爱国思想
义和团具有朴素的爱国思想，对外国的侵略给中国带来的灾难十分痛恨。他们表示：“最恨和约，误国殃民;上行下效，民冤不伸”还有些义和团组织更希望能使国家从屈辱的境地摆脱出来，如当时的红灯照就宣布要以法术“远赴东洋，索还让地并偿二万万之款”。
排外思想
与爱国思想相对应，义和团也存在一些排外的思想与举动。这些行为实际上是一个复杂的现象，应当进行实事求是的分析，不能简单化处理。一是义和团为抵抗清军镇压或外国侵略军的进攻而在部分地区采取的毁铁路拔电杆的行为，这些举动是基于战争形势的需要，并不存在仇视外国科学技术的问题。如涞水之战杨福同被杀后，义和团开始大规模拆毁铁路，根据当时有人的分析，其缘由是“意谓前既拒杀官长，祸必不免，毁路所以阻兵，烧站而死西人，更可图快。”。过去有人仅凭义和团的宣传“拆铁道，拔线杆 ，紧急毁坏大轮船”就认为这是敌视西方文明的举动，这是不严肃的。
二是部分义和团员基于仇外对西方器物的大规模毁坏，如“团中云，最恶洋货，如洋灯、洋磁杯，见即怒不可遏，必毁而后快。于是闲游市中，见有售洋货者，或紧衣窄袖者，或物仿洋式，或上有洋字者，皆毁物杀人，见洋字洋式而不怒者，惟洋钱而已。”(佚名：《天津一月记》)此外，义和团还杀害了很多无辜卷入的教徒和一些接受西方文化的知识分子，“若纸菸，若小眼镜，甚至洋伞，洋袜，用者辄置极刑”。这些行为遭到后世论者的极大诟病，认为是封建蒙昧主义的体现。
三义和团是一个松散的组织，在一部分义和团不分青红皂白笼统排外的同时，另一部分部分义和团并没有完全排斥西方器物。一些义和团员在实战中意识到洋枪的优点并加以使用，如俄国随军记者扬契维茨基说：“街上到处都是扎着红头巾的义和团，不过，现在他们不仅手持长矛大刀，而且有的也拿着步枪了”。还有一些义和团只要形势需要，并不拆毁铁路。如新城某团“其团规不赴调出战，不滥杀教民，不拆铁路，颇守正。”又如在保定西关“铁路人人自危，皆错愕不知所为。或献计曰：‘莫如迎师立厂，拳匪顾念同类，或可免意外之虞。’观察不得已从之，立厂于西关永宁寺，迎师教练，诫毋焚杀。铁路诸色人等尽入其中。由是人心始定，拳匪与工役耦居无猜，附省二百余里铁路得以无恙。” 。
迷信思想
义和团存在大量的迷信思想，这是由于构成义和团员主体的中国农民在当时缺乏先进的思想武器，只能以落后的迷信思想来解释外国侵略者给中国带来的灾难，当时的义和团普遍认为中国的灾难是遇上了“劫运”。称“劫运到时天地愁，恶人不免善人留”(《庚子大事记》)。而灾难的源头就是洋人：“天无雨，地焦干，全是教堂遮住天”，这种认识对义和团的迅猛发展起到了重要作用。同时，义和团也把抵御外侮的希望寄托在超自然力量上，希望通过迷信仪式达到刀枪不入的效果，如《闭火分砂咒》：“弟子在红尘，闭住枪炮门，枪炮一齐响，沙子两边分”。
宗教迷信观也是义和团进行宣传鼓动的形式，义和团在“请神”时“以降神召众，号令皆神语。传习时，令伏地焚符诵咒，令坚合上下齿，从鼻呼吸，俄而口吐白沫，呼曰神降矣，则跃起操刃而舞，力竭乃止”(《拳变馀闻》)。用“升黄表，焚香烟，请来各等众神仙”的形式吸引群众，因而义和团运动中大量充斥着形形色色的迷信思想。这些迷信思想在义和团运动的初期起到了一定作用：共同的迷信思想成为联结各个义和团组织的纽带，使义和团在组织松散的状况下仍能坚持斗争。义和团的迷信思想成为维持纪律的工具，据记载，义和团员“其受伤深重而不能复活者，大师兄遍搜其身，或偶携有他物，则曰是爱财，曾抢藏人物，故致死，万不能活矣。故多不敢辄抢”(《乱中日记残稿》)，故在义和团运动的初期，义和团能保持较好的纪律。
迷信思想还起到了鼓舞士气的作用，在八国联军入侵初期，“拳匪信枪弹不伤之妄，遇有战事，竟冲头阵， 联军御以洋枪，死者如风驱草。乃后队存区区之数，尚不畏死，倏忽间亦中弹而倒”(《拳乱纪闻》)。当然，迷信思想并不能在先进技术前取胜，故在义和团运动后期，迷信思想在很大程度上失去了作用，部分义和团员曾经高涨的士气衰落，天津六月八日义和团冒雨出战，练军以三炮相助，“洋人果出，仅三人。各执枪向团，团即反奔，途中自相语曰，天雨矣，可以回家种地矣，似此吃苦何益，次日即散去大半”(《天津一月记》)。而义和团运动后期义和团员违法乱纪的行为则更是屡见不鲜。