20世纪50年代中期，一项考古计划曾试图解开十三陵所有秘密，最早提出该计划的，是当时中国著名历史学家、时任北京市副市长的吴晗还有郭沫若。这是中国第一份由历史学家正式提出的挖掘古代皇陵的考古计划。但十三陵最终只有一座陵墓的地宫被成功打开，这就是至今中国惟一被考古学家打开的皇陵——定陵。
掘一年方才找到墓葬入口
挖掘古代皇陵的考古行动于1956年春开始。在挖掘计划中，规模最大、保存最完整的长陵是首选目标。然而，对长陵的调查工作进展得并不顺利。最终，考古队决定另找一个陵墓试掘。经多方调查，定陵进入考古队的视野。
1956年5月，试掘正式开始。考古队在定陵宝城一处城砖脱落的位置挖开第一条探沟。探沟刚挖到1米多深，就在宝城内侧的墙壁上发现一块砌在墙里的石条，擦去石条上的泥土，3个刻在石条上的字显露出来：“隧道门”。
十几天后，考古人员在城墙的下方发现一个券门，同时在探沟的两侧发现两道砖墙，两墙之间形成一个隧道，伸向宝城的深处，考古队判断这就是通向地宫的隧道。
为减轻挖掘工作量，考古队没有继续第一条探沟的挖掘，而是在第一条探沟的延长线上挖开第二条探沟。但一个多月过去了，第二条探沟一直没有新的发现，在第一条探沟中曾经出现的隧道砖墙也奇怪地消失了。
进入9月，挖掘工作才出现新的转机。一天，在第二条探沟的深处，一个挖掘工意外发现一块带有刻字的小石碑，上面刻着：“此石至金刚墙前皮十六丈、深三丈五尺”。
明朝人把地宫的墓墙称为“金刚墙”，这块石碑明确提示了地宫的具体位置。
考古队在通向宝顶中心的方向开挖了第三条探沟。到第二年5月，考古队穿透厚厚的土层，找到了坟墓的外墙——金刚墙。在金刚墙上，考古人员发现了一个神秘的梯形开口。它应该就是万历皇帝入葬时的入口。
万历“变”穷凶极恶“大地主”
定陵发掘于1956年5月破土动工，到1958年7月底，清理工作基本结束。据说当时定陵被打开的时候，全部人都惊呆了，金碧辉煌，到处都是宝物，让人应接不暇。可是在短短的20分钟之后，这些宝物却全都变黑了。原来，掘墓的人缺少缺少专业知识，导致这些宝物在接触空气后没有得到保护，结果全部被氧化，十分可惜。
9月，明万历帝后的殉葬品走出地下宫殿，登上故宫神武门城楼，向民众展出。展览后，定陵博物馆筹建人员加速了修补、保护、复制殉葬器物的步伐。
首先要修补、复制的自然是三具尸骨。三具头骨被送往中科院古人类古脊椎动物研究所进行修补。同时，找了两位从事雕塑的老师，做万历帝后的模型。
由于万历皇帝在他们心中是封建地主阶级的典型代表，模型的制作自然要按照地主形象进行艺术加工。 两个月后，万历帝后的三具人体石膏模型送往定陵。只见万历头戴瓜皮金丝小帽，横眉怒目，鹰钩鼻子下挂着一张血盆大口，摆出一副要吃人的架势。左腿长，右腿短，身体极不平衡地站立着，手握皮鞭，侧身站立。似在追赶，又似在战斗和殴打他人。这独特的造型给人的感觉像是旧时一个穷凶极恶的大地主，正在对交不起田租的穷人进行残酷的蹂躏。
其两个皇后则穿红着绿，涂脂抹粉，头戴鲜花首饰，妖冶而凶残，一副典型的地主婆形象。
无知致明代织锦遗产遭损坏
在塑造万历帝后模型的同时，陵园内忙于对出土的织锦匹料进行技术处理和保护。有人建议，丝织匹料可以像古画一样进行托裱，背后衬用韧性大的纸张，以便卷舒。有人建议，糨糊内加入防腐剂，以便长久保存。
可谁知这样的做法却遭到了著名文学家、后来又专门研究古代服饰的沈从文反对，沈从文觉得大家缺少对于明代织锦的保护知识，这根本就是在搞破坏。
有些袍服的处理，也不尽如人意。比如用“聚甲基丙烯酸甲酯”（塑料）加入软化剂涂在半腐的衣服上，时间稍久，衣服颜色变深，软化剂蒸发，质料变硬，硬作一块，不能展开。这种轻率的处理方式未经反复实验，匆匆上手，效果不佳，只能停止。
经过一年的艰苦努力，定陵的出土文物基本上已修补、复制完毕。 1959年9月30日，定陵博物馆正式宣告成立。
但是，定陵中出土的许多文物因为无知而被损害，当时很多人效仿挖掘陵墓的风气，纷纷准备再向唐陵、清陵等动手，但是都被制止了，现在看来，还好被制止了。
官员发话 帝后棺椁扔下山
定陵博物馆一经开放，游客蜂拥而至。遗憾的是，在这深达27米的地宫深处，他们看到的只是一座空荡荡的洞穴。不少游客都失望地问道：“皇帝皇后的原棺椁哪里去了？打开地宫的时候不是还在吗?”
棺椁确实消失了。颇具戏剧性的是，它的消失和定陵博物馆的成立，竟是在同一天进行的。
1959年9月30日晨，曾铲下定陵第一锹土的民工王启发，接到博物馆办公室主任的指示：“马上就要开馆了，既然复制的棺椁已经做好，原来的棺椁就没用处了。你带几个人到地宫清扫，把那些棺木抬出来，好迎接领导来检查清洁卫生。”
于是，几个员工围住楠木棺，要取四周的铜环，便挥镐劈了起来。几十名警卫跟着主任来到棺木前。“大家辛苦一下，把这些木头板子扔了。”士兵们在主任指挥下喊着号子，将沉重的棺木抬起，来到宝城上。随着主任一声威严的口令“扔——”，战士们一齐用力，三具巨大的棺椁被掀下墙外，哗啦啦滚入山沟。
据说，这些珍贵的木头被扔到山下之后，都被当地的村民当做好东西留了起来，有的做成了自己的棺材、有的加工成了衣柜。但是，捡到这些木头的村民，离奇的全都死了。
封建思想 帝后骸骨被一把大火烧光了
1966年，是一段动荡的岁月，各种打倒、批斗，波及到众多人，就连万历帝后的三具尸骨也没能幸免。
为了彰显反对“保皇派”的先进思想，一声令下，烈焰腾起，广场一片火海。木柴伴着尸骨，在烈焰中“啪啪”炸响，似在呻吟，又像在反抗。烟灰四散飘落，纷纷扬扬，空气中散发着刺鼻的气味。随着一声炸雷，大雨倾盆而下。燃烧的尸骨在涌动的水流中浮荡飘摇，和翻起的泥土融为一体，重新回到了广袤的大自然之中。