义和团起于山东，初以拜神练拳为主，后因发生教案，逐渐演变为仇教团体，自诩有神助，能避炮火，有红灯照、蓝灯照等法术。戊戌政变后，慈禧以外人偏袒光绪，保护康有为、梁启超等维新分子，仇外情绪更烈，山东巡抚毓贤揣摩慈禧懿旨，暗中鼓励拳民，后毓贤调京，袁世凯署鲁抚，压制拳民活动，拳民遂转往直隶发展。直隶总督裕禄最初反对义和团，认为拳民乃恃众戕官之乱贼，应严行剿捕，以免致巨患。然而慈禧不允，裕禄逢迎上意，改变态度，招拳民“大师兄”张德成、曹福田等人，待以上宾之礼，并向清廷保荐拳民可用，时义和团大批人马在涿洲、保定一带拆铁路、毁铁路，局势严重。慈禧密召拳民入京，旬日之间，竟有十万之众入京，太后召见拳民首领，言多奖励，从此亲贵争相信从，庙宇府第，遍设坛场，拳民出入宫禁，横行无忌，大肆烧杀，北京陷入疯狂混乱中。
1898年夏天，慈禧太后废除了光绪皇帝尝试推行了103天的新政，再次剥夺了光绪的权力，并将他幽禁在了这里。光绪被幽禁后不久，慈禧便开始考虑要废黜他，但这却遭到各国一致拒绝，皇帝的“废立”也是举国震惊的大事，慈禧的决定在清政府内部也遭到了反对。最后，在大多数人的反对下，“废帝”一事不得不搁置了下来。 慈禧想用大阿哥取代光绪是想继续控制政权，但外国人的干涉导致废帝计划流产，使得慈禧认为外国人干涉了她的家务，这加深了他们和慈禧的矛盾。外国公使们在拒绝承认中国新皇帝的同时，向慈禧提出了一个他们更加关心的问题，他们联合照会清政府，要求其马上宣布镇压两个反对外国人的秘密社团， “义和拳”和“大刀会”。
19世纪下半叶，西方主要强国通过同清政府签订条约，使西方宗教获得了在中国内地建立教堂和传教的权力，大批传教士自由地进入了中国。可是，大部分传教士利用各种手段在传教地侵占田地、聚敛钱财，甚至越俎代庖干涉中国地方政府的政令;一些入教的中国教民也在传教士的庇护下横行乡里。这种的情况下，以义和拳、大刀会为首的诸多民间组织开始在山东、直隶等地率领百姓攻打教堂、驱逐传教士和惩处不法教民。这一类活动被清政府称为教案，八国联军侵华前的40年间，全国共发生了各类教案800多起。
随着列强对中国侵略的不断深入，“反洋教”运动愈演愈烈，到1900年，义和拳等组织逐渐有了统一的名字“义和团”，并却提出了“扶清灭洋”的统一口号。针对如何处理同外国人的关系和其最为关心的义和团问题，清政府内部出现了完全不同的两派意见：从清政府的最高统治者慈禧来讲，对于是否严厉镇压义和团，也一直是一种矛盾心理。她对义和团采取了剿杀和安抚并用的策略。在1900年战争爆发以前的数年间，清政府对义和团的态度一直是模棱两可的，但是外国人却无法接受这种骑墙的政策，于是，各国此时强烈要求清政府马上明确表态。