在忽必烈之前，大元帝国的君主们都无年号，为此，刘秉忠建议改变当时使用的辽历。他说：新君即位，应该颁布历法，改变年号。他还要求各级官府设置更漏，让老是姓知晓时辰。他认为之前的国家虽然灭亡了，但历史却是存在的，因此应当组织人修金朝的历史。
刘秉忠建议忽必烈要量才用人。他说贤明的君主用人，就像高明木匠用材一样，根据木材的粗细长短施以规矩绳墨，做到人尽其才。他还要求要广开言路，君子不以言废人，也不以人废言。他特别强调当君王的要兼听。他形象地比喻说：天地是很大的，日月是很明的，但间或也会受到遮蔽。遮蔽天之明的，是云雾，遮蔽人之明的，是私欲佞说。普通人被私欲佞说遮蔽，不过遮蔽一人而已，人君被遮蔽，那就是遮蔽了天下啊!因此，要挑选好左右谏臣，要他们讽喻于苗头初起之时。刘秉忠将君子和小人作了理论上的区分。他说：君子讲究义理，心怀忠良;小人追求利欲，肚中有的是谗佞。君子在位上，能容小人;小人一旦得势，就容不下君子。因此，君主一定要分清君子与小人，错用了小人，就有覆家灭国之危险。
刘秉忠还要求禁私刑，减刑法，废除鞭背之刑，以彰显爱生之德。刘秉忠认为纪纲正于上，法度行于下，天下就可不劳而治。刘秉忠的这些建议，为未来的元帝国建设从政治、典章、法度、礼乐、教育诸方面绘制了一幅完整的蓝图，忽必烈听了这些建议后，非常高兴，而他登基后也确实是照此蓝图行事的。1260年6月4日，忽必烈在刘秉忠设计建成的都城开平即位，听从刘秉忠建议颁布年号为“中统”，含中国正统之意，开元朝皇帝使用年号之先例。1264年，又改年号为“至元”，取自《易经》“至哉坤元”。朝廷旧臣，山林贤逸之士，量才录用，朝野上下，一片生机。因此，我们可以毫不夸张地说，刘秉忠就是大元帝国建国的设计师!
刘秉忠跟随忽必烈左右，因已出家，因而穿的仍是和尚服，他法名子聪，又为忽必烈掌管文案，所以人们都叫他“聪书记”。直到忽必烈至元元年(1264)，一位任翰林学士承旨叫王鹗的上奏说：刘秉忠在皇上还当藩王时就跟随侍候皇上，间很久了，其间参与运筹帷幄，策划了建设国家的大计，忠心耿耿，劳苦功高，应予褒扬。皇上登基，万象更新，刘秉忠却还穿着出家人的衣服，也没有封号，是不适当的，应请他穿符合礼仪的衣服，封他应有的职位。忽必烈准奏，即日便拜刘秉忠光禄大夫，位太保，参领中书省事。光禄大夫位一品，太保不仅是一品官，而且位列三公。刘秉忠位极人臣，可见元世祖忽必烈对刘秉忠的重视与信任。忽必烈封了刘秉忠官后，又下诏让他娶翰林学士窦默之女为妻，并赐与府第。而刘秉忠也不辜负忽必烈的恩宠和信任，以天下为己任，事无巨细，凡事关国家者，总是知无不言，言无不尽，忽必烈也就对他更为信任。他举贤荐能，全出自公心，经他识别提拔的人，差不多都成了名臣。
刘秉忠除帮助忽必烈设计了建国的蓝图外，他还是元朝两座都城即上都和大都的设计者，在中国乃至世界的城市建设史上，留下了世人惊叹的极其辉煌的成果。蒙哥汗六年(1256)，忽必烈还在潜邸，但已有雄霸中原的计划，为了进军中原，他要求刘秉忠在桓州东、滦水北设计修建一座城，刘秉忠用了3年的时间完成了这一工作。城修好后，取名开平，后来升为上都，忽必烈就是在此登上皇帝宝座的，其遗址在今内蒙正蓝旗东20公里处。至元三年(1266)，刘秉忠又奉命在原燕京城东北设计建造新的都城，取名大都，即今天的北京城前身。大都从至元四年(1267)开始修建，到至元二十二年(1285)完成，共用了18年时间。刘秉忠虽然没有看到修好的新都城是什么模样，但大都的蓝图是他为主设计的，因此，仍不影响他作为世界史上最伟大的城市设计师之一名垂青史。
至元十一年(1274)，刘秉忠跟随忽必烈幸上都，住上都南屏山，八月，端坐无疾而终，享年59。忽必烈听到他辞世的消息时大惊，对群臣说：秉忠追随我30多年，小心慎密，不避风险，言无隐情，他精通于阴阳术数，很多事情他都预先知道，详情只有我清楚，其他人是不了解的。于是下令，遣礼部侍郎赵秉温护送刘秉忠的灵柩还葬大都。至元十二年，赠刘秉忠太傅，封赵国公，谥文贞。到了元成宗时，又赠太师，谥文正。再到仁宗时，更进为常山王。刘秉忠死后不断受到封赠，可见他为大元帝国的建立，建立了何等巨大的功劳!
刘秉忠自幼好学，至老不衰。他位极人臣，却以粗茶淡饭度日。他是位了不起极的极有远见的政治家，是位世界一流的城市建设设计师，同时还是位著作等身的文学家。他自号藏春散人，业余爱好就是吟诗作赋，有10卷文集传世。由于刘秉忠精通阴阳术数，忽必烈又公开说他能预知未来，不少野史也就将他神化了。如说其墓被盗，有司进墓调查时，发现一石板，上面有刘秉忠留下的预言：某年月日某人盗我墓。有司照此追查，果将盗墓贼抓获。