注定要被人杀。
回到天王府，洪秀全后怕得冷汗直流，他立刻下令紧闭宫门，并让强壮的女兵们加强护卫。随后，洪秀全连夜写下血书诏，召北王韦昌辉、翼王石达开等人速回天京护驾。得令后，韦昌辉与秦日昌率三千精兵昼夜兼程，并在深夜里赶到天京城外。到达水西门时，守城士兵不开门，说：“没有东王的令箭，不能开城门。”韦昌辉听后大怒：“我就是奉了东王的密书，这才星夜赶来，你们胆敢阻拦，不想活了吗?”
守城士兵一听是北王，心里害怕，就把他们给放了进来。韦昌辉不作片刻停留，随后拍马杀奔东王府。遭到杨秀清卫士的激烈抵抗后，韦昌辉登高大呼：“奉诏讨贼，顺从者散去，不加罪!”控制局面后，韦昌辉带兵直扑杨秀清卧室。杨秀清本已睡觉，突然被外面的打斗声吵醒，他听到动静不对后，吓得赶紧躲在水阁下面，最后还是被捆了带走。东王所有的妻妾子女，全部被韦昌辉亲兵杀死，特别是那些身怀有孕的王妃，更是一个不留。
经此大变，洪秀全也多长了个心眼，他对于外人心存畏惧而只相信自己的家族中人。虽然石达开深孚众望，但洪秀全也对他起了疑惧之心。于是，洪秀全把大权分了两半，军权分给李秀成等人，政权则分给了洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达。正值当打之年的石达开，反而闲居天京，无所事事。
洪秀全的胞兄洪仁发、洪仁达这两兄弟虽说是宗教迷，但喜好贪敛财物;自己无才无能，却又不懂装懂瞎指挥，还自以为得计。年轻气盛的石达开哪里受到了这两个野心大、气量小的活宝，正气愤间，手下有谋士说：“大王既然深得军心，何必在此受制于人?中原不易拿下，何不挺进四川，做一番当年刘玄德的鼎足之业?”
石达开听后决心离开天京，自立门户，不再受洪氏兄弟的鸟气。石达开出走时，沿途发榜广而告之，哭诉了他在天京所受的不公正待遇，以鼓惑更多的老战士加入他的队伍。这一招果然有效，一路上太平老战士从者入云，跟随而去的人竟有十万人之多，狠狠挖了一下太平天国的墙角。之后，石达开的大军从江西东部抚州一带杀入浙江西部金华衢州一带，随后又辗转进入福建，下底后进入赣南。紧接着，石达开又西入湖南，但最终在大渡河前遭当地土司和清军的夹击而全军覆没。
君臣内讧，兄弟相残，太平天国赖以维系的拜上帝教宗教权威体系，终于被天京事变的血腥屠杀撕下了面纱。戏剧性的是，杨秀清被杀的那天后被洪教主定为“东王升天节”，不知是对杨秀清的平反还是对韦昌辉的嘲讽。石达开的出走，更是让太平天国“内政不修，人心各别”，军中流传歌谣：“天父杀天兄，总归一场空;打打包裹回家转，还是做长工。”
曾经轰轰烈烈的一场大革命，谁也不曾想到会是这样一个凄惨的大结局。事实上，历史上许许多多的革命，何尝不是同样一个结果。暴力革命带来的大都是专制的轮回，除极少数野心家能一逞平生抱负(姑不论好坏)，绝大多数人并不会因此而改变自己的境遇。如战后尚有余生，这些太平军老战士在回首昔日时也许会感叹，倘若早知今日，又何必当初?