司马睿是东晋的开国皇帝，是司马懿第五个儿子司马伷的孙子，继承了父亲司马觐的琅琊王位。本来是轮不到司马睿做皇帝的，不过后来他在西晋摇摇欲坠的时候率大军南下江东，开辟了一片革命根据地。公元313年，晋武帝司马炎的孙子司马邺在长安称帝，这样算起来，司马邺还要叫司马睿一声叔叔，这位叔叔可没有管过侄儿的生死，当然按时的情况来看，司马睿想管也管不了。司马邺继位刚刚三年，就被匈奴汉国皇帝刘聪的大将刘曜俘虏了，做了亡国之君，这个消息对于南方司马睿来说，无疑是一件大喜事，不过司马睿也不敢明着继承皇帝位。晋愍帝司马邺被虏的第二年，司马睿改元称王，构建了东晋王朝的政治框架，直到公元318年，司马睿在大臣刘琨、段匹磾、刘翰等一百八十多人劝进之下，即皇帝位。
司马睿虽然偏安南方当上了皇帝，但是他的身世却备受争议，成为历史上的一个未解之谜。二十四史之一的《魏书》中记载：“僭晋司马睿，字景文，晋将牛金子也。初晋宣帝生大将军、琅邪武王伷，伷生冗从仆射、琅邪恭王觐。觐妃谯国夏侯氏，字铜环，与金奸通，遂生睿，因冒姓司马，仍为觐子。”《魏书》是北朝时期的史书，四世纪时少数民族拓跋氏在中原建立政权，史称”北魏“，《魏书》记载的就是这段时期的历史。《魏书》中的这段记载，大致意思是司马睿是晋将牛金之子，当初晋宣帝生大将军、琅琊武王司马伷，司马伷生琅邪恭王司马觐，根据《晋书》的记载，司马觐的王妃叫“夏侯光姬”，是曹魏名将夏侯渊的曾孙女，与牛金私通，生下了司马睿，因此冒姓司马，仍然是司马觐的儿子。
司马睿是不是司马家的后代，对于后世来说很难考证，只能从有限的史书中寻找足迹，首先，《魏书》称司马睿是“僭晋”，说明《魏书》是不承认司马睿的合法性，不承认东晋的正统地位，有诽谤之意;其次，牛金是曹魏大将，并非是晋将，司马懿生前没有称帝，牛金怎么可能是晋将呢?当然不排除晋朝建国的以后，也有叫牛金的将领。唐代名相房玄龄主编的《晋书》也有这样的记载：“初，玄石图有「牛继马后」，故宣帝深忌牛氏，遂为二榼，共一口，以贮酒焉，帝先饮佳者，而以毒酒鸩其将牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云。 ”意思是说司马懿从一本谶书上看到“牛继马后”，很忌讳姓牛的人，司马懿命令手下将领牛金给毒死了，从这里就可以看出，《魏书》中的牛金就是指的曹魏将领牛金，而司马觐出生的时候，司马懿已经过世了，夏侯光姬怎么可能和死在司马懿之前的牛金私通呢?很明显《魏书》的记载不可靠。
不过《晋书》认为司马睿是夏侯光姬和一个牛姓的小吏所生，这一下使司马睿的身世之谜陷入死胡同，很难查找到真相，毕竟这位牛姓小吏史书上并没有记载。不过个人认为，既然夏侯光姬和这个牛姓小吏私通的事情被后世的史学家写到史书中，如果真的发生了这件事情的话，就像现在的娱乐八卦新闻一样，天天头条，成为坊间闲聊的话题，司马觐听到这些闲言碎语后，那还怎么可能让司马睿继承他的爵位呢?不过也不排除司马觐为了家丑不外扬，把这件事给忍了。《晋书》对于这件事的态度还是有所保留，称“恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云”，就是说司马睿是夏侯光姬和牛氏所生，跟先前司马懿看到的谶书”牛继马后“相符合，正因为这两件事情恰好对得上号，才让司马睿并非司马家后代成了一件真事。