关于南明政权的定义，普遍的观点是明末北京失陷后朱姓宗室在南方建立起来的诸政权。主要有福王弘光政权，唐王隆武政权，鲁王政权，唐王绍武政权，桂王永历政权，韩王定武政权，其中影响较大的是福王和桂王政权。顺治元年（1644）五月十五日，福王朱由崧在丹阳总督马士英等人拥戴下，在南京称帝，建元弘光。福王政权一方面抵御清军南下，一方面继续剿杀农民军。
顺治二年春，清军始攻福王。福王政权内部正在进行激烈的党争和内战，只有兵部尚书史可法督师江北，坚决抗战，死守扬州。清军攻下扬州，杀害了宁死不降的史可法，并实行屠城。五月清军占南京，俘虏福王。弘光政权仅仅维持一年就灭亡了。当年六月，故明官吏、缙绅钱肃乐等扶植鲁王朱以海监国于绍兴，建立政权。鲁王依据钱塘江天险，与清军相持一年，至顺治三年五月绍兴城破，鲁王出走而覆灭。在鲁王监国的同时，故明官吏黄道周和军阀郑芝龙等迎唐王朱聿键在福州称帝，建号隆武。但两政权不能合力抗清，反而互争“正统”，彼此水火不容。清廷诱降了拥有重兵的郑芝龙，在攻下两浙之后兵入福建，消灭了隆武政权。顺治三年十一月，故明官僚苏观生等人拥立隆武帝的弟弟朱聿键在广州称帝，年号绍武，而仅过了 40 多天清军攻陷广州便灭亡了。
绍武政权创立的同时，由两广官吏瞿式耜、丁魁楚在肇庆拥立桂王朱由榔为帝，改元永历。初期与广州唐王绍武政权互争“正统”，清军乘其内战，攻入广东，桂王奔逃于两广。此后由于抗清坚决的何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜等将领力战，并得到大顺军、大西军的支持，政权方得以维持。清顺治十六年(1659)正月初三，吴三桂数十万大军分三路连通昆明。南明小朝廷只得弃滇都昆明，经保山、腾冲一路败退进入缅甸。虽然南明的大西军战事一再落败，但在此期间却冒出了一个骁勇善战的罗姓将领，此人的第十代子孙罗星汉成为后来威震金三角的大毒枭。
《明史》记载：朱由榔带1500余人由腾越 (腾冲)西逃，进入缅甸瓦城 (即曼德勒近郊的古都阿瓦)，观望形势的缅王慰留贵客于缅北山区。1661年缅京老王驾崩，新王莽白继位，他看清形势，派精兵夜袭，砍死了南明数十名遗臣武将，囚禁了永历帝。这在历史上被称为 “咒水之难”。1662年，吴三桂率清兵十万之众饮马怒江、直抵缅甸瓦城城郊，莽白立即将永历帝及其母、妻、妄送交清军，以免惹火烧身。朱由榔被押解回昆明，囚禁在蓖子坡头的金禅寺(今利民巷)内。康熙元年(1662)四月，永历帝被吴三桂用弓弦在今称逼死坡的地方勒死。南明政权基本瓦解。1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚，大明王朝在大陆地区的抵抗运动结束。