二战结束后，作为战后处理的重要一环，同盟国在日本东京设立了远东国际军事法庭，根据国际法对发动侵略战争的日本战犯进行了审判。东京审判既是对世界反法西斯战争的历史总结，也是战后日本和远东国际关系新格局的起点。
东京审判从1946年5月3日开始，到1948年11月12日结束，前后持续2年半之久，共开庭818次，法官内部会议131次，有419位证人出庭作证，779位证人提供宣誓口供，受理证据4336份，英文审判记录48412页。整个审判耗资750万美元。1948年4月16日，法庭宣布休庭，以作出判决。11月4日，审判长开始宣读长达1231页的判决书，到12日才读完。
除东京审判外，同盟国还在马尼拉、新加坡、仰光、西贡以及伯力等地，对乙、丙级战犯进行审判。据统计，被同盟国起诉的日本各类战犯总数为5423人，被判刑者4226人，其中被判处死刑者941人。
东京审判的历史功绩和意义
远东国际军事法庭对日本主要战犯作出的合乎正义的严正判决，对世界历史产生了重要影响。
第一，东京审判是和平对战争、文明对野蛮、正义对邪恶的一次大审判，它既是法律的审判，也是政治的审判，具有划时代的政治意义和历史意义。
东京审判以反和平罪、战争罪、反人道罪审判战犯是国际政治和国际法发展的需要。由日、德、意法西斯发动的第二次世界大战是人类历史上规模最大、范围最广、生命财产遭受最巨大的战争，仅以战争罪审判直接参加的普通罪犯，无法惩治策划、发动和指挥侵略战争的领导者。只有用反和平罪、反人道罪，才能将策划、发动和指挥侵略战争的领导者押上神圣法庭惩罚其战争罪行。
远东国际军事法庭根据许多第一手原始资料和1000多人的证词，核实了大量史实，系统地揭发和列举了日本政府和军部策划发动侵略战争及其在战争中犯下的骇人听闻的种种罪行，尤其是南京大屠杀，在国际社会产生了巨大震动，血腥的铁的事实表明了日本从九一八事变到太平洋战争期间所进行的都是侵略战争。远东国际军事法庭用法律的手段审判和严惩了反和平罪、战争罪、反人道罪的策划、发动和指挥侵略战争的战犯，伸张了和平、正义与人道主义的精神，从而在政治上确认了任何侵略战争行为都是违反国际法，都将受到严厉惩罚，这有利于防止战争，维护亚太地区乃至世界的和平与稳定，它符合人类进步与世界和平的历史发展规律。所以，远东军事法庭是代表所有战争受害国，代表世界人民对战争罪犯进行审判，绝不是战胜国对战败国的单方面审判，它的本质是国际正义对法西斯邪恶势力的审判。
第二，东京审判对国际法的发展特别是国际刑法的发展做出了重大贡献。
东京审判的军事法庭的设立是由二战期间同盟国达成的《波茨坦公告》、《日本投降书》等一系列具有法律约束力的国际文件所确定，远东盟军最高统帅部的《特别公告》和《远东国际军事法庭宪章》，基于《非战公约》以及《莫斯科宣言》、《伦敦协定》等国际法或国际文件而制定，它与欧洲军事法庭判决书一样，是世界各国公认的关于战争的重要的国际法文件，它肯定了反和平罪、战争罪、反人道罪等都是违反国际法的罪行。这在国际法上开了先河，促进了战争法规的建立与发展，在国际法的理论上和实践上都具有重大的开拓意义。
东京审判严惩反和平罪、战争罪、反人道罪，发展了传统国际法的正当性，将以往国际法中默示的概念首次明示和确定。从法律上讲，它则体现了对公平与正义的追求和对国际法体系的完善与发展，绝非胜者对败者的报复。因而，战后国际社会将这些犯罪概念普遍化。一旦发生战争犯罪，包括组织战争的行为，就会遭到谴责，根据当时国际社会的需要而进行审判。所以，国际社会普遍认为东京审判是“为了防止战争的发生而在‘国际法上的革命’，具有重要的意义”。
第三，东京审判为研究日本近现代史、中日关系史、远东国际关系史和国际法特别是战争法规，提供了一个丰富、权威而庞大的历史资料库。
通过东京审判，一是揭露和澄清了以往日本政府隐瞒的许多历史事实，如日军关东军如何自炸铁路，然后反诬中国军队所为，进而挑起“九一八事变”；日本如何密谋策划建立德日意“三国同盟”和发动太平洋战争，等等。为参加和进行东京审判，检察方和辩护方都准备了庞大的资料，仅法庭英文速记就达48412页（日文为10卷）。超过1000万字以上有关证据资料8000件，其中检察方的证据资料为21200页，辩护方为26800页。出庭作证证人为12个国家的419人。
东京审判的缺憾
总体来说，东京审判是公正的，体现了反法西斯同盟国和世界人民的共同意志，体现了国际法的正义原则。但同时也应该指出，东京审判存在明显的缺失。可以说，远东国际军事法庭对日本战犯的判决，只能说是对日本军国主义侵略战争罪行的部分清算，很不彻底，很不完全。
第一，没有追究日本天皇的战争责任，是东京审判的一大缺憾。
裕仁天皇对日本侵略战争以及日军暴行负有最高领导者的责任，“裕仁独立于政府和官僚政治，在一个彼此制约的复杂的体制中，行使了实权和权威。他参与了制定国家政策，并向陆海军将领们发布大本营命令；他在策动日本对外侵略战争方面发挥了重要作用，并指挥了对中国的所有军事行动。1941年裕仁和他的宫廷近臣们，与陆海军中主张反英美的强硬派联手，从而使亚洲—太平洋战争成为现实” 。“无论是1931年日本侵占中国东北，还是1937年日本对中国发动全面侵略战争，抑或对日军在中国犯下的暴行——南京大屠杀、三光政策、虐待俘虏、屠杀平民、开发使用化学武器等，裕仁不仅未采取任何阻止行动，反而嘉奖了犯罪者。”
然而，作为侵略战争的最高统帅裕仁天皇却没有受到任何追究。天皇是日本宪法体制和战争责任体制中的最高权力者，不追究天皇的战争责任，就不可能彻底追究日本国家的战争责任。没有追究天皇的战争责任，这给战后的日本政治带来了严重后果，造成日本政府和主流社会拒绝对侵略战争进行诚心的反省和悔改，政治上长期右倾化。
第二，没有把“反人道罪”作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。
“反人道罪”包括日本对朝鲜、台湾等殖民统治地特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，如在中国实施最野蛮的烧光、杀光、抢光的“三光政策”，制造数以千计的惨案和对无设防城市居民的大轰炸，以及强制劳工、强迫妇女做随军“慰安妇”，等等。但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。
第三，没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。
在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000多名日本军人公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，参与了细菌武器、化学武器的研制、生产和使用，包括惨无人道的用活人进行实验，理应受到严惩，却被美军保护起来，并掩盖其重大的战争犯罪事实，成了为美国提供细菌战研究情报的“有价值的合作者”，而被免于起诉。作为交换条件，石井四郎等20名“细菌战专家”，向美国提交了长达60页的人体实验报告、20页的19年的作物毁灭研究报告和8000张“细菌战实验人体及动物的解剖组织”幻灯片；另还有石井四郎本人从事“细菌战各阶段研究20年经验的专题论文”。
二战前后，在细菌战研究方面，日本走在世界的最前列，美国相对比较落后。美国的细菌战计划开始于1942年末，由美国陆军化学战部负责，1943年4月初具规模，而日本早在12年前就已进行，太平洋战争爆发后已经可以用于实战了。因此，当日本投降后，美军调查日军细菌战情报时，不管是美军的细菌战研究人员，还是美国军事情报部门，都一致认为：“日本的细菌战情报对美国的安全至关重要……”因而，美军得到了石井四郎等人交出的有关鼻疽、鼠疫和炭疽的3本长达1000多页的解剖报告，使美国人“大为满意”。这样，美国一方面获得了“具有巨大价值”的细菌战资料，另一方面，又达到了“不想让苏联人从日本方面得到任何东西”的目的。
由于美国的包庇，虽然侵华日军实施细菌战、化学战早已真相大白，但日本政府至今仍不认错。不愿反省或否认自己过错的民族，极有可能重蹈覆辙。
第四，受美国“冷战”政策使然，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。
二战结束后，美国的对外政策明显地转向反苏、反共、反对中国革命，企图把日本变成亚洲的反共前哨阵地。美国陆续释放了大资本家鲸川和航空工业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的根源没有得到彻底揭露。1948年12月24日，即对7名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。1949年10月19日，又宣布对乙、丙级战犯也结束审判，不再逮捕、搜查战犯嫌疑犯。1950年3月7日，更悍然颁布“第5号指令”，规定所有根据判决书仍在日本服刑的战犯都可以在刑满前按“宣誓释放制度”予以释放，这实际上变相地否定了远东国际军事法庭的判决。
从1950年10月到1952年8月，在美国政府的支持下，吉田茂内阁政府先后为18万左右的军国主义分子解除“整肃”，使他们重返政坛，窃据要职。到1958年4月7日，所有未服满刑期的日本战犯都得到了赦免。甲级战犯岸信介被释放当年即当选为国会议员，后又出任日本首相，组成“战犯内阁”。其结果导致日本国内弥漫着“集体无罪意识”：既然身居高位、掌握国家大权者无罪，日本就无罪；既然天皇、政府、各级官员没有战争责任，所有罪责都在25名战犯身上，只要惩处了他们，日本的战争罪责就“洗净”了。从而，使日本多数政要不愿意认真反省和悔改战争责任，尤其是使日本右翼势力否认、歪曲、美化其侵略历史的言行大行其道。
由于“冷战”政策的需要，美国颠倒是非，黑白不分，毫无正义可言，竟在《对日和约》中不承认日本1941年12月7日以前发动的战争是侵略战争，结果使日本在战后没有认真进行战争赔偿，而且使日本国民没有像德国国民那样有一种负罪感，对日本法西斯仇恨不起来。还使日本残余的军国主义思潮不断泛滥，残余的军国主义右翼团体组织得以发展。到1952年，以原将军级或上校级旧军官为主的极右翼团体有60个。从20世纪60年代到90年代末，日本右翼团体组织由400多个增加到900多个，它们的共同特点是：崇拜天皇制，否定侵华战争，反对道歉。
总之，二战结束前后，美国对日本采取保留天皇制，成为战后日本重建右倾保守政治体制的政治基础和精神支柱；美国对日本实行单独占领并包庇、赦免一大批犯有侵略战争罪行的日本战犯，且用“冷战”政策予以呵护，使日本战后一直没有认真反省和清理对外侵略历史，为日本军国主义思潮的复活提供了温床。这是自20世纪80年代以来日本少数右翼势力否认、歪曲和美化其侵略历史的谬论肆意泛滥，为军国主义战犯招魂的闹剧连年迭演，政治右倾化趋势日益严重的主要历史渊源。