1740年(乾隆五年)10月9日，荷兰人命令搜查所有在巴达维亚(今雅加达)的华人居民的住处。这最终演变成持续3天的大屠杀—万余华人被屠杀在自己家里，先前抓获的也在监狱和医院里被处死。这就是史上着名的“红溪惨案”。
华人在东南亚的活动可以追溯到很久以前，在西方殖民势力到达东南亚之前，华商在东南亚的地位一直很高。《宋史》记载：“中国贾人至者，待以宾馆，饮食丰洁。”“凡见唐人至其国，甚有爱敬，有醉者则扶归家寝宿，以礼待之若故旧。”在真腊，“土人最朴，见唐人颇加敬畏，呼之为佛，见则伏地顶礼。”(《真腊风土记》)在暹罗，“国人礼华甚挚，倍于他夷……若有妻子与中国人同好者，则置酒饭，同饭共寝，其夫恬不为怪，乃曰，我妻美，为中国人喜爱”(《瀛涯胜览》)。华人因有较高的知识与技能，不仅成为当地官员，甚至享有部分法律豁免权。在真腊，法律规定当地人杀唐人处死，“唐人杀蕃人至死，亦重罚金。如无金，以卖身自赎。”在文郎、加里曼丹，男女通奸罪当处死，但华人与当地女子私通可豁免，但需“削其发，以女妻之，不听归也”。
殖民者来到东南亚后，华人地位开始下降。但荷兰殖民者开发巴达维亚，也多依靠华人承包工程，当局对华人的制砖工艺也很满意。为了将巴达维亚“建成整个东印度最大的城市”，当局千方百计招募华人。1682年，华人达到3101人，1684年，清政府开放海禁，华人源源不断来到巴城。当局开始限制人口入境，并规定华侨必须办理申请和批准手续才能进入，但收效甚微，华人雇主通过向官员行贿的方式继续引入华人苦力。
1719年，巴达维亚城内华侨人口已从初建时的800余人增至4068人，郊区人口则达7550人。1720年，由于欧洲蔗糖市场逐渐饱和，爪哇的甘蔗农场面临来自更便宜的巴西蔗糖的激烈竞争，许多农场主破产，一些绝望的失业者成为了暴民。当局准备将他们强行转移到锡兰(斯里兰卡)。
1727年6月10日，当局规定，凡是最近十年至十二年内居留在巴城的中国人，未申请领取政府所颁发的居留准许证者，一概驱遣出境。由巴城华侨所写的《开吧历代史记》记载，1740年，盗贼四起，警察抓获的罪犯大多是穿黑衣黑裤的唐人。当局经商议后下达命令，凡是看到穿黑衣黑裤的人，一律捉拿。结果不仅无业游民被捕捉，就是许多住在城里的较为富裕的华侨也遭了殃。华侨与荷兰殖民者之间的矛盾进一步加剧。
因为听说被遣送锡兰的苦力上船后会被投入海中，于是苦力拒绝登船，叛乱爆发。聚集在甘达里亚糖厂附近的苦力人数超过5000，公推黄班为首领，准备自卫以图自救。然而华侨中一个名叫林楚的叛徒，向殖民当局告了密。殖民者便以华侨准备进攻巴城为由，发动了大规模的屠杀。
黄班的部队因武器太差，攻城7日不下，撤退。殖民者又以搜查军火为名，命令城内华侨交出一切利器，荷军挨户搜捕华侨，不论男女老幼，捉到便杀，城内华侨居民被屠杀过万。侥幸逃出仅150人。被焚毁的华侨房屋六七百家，财产损失无法估计，这就是当时震惊爪哇、中国和欧洲的巴城大屠杀。因巴达维亚城西有一条河，名红溪，是肇事地点之一，故称为“红溪惨案”。
惨案发生后，荷兰总督华尔庚尼尔被逮捕并死在监狱里。据荷兰史料记载，荷兰国会曾对此事进行辩论，担心处于盛世中的乾隆政府的军事报复以及中断经济往来。
福建总督策楞、提督王郡将此事上奏朝廷。后来经过反复商议，归纳如下看法：被杀华侨是“自弃王化”、“系彼地土生，实与番民无异”、是“彼地之汉种，自外圣化”，因此华侨遭屠杀，“事属可伤，实则孽由自作”，“圣朝”无须加以责备，只是禁止了彼此之间的通商贸易。巴达维亚陷入萧条。
值得注意的是，1603年曾发生西班牙殖民者屠杀菲律宾华侨达2万多人的事件，明朝统治者虽然没有兴师问罪，但对前来的西班牙使者严词谴责。