“……谨以天主像一幅、天主母像二幅、天主经一本、珍珠锒嵌十字架一座、报时钟二架、《万国图志》一册、西琴一张，奉献于御前，物虽不腆，然从极西来，差足贵异耳。”
3幅宗教画，一幅是玻璃盒内的基督图，系总会长所赠;另两幅为油画，分别是来自罗马的圣路加的圣母像摹本以及描绘圣母玛利亚怀抱耶稣同施洗者约翰在一起的图画。最后这幅不慎被脚夫摔坏成3块木版，利玛窦不无揶揄地说，一摔造成的裂缝使它在中国人眼中变得更古老，进一步提高了价值。万历皇帝将天主像收入内库，两幅圣母像送给皇太后。
一座镶宝石的十字架，一本镀金边、金丝封面的每日祈祷书，并未引发同等关注。多棱镜因光通过它却毫不变样，被当时一些中国人称为“无价的珍贵宝石”，但也没给皇帝留下深刻印象。真正引发他浓厚兴趣的是自鸣钟和西琴。
两座自鸣钟，一座为镀金铁制带有悬锤的大自鸣钟;一座为青铜镀金制小自鸣钟，发条驱动，高只盈掌。与中国传统计时器相比，西洋自鸣钟有复杂、紧凑、耐用的金属结构，可大可小，走时准确，报时直观，更方便可靠。
西琴是一台不通过键盘演奏而用拨子拨弄琴弦的小型古钢琴。它是17世纪意大利造的一种长方形琴身的古钢琴，堪称最早传入中国的古钢琴。当时万历对这种新奇的乐器非常感兴趣，命4名太监学习演奏。一个月后，4名太监每人学会了一首乐曲。这是已知的键盘乐器音乐在中国的最早传播与教学。
利玛窦所说的《万国图志》并非其所著《坤舆万国图志》，实为一本装帧精美的奥特利乌斯的制图学名著《双半球投影世界地图》。介绍了一系列有关地图和地学的西方近代科学方法，包括采用有等积投影和方位等距投影的地图投影方法，打破了中国人天圆地方的传统观念，使其认识到中国只是地球的一小部分。
天文仪器
利玛窦在故乡曾随克拉维乌斯神父学习天文学，能绘制各种日晷的图案以及制造科学仪器，如天球仪、星盘、象限仪、罗盘等。他将这些仪器送给当地官员和学者以打开传教的局面。
日晷
日晷是根据日影方向和长度测定时间的仪器。白昼，太阳在天空中的运动，会使物体的影子随之移动，根据太阳照射在某些物体上的影子可判断时间。“晷”即太阳的影子，日中时，影子指向正北的瞬时为正午，即当地“真太阳时”12时正。
天体仪
标示天体的一种球形仪器，常被用来从事天文学或占星术研究。一般认为古希腊的米利都人泰勒斯(活动于公元前6世纪)是这种仪器的首创者。16世纪地图学家墨卡托于1541、1551年各制造一个天体仪。一根金属轴贯穿天体仪的球心代表天轴，球体可环绕天轴旋转。垂直方向的金属圈代表子午圈，水平圈环则代表地平圈。使用者可根据纬度在子午圈上调节天极高度，从而观测不同纬度、不同时刻的星空景象以及某一天体的地平经度和地平纬度。
星盘
星盘是用来推算时间、观测天文的古代科学仪器。最常用的一种是平面星盘，古代天文学家们用其测算太阳、月亮及其他星体的位置。星盘主体是圆形铜盘，背面装有可绕中心旋转的窥管。观测时将铜盘垂直悬挂，用窥管对准恒星，就可从盘边的刻度上读得相关数值。星盘正面有星图和地平坐标网，对所测数据加以综合，就能得出时间。星盘被广泛用于天文学和地理学，直到18世纪才为六分仪所代替。
浑仪
浑仪是一种球形观测仪，主体由金属圈和窥管构成。有刻度的圈代表子午圈、地平圈、黄道、赤道等，是重要的天文观测仪器。
道德、宗教、科学著作
《畸人十篇》
《畸人十篇》是利玛窦最后一部著作，共10篇。除末篇外，均采用对话体，记录了作者同8位中国文人的谈话，涉及死亡、灵魂不灭、斋戒、灵修、善恶报应、占卜以及财富等诸多方面。
《交友论》
《交友论》是利玛窦第一部中文作品，1595年在南昌写成，中文与拉丁文对照，荟萃西哲格言，引用包括亚里士多德、西塞罗、奥古斯丁等人论友谊的格言上百则。为适应中国文人阅读习惯，利玛窦加了点自己的看法，略加修辞。《交友论》面世后，多次再版，并被编入多种汉语丛书，渐渐融入中国思想和伦理的宝库。
《天主实义》
这本书第一次系统地向中国人论证了上帝的存在、人的灵魂不朽和死后必有天堂地狱之赏罚等教义。内容明显接受儒家思想，将天主教教义与儒家思想汇合，对16至18世纪天主教在中、日等地的传播起了很大作用。这本书还最早把“星期”概念引进中国。
《几何原本》
此书问世后一直是学习几何知识和培养逻辑思维能力的典范教材。欧几里得以演绎逻辑建立数学公理化系统，成为现代公理法源流，其方法论意义深远。
《乾坤体义》
自然哲学著作，共3卷。除介绍地球和天体构造、地球和日月五星相互关系的原理外，概括了作为观测天体准则的几何学原理。该书试图打破天圆地方说与五行相克说，以此取代佛教，拆散儒佛联盟，是利玛窦传教策略的体现。
《二十五言》
利玛窦在南京时写成的小书，约4000字，共25节修身格言，以天主教的精神为基础，强调“禁欲和德行的高贵”。书成于1599年，1604年冯应京出资刊印，徐光启作序推荐。两人的盛名促进了这本小册子的传播，很快取得成功。
《浑盖通宪图说》
1607年，由利玛窦口授、李之藻笔述的实用天文学译著。原作3卷，两人合译2卷，主要讲解了日晷、星盘等天文仪器的实用操作技术。借调和中国传统宇宙论中的浑天说与盖天说，将克拉维乌斯阐发的以地球为中心的水晶球模式(托勒密体系)及其计算方法作为“通宪”(修黄历)的衡量标准，从而实现否定中国传统宇宙论的意向。它和自制的天文仪器、世界地图一起，成为利玛窦征服士大夫心灵的手段。
《坤舆万国全图》
利玛窦在北京时绘制的世界地图，在中国翻刻12次之多，以李之藻1602年刻版的流行最广。利玛窦的地图令明朝帝国精英第一次“放眼看世界”，由此领悟中华文明并非惟一的先进文明。利玛窦为迎合中国人的心态，将子午线从中间向西移动170度，中国被画在了世界中央。