孔庙中供奉着一百多位神灵，有孔子、四配、十二哲、历代先贤先儒、孔子的先祖等，是一个庞大的祭祀体系。其中主祀者为孔子，其他人员都属于从祀行列，所有荣损也都系于孔子一人之荣损。
正祀——孔子
历代尊奉孔子，其隆重程度直接反映在孔子的谥号封爵上。据史料记载，封建统治者授予孔子“封号”的制度始于汉代，止于1935年，其间共有十余个不同的“封号”。比如：汉平帝元始元年（公元元年），孔子被封为“褒成宣尼公”，这是孔子的第一个封号。东汉和帝永元四年（公元92年）“褒成侯”。北魏孝文帝太和十六年（公元492年）“文圣尼父”。隋文帝开皇元年（公元581年）称其为“先师尼父”“宣尼”。武则天天授元年(公元690年)授为“隆道公”。唐玄宗开元二十七年（公元739元）称为“文宣王”。“文宣”为谥号，“王”是爵位。此“王”并非后世的王侯的王，而是周天子“武王”“成王”的“王”。宋真宗大中祥符五年（1012年），“至圣文宣王”。清世祖顺治二年（1645年）封号：“大成至圣文宣先师”。中华民国二十四年（1935年）封号：“大成至圣先师”。
配享——四配
孔庙威仪，除了彰显于建筑气势与孔夫子盛容外，还体现在一个具有强大阵容的随祀团体上，这个团体可称之为从祀。从祀有尊有卑，就位置来看，享配、十哲在大成殿中，其他从祀在两庑。
四配按地位排列依次是：颜子、曾子、子思、孟子。按配享时间排列依次是：颜子、孟子、曾子、子思。
颜渊在汉明帝首祀七十二弟子时，就已经位列第一，后被称为“复圣”。曾子，因以孝行卓著而成名，后世称为“宗圣”。子思，祖父孔子曾直接教过他，为曾参弟子，独能传授孔门心法。因述圣祖之业，后世称为“述圣”。孟子，孟子比孔子晚生一百年，其一生遭遇和孔子极为相似，是孔子之后儒家第一人，将儒学尽力宣扬并予光大，后世儒家每以孔孟并称，尊他为“亚圣”，仅次于至圣孔子，亦为千古的圣人。
从祀——十哲（十二哲）
孔子弟子三千，贤者七十有二。“十哲”是指孔门七十二弟子中的代表人物。在春秋时期，一是指随孔子周游于陈、蔡中的主要弟子；二是指孔门“四科”中的代表人物。这两项合在一起，就是孔子最初锁定的十哲。用孔子的话来说：“从我于陈、蔡者皆不及门也。德行：颜渊(回)、闵子骞（损)、冉怕牛（耕）、仲弓(冉雍)。言语：宰我(予)、子贡(端木赐)。政事：冉有、季路(仲由、子路)。文学：子游(言偃)、子夏(卜商)(《论语·先进》”。以上就是春秋时代，孔子界定的十哲。
到了唐代，“十哲”又有了新的变更。唐开元八年(72O年)，所定十哲为闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商(字子夏)、冉耕、宰予、冉求、言偃(字子游)、曾参（子舆)。由以上可以看出，春秋时的“十哲”与唐代的“十哲”不同。三国魏至唐代，颜渊已升为配享，故不在十哲之列。春秋时曾参不在十哲之列，在唐代却被列入十哲，正好补了颜回之缺。
由于颜回进入“四配”，故唐代所定“十哲”逐风行于后世。可是唐代所定“十哲”中的曾参，南宋时也进人“四配”行列，故十哲又出现了空缺。到了南宋成淳三年(1267年)，孔门弟子颛孙师(字子长)升为十哲，从而填补了这一空缺。所以南宋至清乾隆二年(1737年)，十哲是闵损、冉雍、端木赐、仲由、卜商、冉耕、宰予、冉求、言偃和颛孙师。这是十哲的最后定位，也是被后世所公认的十哲。乾隆三年（1738年）再增加孔门弟子有若(字子有)和宋儒朱熹,从而构成了“十二哲”。
从祀——先贤先儒
先贤先儒都是中国历史上被推崇的著名人物，是当时社会道德规范的楷模。孔庙从祀先贤先儒，始于唐代。以后经历代帝王增添，改换，到了清末，先贤先儒达到156人。这些先贤先儒上自春秋，下至清末，其中，先贤大多为春秋时期孔子的弟子，另有宋代五位哲人入先贤列。先儒为历代先儒，时间跨度长达二千五百多年。
中国各地孔庙从祀先贤先儒，位置都在大成殿前的东西两庑内。一般只竖牌位书写名字供奉，其中先贤79人，座位排列为：
东庑：(同)公孙侨、林放、原宪、南宫适、商瞿、漆雕开、司马耕、梁鳣、冉儒、伯虔、冉季、漆雕徒父、漆雕哆、公西赤、任不齐、公良儒、公肩定、邬单、罕父黑、荣旗、左人郢、郑国、原亢、廉洁、叔仲会、公西舆如、邦巽、陈亢、琴张、步叔乘、秦非、颜吟、颜何、县宣、牧皮、乐正克、万章。(宋)周敦颐、程颢、邵雍。
西庑：(周)蘧瑗、澹台灭明、宓不齐、公冶长、公皙哀、高柴、樊须、商泽、巫马施、颜辛、曹血9、公孙龙、秦商、颜高、壤驷赤、石作蜀、公夏首、后处、奚容箴、颜祖、句井强、秦祖、县成、公祖句兹、燕伋、乐欬、狄黑、孔忠、公西箴、颜之仆、施之常。申枨、左丘明、秦冉、公明仪、公都之、公孙丑。(宋)张载、程颐。