万历十五年有一件值得注意的事情，就是当年的“京察”，加剧了因国本之争引发的君臣关系紧张，以及文臣之间的门户争斗。后来兴办东林书院、成为士人意见领袖的顾宪成这一年浮出水面。
所谓京察，是明朝对在京官员的一种考核制度。京官六年一考察，逢巳、亥年进行，京外官员三年一考察，万历十五年的京察史称“丁亥大计”。考察由吏部和都察院共同主持。五品以下由有司考察，不称职的降罚有差;四品以上的自己述职，去留由圣意决定。这当然是项好制度，至今对干部的考察仍然如此，但好的制度在帝制时代的人治环境下，很容易变味，最后演变成各派系互相攻击互相揭短、有权者报复政敌的把戏。
顾宪成是无锡人，在一个亦商亦农的小康之家长大，兄弟中行三。万历四年二十七岁时中应天乡试第一名，也就是俗称的“解元”，万历八年中二甲第二名进士，授户部主事。不久，他请了三年家回乡奉养老母，直到十四年下半年才假满回朝，升任吏部稽勋司员外郎，做到了副司长，这个司分管的是官员的勋级，人事档案以及因丧守制等事务，虽不如文选司权力大，但也很重要。尽管当时顾宪成文名已满天下，但在政坛上还没多大的动静。
这年二月，京察开始，都察院左都御史将工部尚书何起鸣列入“拾遗”的名单中，京察“拾遗”指的是原来的考核有遗漏，不准确，让专司监察的科道官再议。显然，这是不给何尚书的面子。大凡工部尚书，必须要搞好和内宫太监的关系，因为工部主管工程建设，而宫内的建设项目是最多了，往往是工部官员和宫内管工程的太监一起勾结分肥。何尚书和大太监张诚很铁，张诚替何尚书运作，给事中陈与郊在授意下，上书将何起鸣和主持京察的辛自修放在一起评论，实际上是攻击辛而替何开脱，辛自修被攻击后托病辞官。御史高维嵩等人气不过，上疏弹劾何起鸣。正好万历帝听信了张诚的话，相信何起鸣怀疑辛自修，便责备高维嵩，说“朝廷每用一人，言官辄纷纷排击。”将高等人调出京外，一些官员又立刻上疏为高御史抱不平，遭到处罚。
顾宪成的上疏应当说是立场比较公允的，他主张这场风波的当事人“各务自反”，即每个人都反省，大家来找找自己的毛病。可万历帝看完大为生气，要求内阁拟票重重处理顾宪成和一起上疏为高维嵩鸣冤的王德新。首辅申时行开始还想和稀泥，票拟为罚俸——扣发薪水。万历帝认为处罚太轻，亲自起草处理意见，顾宪成被连降三级，贬为桂阳判官。
顾宪成曾经碰到同乡、内阁学士王锡爵，王锡爵对他说出自己的疑惑：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必反之。”顾的回答是：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳。”两人都看到了朝廷和民间意见的尖锐对立，但顾宪成认为责任在上面，是朝廷罔顾民意，和民间满拧。
这次贬官只是顾的一次挫折，几年后他又回到吏部担任要职。七年后他彻底得罪了皇帝，削职回家，完全淡出了政坛，一心一意讲学，成为东林士人的领袖，用舆论的力量影响朝政。此乃后话。