继八旗蒙古的建立，皇太极把旗的编制推广到整个蒙古地区，把蒙古分为内蒙古和外蒙古。内蒙古二十四部，陆续编为四十九旗，这种旗主要职能是管理本旗民事与行政。以后，由若干个旗组成一个“盟”(朝廷指定的会盟处)，作为中央对旗的监督机构，“不能干预各旗事务，也无权发布政令”，“盟长主要是(各旗)会盟的召集人”。内蒙古四十九旗，设哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭六盟。通过盟旗制度实行分而治之，把广大蒙古人民固定在各自的区域中。
内蒙古各旗也有兵丁，但就其性质而论，近乎于民兵。尽管内蒙古许多部旗在清统一或维护统一的战争中出力甚多，但战后，他们又在一个固定的地域中生产、生活了，而不同于入关后职业性的八旗军。内蒙古各旗设扎萨克(旗长)，多为世袭，向上对口是处理少数民族(以蒙古族为主)事务的理藩院和驻防节制将军。而八旗中，每旗一都统，直对中央兵部(军机处)。内蒙古六盟四十九旗，外蒙古八十六旗(设于康熙三十年——1691年)的颜色没什么规定，因为他们无论如何善战，也是杂牌军。
蒙古旗与蒙古八旗易混者为现在还有的内蒙古锡林郭勒盟内的镶黄旗、正镶白旗、正兰旗的名称与现行体制同。上述三旗在清时也的确是蒙古八旗的建制和驻防地域。此八旗为康熙十四年(1675年)置，称口外游牧察哈尔八旗，初为总管级，属在京蒙古都统兼辖。乾隆二十六年，改置都统(八旗都统为从一品大员)，驻张家口。现在，此八旗中只保留四旗三名(正镶白旗二旗合名)，右翼的四旗己经不存在了，地域当在乌兰察布盟的凉城、卓资、察右前、察右中、察右后、集宁、化德各旗县之地。
蒙古八旗的编立，表明了八旗制度的基本完善和全面确立，不但极大的扩充了清政府的兵源，有利于和明朝的作战，而且也从根本上加强了对东北各民族行政统治和管理。促进了全国各地政治、经济和文化的发展，进一步壮大了后金—清王朝的实力。