洪武初年，明太祖朱元璋在这里驻军，俯临大江，观其如鹅鼻截江，火脉直射金山，曾有过建都的意向。
江阴民风淳厚，敦礼让，尚气节，轻富贵，崇自由。有明一代，如徐麒一类不愿入朝为官者比比皆是。而忠臣义士，也不乏其人。如正德朝，宦官刘瑾擅政误国，在朝任职的三位江阴人：主事黄昭、御史贡安甫、史良佐，就因以挽死谏、以奏章忤，被称为“江阴一时三忠”。天启朝“东林后七君子”中的缪昌期、李应升也是江阴人氏。
弘光政权倾覆，清廷悍然发出剃发令，所谓“留头不留发，留发不留头”，要求江阴全县民众必须剃发。江阴民众，风骨铮然，拒不剃发，因此遭到了清廷数十万大军的疯狂进攻。
孤城江阴在坚守了六十多天后，城内物资已经严重匮乏，每人每天只能吃两顿稀粥强撑苦熬。
为了激励士气，振作军心，一天夜里，城主阎应元选择勇士千人，饱食一顿，趁黑出南门劫营。勇士们或拿板斧，或拿短刀，或用扁担，突入清营乱杀一通，等清军其他营前来相救，阎应元已经带兵入城了。
八月初八，秋风怒号，秋雨暴泻;江阴士民站在雨中守城，任凭炮打，一点投降的意思也没有。夜半，城中善于游泳的勇士偷渡过外城河，钉死清兵的炮眼，拖缓清军的攻势。城里也抓紧修缮城垛，其中南城的城墙比原来还高了三尺。 但随着时间的推移，城内的战斗力越来越弱。
初九日，阎应元预先派人将麦子磨成面粉，制造月饼。
十二日，城中的石灰快没有了，对于被炮火炸毁的城墙已经难以修缮了，粮食也渐渐供应不上了。
从十三日起，阎应元开始放发赏月的物资，一直发到十七日。
中秋之夕，城中百姓带上仅剩的酒水登城，举杯痛饮。诸生许用仿楚歌，作五更传曲，交给善于唱歌的人登高传唱，配以笙笛箫鼓相和。当晚，天无纤翳，皓月当空，清露薄野，剑戟无声。又有一个名叫黄云江的弩师在西边的敌楼操起胡琴。在笙笛箫鼓琴的配合下，歌者放声高唱，歌声悲壮，响彻云霄。
清兵争前倾听，或怒骂，或悲叹，甚至有人哭了起来。清将刘良佐趁机命人作劝降词，使士卒相倚而歌，自己与僚佐欢饮帐中。酒未数行，城上炮发，清兵仓皇四散。
八月二十日，清兵又从南京新调来了一批大炮，吨位高达千余斤，每条船止能载一座，征用周围百姓家的铁器铸造炮弹，每弹重二十斤重。
清兵又筑了许多土垄，以躲避城中发出的箭矢和石块。
午后，大雨如注，清军的进攻在大雨中展开，炮声不绝，整个县城为之战憟震动。
城中的人困疲已经达到了极限，计无所出，只有等死而已。夜里，城上的人响起了尖锐凄厉的呐喊声，刺破人的耳膜，逼人心魄。
清兵闻之色变，都说那是来自地狱的鬼叫声。在城中四边的空旷之处，隐约有数万只白鹅飞起复栖，迫近了一看，又毫无形影。一时传闻四起，那是魂魄升降。白鹅，就是劫数中人的灵魂。
二十一日早上，清军主帅博洛令几百个人搬了二百余座大炮到花家坝专打江阴城东北角。铁弹入城，穿透洞门十三重，树也被击穿数重，落地深数尺。
这天的雨势更急，城头危如累卵。城上的人鉴于炮火太猛，只要看见火光就躲到破墙后面，等炮声过了再登上城楼。清兵觉察了，就故意放空炮，并让炮中只放狼烟，烟漫障天，咫尺莫辨。守城的人听见炮声霹雳，连环不断，纷纷遁于墙后。清兵遂从烟雾中蜂拥上城，江阴由是告陷。
彼时，有红光一线直射入城，正对祥符寺。
阎应元高坐东城敌楼，眼见清军汹涌入城，情知大势已去，索笔题门：
八十日带发效忠，表太祖十七朝人物;
十万人同心死义，留大明三百里江山。
题罢，掷笔提刀，引余部上马从城头杀下，大刀上下翻飞，杀敌无数。拟夺门往西而走，但城外的清军源源不断地往里拥，根本无路可出，遂勒马回城，与清军展开了八次巷战，背脊中了三箭，血染战袍，且力气已竭。
阎应元环视四周，长叹一声，对身后从骑说：“为我谢百姓，吾报国事毕矣。”自拔短刀，朝心口猛刺，鲜血喷薄而出，却没有死。
阎应元瞋目大吼，催马投入前湖。
义民陆正先不忍看大英雄就此离世，跟着跳进湖中施救。
这一救，使阎应元正好落在随后杀来的刘良佐之手。刘良佐与阎应元有旧，见了阎应元，跳了起来，两手拍着阎应元的肩膀大哭。阎应元瞪眼喝道：“别猫哭耗子假慈悲了!事已至此，我只有一死而已，动手吧!”
博洛坐在县署，急索阎应元。刘良佐将阎应元带到堂上，让他跪拜。阎应元挺立不屈，背向博洛，骂不绝口。一名清军士卒为在主子面前表功，刷地朝阎应元的膝头捅出一枪，阎应元闷哼了一声，扑倒在地。
日暮，阎应元被捆绑丢到栖霞庵。当晚，庵里的和尚夜只听到阎应元连呼“速杀我”三字，不绝于口，半夜，声寂然。天明，阎应元的尸体已经僵硬。阎应元的家丁还残存有十余人，全因不降而惨遭杀戮，尸体都堆放在一起。先前跳入湖中救阎应元的陆正先也一同殉难。
有一个叫维新上人的人，在围城正紧之时曾与阎应元晓夜论事，阎应元写有《和众乘城略》交他保存，维新上人将之转交给黄子心，黄子心旁征博引，写成了《阎公死守孤城状》。
副城主陈明遇关闭衙门，亲自点火，烧死全家男女大小共四十三人，自己持刀到兵备道前下马与清兵肉搏，身负重创，握刀僵立在墙壁上，至死不倒。
训导冯厚敦，身着大明朝官服自缢于明伦堂，其妻其姐均投井而死。
中书戚勋、诸生许用，把门关上，自焚。
第二天，清军在城中展开大屠杀，而百姓依旧不屈不挠地与清军展开巷战。清兵防不胜防，只好四下放火。老百姓慷慨赴死，均以先死为幸，无一人出降。
清军故意打开东门，声称走东门者不杀，东门却看不到一个老百姓的身影。清军又声称十三岁以下的童子不杀。但城中的男女老少仍旧陆续投水、蹈火、自刎、自缢，视死如归。
一时间，内外城河、绊河、孙郎中池、玉带河、通塔奄河、裹教场河处处填满了尸体，重重叠，堆积起好几重。其中有四眼井，里面的尸体就有二百多具。有女子自尽前作遗诗：
腐胬白骨满疆场，万死孤城未肯降。
寄语路人休掩鼻，活人不及死人香。
二十三日，眼看满城百姓都已经死光了，清兵这才封刀。
午后，清军出榜安民。城中的人已所剩无几。幸存者，止得躲在寺观塔上的和尚五十三人。
这场战役，守城八十一天，城里死了九万七千余人，城外死了七万五千余人。
江阴以弹丸之地，一城之民，力挠清军二十四万人长达八十一天，可谓坚屈不屈、斗志勃勃，气贯山河，昭著青史!