关于袁崇焕有没有权利杀毛文龙这一点的讨论，首先应该引入《大明会典》的一段史料来分析：
“一总兵镇守官。受朝廷委任、以防奸御侮。凡调度军马、区画边务、风宪官皆无得干预。其相见相待之礼、尤须谦敬。如总兵镇守官有犯违法重事。须用体覆明白、指陈实迹、具奏请旨。不许擅自辱慢。其军职有犯。具奏请旨、已有定例。风宪官巡历去处、亦须以礼待之。并不得轻易淩辱”
这段会典很明确的指出，风宪官对于“总兵镇守官”的处置是必须请旨的，即便是总兵镇守官犯有重事，都必须先具奏请旨，不得擅自处置，连辱慢都不行，必须以礼待之。
这是对“风宪官”的规定，那袁崇焕的官职又是不是也必须依照对“风宪官”的规定行事呢?要搞清楚这个问题，我们需要解析袁崇焕的官衔。
袁崇焕的职衔全称是：
“兵部尚书兼都察院右副都御史，出镇行边督师蓟、辽、登莱、天津等处军务”
这个头衔中有三个职衔称谓：
一是“兵部尚书”;
二是“都察院右副都御史”;
三是“督师蓟、辽、登莱、天津等处军务”。
这个头衔很复杂，其中包含了“本官”、“虚衔”、“派遣”三个内容。
“虚衔”是一种荣职，也是用来确定待遇的;
“派遣”是显示具体操办什么事情，一般为因事特设;
“本官”则是他的职位的根本。
要把这个官衔解析清楚可以从“品级”入手，“品级”既是代表级别，也是解决待遇问题，也就是按什么标准发俸禄，这是每个官衔必须具备的。
在袁崇焕的官衔中“督师蓟、辽、登莱、天津等处军务”是个因事特设的“派遣”职务，既然是因“事”而特设的，那就意味着“事”前根本不存在，所以也就不可能有固定工资标准等着它，故“蓟辽督师”确定不了俸禄标准，仅是个职责描述而已，就是派遣去干什么差事的意思。
就“都察院右副都御史”而言，其在《大明会典》中有明文规定，在京的“都御史”称之为“坐院官”，在外担任总督军务、漕运、粮储、巡抚地方等项的“都御史”为“因事添设”，既是“无定员”，又是“无定衔”，就是说“品级”也没有确定：
都察院
正官，左右都御史二员;左右副都御史二员;左右佥都御史四员。
【以上坐院官、后不全设。其总督军务、漕运、粮储、巡抚地方等项，因事添设、无定员、或以都御史，或以副都、佥都御史，无定衔。见都察院】
袁崇焕显然是在外的，而且是“总督军务”和“因事添设”的，完全符合“都察院右副都御史”这个职位的描述，但根据《大明会典》的规定在外的都御史是既“无定员”又“无定衔”的，所以还是不能解决如何给他发俸禄的问题。
“蓟辽督师”、“右副都御史”都不能解决待遇问题，所以只有按照那个“兵部尚书”的虚衔发俸禄，这正是虚衔的作用，故袁崇焕这个头衔的意思是享受正二品待遇的都察院右副都御史，并专责“蓟、辽、登莱、天津等处军务”。“兵部尚书”作为封疆之臣的“虚衔”就好比确定他们是享受“正部级”的待遇，不过他们虽然享受的是“正部级”待遇但却不是部长。
综上所述，袁崇焕头衔解析如下：
“虚衔”是“兵部尚书”;
“派遣”是“督师蓟、辽、登莱、天津等处军务”;
“本官”是“都察院右副都御史”。
由上文解析可知，袁崇焕的“本官”就是“都察院右副都御史”，而都察院的“都御史”就是“风宪官”，这可见于《大明会典》的记载：
风宪总例
在京都察院、及十三道、在外按察司、俱称风宪衙门、以肃政饬法为职。见诸司职掌、及正统中所定宪纲、条例甚备、各以类分列。其通行难附者、载此
洪武二十六年定左右都御史、副都御史、佥都御史。职专纠劾百司、辩明冤枉、提督各道、及一应不公不法等事。其属有十二道监察御史。凡遇刑名、各照道分送问发落。其有差委监察御史、出巡追问审理刷卷等事。各具事目、请旨点差[4]
袁崇焕身为风宪官，本应是“以肃政饬法为职”，以及维护“正统中所定宪纲、条例”，可他却执法犯法，违反了《大明会典》中风宪官如何对待总兵镇守官的“定例”：
“一总兵镇守官。受朝廷委任、以防奸御侮。凡调度军马、区画边务、风宪官皆无得干预。其相见相待之礼、尤须谦敬。如总兵镇守官有犯违法重事。须用体覆明白、指陈实迹、具奏请旨。不许擅自辱慢。其军职有犯。具奏请旨、已有定例。风宪官巡历去处、亦须以礼待之。并不得轻易淩辱”
这条规定中，要求“风宪官”即便对“有犯违法重事”的总兵镇将，都必须“以礼待之”，而且“须用体覆明白、指陈实迹、具奏请旨。不许擅自辱慢”，“具奏请旨、已有定例”，可以说关于不得擅自处置的规定是一再强调的，但袁崇焕却并没有依照执行，反而是擅自杀了毛文龙。
而且毛文龙还并非一般的“总兵镇守官”，他不仅虚衔到“左都督”的一品大员，还是持有“尚方宝剑”的边帅，虽然袁崇焕也有“尚方宝剑”，但那也不过是和毛文龙有一样的荣威而已。
更为有趣的是袁崇焕知道他没有资格擅自处决毛文龙，也知道他要处置毛文龙必须“请旨”，就在他给崇祯的奏报中他的叙述印证了以上两点：
袁崇焕题：“臣朝西叩头请旨……臣因叩头请旨曰：臣今诛文龙以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。臣不能成功，皇上亦以诛文龙者诛臣……但文龙大帅非臣所得擅诛，便宜专杀，席藁待罪，惟皇上斧钺之，天下是非之。”[6]
袁崇焕斩毛文龙之前，居然向西叩头请旨，实在是令人称奇的事情，他如此的举措显然是显示他没有获得崇祯的任何授意，否则请什么旨?
另外，从他的先临时叩头请旨，可以看出，他应该知道《大明会典》有“其军职有犯。具奏请旨、已有定例”的明文;而后他又称“臣今诛文龙以肃军政”可知，他对风宪官是“以肃政饬法为职”还是了解的，而袁崇焕的恶劣之处就在于他的“知法犯法、执法犯法”到了忘乎所以的地步，而且明目张胆，他最后居然告诉崇祯：
“但文龙大帅非臣所得擅诛，便宜专杀，席藁待罪，惟皇上斧钺之，天下是非之……”
这简直是明知故犯的典型，真不知道崇祯看到这里是什么感觉。与崇祯经过公审评议折腾了几个月后才定了袁崇焕的罪相比，他杀毛文龙时的专断、独行已经远远超越了帝王。
不过，最为可悲的是袁崇焕此举并非是为了消灭后金，而只是为了跟后金议和铺平道路。就为这个目标，袁崇焕就明目张胆的，肆意专杀了另一个军镇，持有“尚方宝剑”的总兵镇守官，这不仅违背《大明会典》相关规定的，属于目无法度之行为，还是对“尚方宝剑”代表皇威的无视，他最终没有被论“谋叛”，而却被陵迟处决，应是被论了“谋反大逆”之罪，这跟他擅杀毛文龙有极大的关系。