远东军事法庭东京审判于1946年5月3日开庭，1948年11月12日宣布对25名被告的判决，随后闭庭。从审判本身的最初目的来看，其收场方式甚至让人难于理解，审判方面更让人感到有见风使舵之嫌疑。未经起诉便释放一直拘禁着的岸信介 儿玉誉士夫等全体甲级战犯嫌疑者一事便是如此，不出版审判记录也是如此。
反观纽伦堡审判誉1945年11月开始公审，1946年10月宣布判决，随后从1947年到1949年，长达13卷的审判记录相继出版。为了使审判的效果不至于转瞬即逝，出版和公开审判记录 是必不可少的。
东京审判和纽伦堡的组织和做法很不相同：
1 前者由美国单方面主持，麦克阿瑟可以一个人判决最后结果;
纽伦堡有英美法苏四国主持。
2 审判官。
远东委员会(FEC)11个成员国的11名审判官由盟军最高统帅任命。纽伦堡为4国派出4名审判官，然后由各国分别任命一名预备审判官。
3 法定人数。
东京审判只需要半数以上的审判官出席，纽伦堡4人全部出席，缺席的审判官由预备审判官代替出席。
4 审判长。
远东由盟军最高统帅任命，而纽伦堡的原则是审判官互相推选轮流担任，每次审判均更换。
5 检察官。
远东为盟军最高统帅任命，然后由运动委员会各成员国分别任命1名陪席检察官，辅助首席。
由此可见，远东军事法庭并不是根据参加审判的11国共同协定成立的，而是有盟军最高统帅麦克阿瑟单方面宣布成立的，那么法庭的焦点就在麦克阿瑟身上了。
麦克阿瑟在二战结束前和日本方面达成了协议，即不对日本天皇进行诉讼换取几万美军的性命，因为美军在冲绳 硫磺等地遭受了巨大的损失。美国以最快的速度占领了日本，从而达到了排斥苏联的目的，从而形成了柏林和东京战后盟国统治的不同格局。
在麦克阿瑟的排斥下，远东法庭首席检察官基南被撇在了一边，而莫罗对中国遭受细菌化学武器的调查报告也被封存，如果不是当时苏联的强烈抗议，731可能难有得见天日得一天，但是即使是这样，苏联仍然没有得到审讯731部队得机会，731部队成员被美国单独保护起来，没有受到战败后得追责，这是中国方面远东法庭得一个相当大得遗憾，731部队返回日本后，迅速占领医学界，他们得很多科研成果都可以说是踩着中国人得尸体走出来得。当然这归咎于麦克阿瑟得功劳。
1945年10月2日，华盛顿的方针在国务院 陆军 海军 三方调整委员会回忆上作为国家政策确定下来，即肯定纽伦堡的审判模式，但是坚持由迈科阿瑟决定。但是麦克阿瑟否定了纽伦堡的审判，他强烈的想把战犯交由美国军事法庭单独审问，而且把侧重点放在珍珠港由谁策划的审判意见上来。12月7日，麦克阿瑟和基南的协商中，麦克阿瑟就国际审判强调了三点：1 必须尽快进行审判2将起诉日本战犯的理由简单化，可集中到屠杀美国人民这一点上来3希望审判不要触及事后法则。可以看出此次法庭的审判中心不是受难最深的中国而是美国，麦克阿瑟的想法就是为珍珠港死难的几千官兵复仇，而不是遵守国际协定公正的审判。从美国递交的战犯名单上可以看出美国的意图，在名单的开头便是偷袭珍珠港时11名内阁成员的名单。
由于麦克阿瑟单方面的自做主张，很多罪行累累的战犯被无罪释放，当时威洛比的请求很容易就得到了麦克阿瑟的批准。
我们国人最为关心的南京大屠杀问题在远东军事法庭里显得微不足道，当时对日本方面华中总指挥松井石根简单而隐秘，然而在美国的干预下，松井虽然被处以死刑，但是更多的南京大屠杀战犯被保存下来，比如朝香宫等人。
我国在远东军事法庭里所起到的地位甚微，和我国所受灾难明显不符我国派出了一名检察官和两名助理检察官，然而我国对战犯的审判结果没有起到实质性作用，很多在中国犯下罪行的战犯根本没有被麦克阿瑟列入名单。我国在远东军事法庭的失利，和我国当时的国际地位时分不开的。
检察团本来是负责控告被告的，而在远东法庭里却起草了审判之法，从一般的审判常识来讲时颇为奇怪的。在纽伦堡审判里，国际军事法庭宪章时根据英美苏法四国协定签订的，而东京审判的宪章却是由麦克阿瑟一个人公布的，虽然各国组成的检察团构成了法庭的检察队伍，但却从属于麦克阿瑟手下的一个局，在公布的宪章里的第八条检察官一条特别规定了首席检察官除了有控告被告的职责外，还要给麦克阿瑟以适当的法律上的帮助。麦克阿瑟自己决定了5～9名检察官，同时取消了纽伦堡的预备检察官制度，远东军事法庭实际上成了麦克阿瑟自己后院的法庭。
查阅资料的时候发现，在远东军事法庭里有着太多的不公正不彻底的裁决，我国在这次法庭里吃的亏相当的多，可以从战后11国商定的赔偿款配比中看出，美国单方面要求要占用百分之四十的赔款，而中国只有很少的一部分。而这次法庭的判决结果，也给了今天日本抵赖罪行的借口，当年的那场裁判就是一次交易的成功：日本和美国的媾和。
而中国，由于一些当时美国为料及的政治变故，使得在远东军事法庭里，担当了受气包这个角色，承受了这次不公正不彻底的审判的苦果。