万历三大征的最后一役，是平定西南苗疆土司杨应龙叛乱的“播州之役”。首先解释一下这一战役中，叛乱的中心词——“土司”，土司是自元朝以来所设置的地方官职，最初是为了安抚、封授西北、西南部分少数民族首领，给他们在这些边陲地区一定自治权力的安排，但“土司”和我们现在意义上的少数民族自治区可不一样，这些土司，世代袭位，世代受封，关键是可以保留部分掌兵之权，名义上是在中央的委托下，作为一方维稳力量的。但是历史的教训告诉我们，这一旦拥兵就不是什么好事，特别是山高皇帝远的偏远地区。万历年间在四川南、贵州一带的播州任宣慰使司的杨应龙就折腾出了一场巨大的动荡，酿成“万历三大征”的最后一场——播州之役。
杨应龙祖上是唐朝因扫荡西南边陲骚乱有功而受命在此镇守，近千年过去了，历朝历代管制不同任职不一，但没变的就是在这片川黔之地上起伏多少代仍居一门望族。到了明朝，正是杨应龙袭土司之位，任了播州的宣慰使司一职。杨应龙最初对大明政府是很拥戴的，万历喜欢大兴土木，建造他的定陵就是坨很大的项目，这个川黔边区的头目充分发挥地方特色优势，给皇帝砍上好的木头进奉就是他这一方面的突出特长。因表现良好，万历封给他“都指挥使”的头衔。有人说杨应龙是因此遭到了地方其他土司的嫉恨，被陷害、逼迫后不得不走上造反之路，他本身是一个“深得苗人拥护”的首领。不过我并不赞同这种观点，就凭他能给皇帝大兴土木提供坚实的货源基础，应该就不会给当地的百姓什么轻松和谐的生活环境。而且正史对其的记载也是“骄横跋扈，作恶多端”，所以他应该是一个不怎么受当地人喜欢的土司。
万历十七年，杨应龙被地方的其他同僚告发叛乱，但因为这叛乱位于西南边陲，川黔交界处，四川方面为安定主张招安。贵州是事发地，主事的头儿是宁夏平乱中勇猛异常的将领叶梦熊，叶的暴脾气则是准备剿灭这家伙。双方主张不一。而更重要的是，大明正在宁夏和朝鲜(万历三大征的其他两场战争)战场焦头烂额，没工夫专门管这个小骚动，而杨应龙也时叛时降，有几次害怕明廷力量庞大准备砍了他的时候，可以上演一幕浪子回头负荆请罪的苦情大戏，隔不久又重整叛旗再放厥词。他可以反复闹腾只因为明朝政府对他的松懈——没有解除他的兵权。依然手握军队的杨应龙当然敢反悔数次。后来，时不时在四川、贵州、湖北一带作乱，还自我高端定制了一套顶级狠货服饰偷穿欣赏，什么服饰呢?——蟒袍。这在当时可是谋逆大罪，灭族都不过分啊!腹黑的万历大人精力还集中在逐倭援朝的国际战场上，杨应龙跟丰臣秀吉比起来，就是个后院的内部纠纷，但是偷穿皇帝私人定制的职业装等大问题，是绝对不可姑息的。万历盯着朝鲜的动向，暗暗对杨应龙说，你等着。
万历二十七年，倭寇已平，从辽东回过头的万历也打上瘾了，即刻命贵州巡抚江东之征剿杨应龙。上阵的是都指挥杨国柱，在贵州境内的飞练堡夺占大片土地，而杨应龙在一个叫天邦屯的地方诈败，等明军赶到时伏击成功，俘虏杨国柱，明军全军覆没。因为这次惨败，江东之也随之被罢官。然后，类似李如松当年被调往鸭绿江一样，万历再次号召将领发挥连续作战的伟大作风，这次被圈到的是朝鲜战场表现出色的一位将领，刘綎，从东北赶赴西南。总统领是前四川巡抚，时任都御使兼兵部侍郎的李化龙，并赐予他尚方宝剑，打算一举歼灭这个无法无天的小土司。
明军分为八路进行作战，每路三万，共计二十多万开向贵州，其中大将刘綎直攻向杨应龙所在的核心地綦江，杨应龙的土部队在跟刚抗日回来的正规军一交锋就溃不成军，四下哄逃，一路逃回了身后老窝，娄山关，也被击垮。万历二十八年五月，他带着为数不多的苗兵在最后的一处海龙囤，用滚石和木头做垂死抵抗，二十多万的八路明军围在城下，给杨应龙做了一场隆重的送别会，这人到最后应该是追悔莫及了吧，因为他的折腾，万数士兵战死，他自己也落了个走投无路的结局，如果这一切重来，他还是风景如画的川黔地界上一个幸福地小土司，守着祖先世代的封荫显赫一方。想归想，刘綎已率军攻破最后的防线，杨应龙别无选择地与妻子一同自杀了。
播州之役结束，平杨应龙叛乱三月余，耗银二百万。
在这之后，万历下令在午门城下处死涉乱战犯，并且亲临现场，比起抗日之后“虽强必戮”的威武魄力，这次内部平乱就显得他纯属享受这种淡然冷笑贼子的感觉了，不过也许对于大明天子万历来说，日本丰臣政权，和贵州小土司偷做龙袍没什么大区别，弃义小国，乱臣贼子，必诛。而杨应龙的叛乱，让明政府意识到了土司们世袭权力的隐患，开始了历史上著名的“改土归流”之措，最终在后来的清朝完成大规模统一，以加强中央对地方的控制。
万历三大征完了，万历花了千万余银激扬国威，横扫西北、东北、西南，爽得连怠政都顾不上了，天朝上国大显特显的背后，国库、尤其是久战的军队，都快亏得吐血了。