当年“辛丑条约”签成，两宫移驾回京，段祺瑞奉袁世凯之命，率部在道路两旁立正行礼。醇亲王载沣见了，当场就责问他：“这是你的部队吗？……见了两宫圣驾缘何不下跪？”
段祺瑞认为，不下跪很正常，因为北洋新军是按照德式操典训练的，根据操典规定，军仪就是最高礼节。
载沣闻言很是不悦：“难道大清的新军仅有你一家？”
载沣不但是亲王，还是当朝皇帝光绪的亲弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客气地给顶了回去：“别的新军如何，属下不清楚，但我这是按操典规则行事。”
“大胆！”载沣顿时被对方的倔犟态度给激怒了。
就在众人都在替段祺瑞担心的时候，有人出来给他解了围——坐在轿子里的慈禧太后传下话来：“新练之洋队参用西法，训练有素，堪为栋梁。”
有了这道旨意，载沣才不好再说什么了。
说起来，彼时的北洋系确实是过于惹眼，他们所掌握的北洋新军已渐渐超越旧军，成为全国首屈一指的军事力量。特别是在1905到1906年之间，国内两次组织秋操（指秋季的军事演习），在这两次规模宏阔的秋操中，新军都引起了国内外舆论的密切注意。
英国驻华公使朱尔典看完秋操后，在会见清廷大臣时直言不讳：“我看中国之军事，唯有新建陆军，而中国之军事统帅，也唯有袁总督大人（袁世凯）了。”
因秋操而声誉鹊起的不仅有袁世凯，还包括段祺瑞。段祺瑞担任秋操中的北军总统官，他所指挥的北军在与南军的对抗中略占优势，之后其知名度和权力便犹如长了翅膀一样的扶摇直升。
面对北洋系势力的急速膨胀，以铁良、载沣、良弼为代表的一批满清贵胄，即所谓“中兴派”，均深感威胁。其实掌控中枢的慈禧又何尝不是如此呢，但是觉得不安是一回事，怎么做又是另外一回事。
为什么要编练新军？当然是因为旧军太不足恃，而指挥训练新军又得依靠袁世凯、段祺瑞这些人。如果像“中兴派”所设想的那样，将北洋系扫地以尽，效果可能适得其反。
慈禧不会干这种傻事。作为一个宫廷权力斗争的高手，这个老太婆向以狠鸷多智著称，其心机和魄力决非一般妇女所能及——只要试想一下，连曾国藩、李鸿章等中兴名臣，都曾被她放在手掌中拨拉来拨拉去，又何况袁世凯这些后起之辈。
“下跪事件”发生两年后，身为北洋魁首的袁世凯突然调任军机大臣兼外务部尚书，看上去官职是升了，实际却是拿走了他手中最重要的兵权，随之而来，段祺瑞等北洋系将领也都不同程度地坐了冷板凳。
在袁世凯调任军机处之前，陆军部已经收回了北洋六镇中的四镇，但是四镇军官仍出自于北洋系，于是铁良和良弼便酝酿对这四镇中的各级军官进行改组。由于触及自己的底线，招致了袁世凯及其北洋将领的剧烈反弹，双方闹得不亦乐乎。
慈禧看到后，立即出面调节，让与袁世凯私下关系不错的庆亲王奕劻掌管陆军部，“中兴派”的改组计划由此搁浅。
驾驭满汉大臣，慈禧的一贯策略就是这样，即恩威并用，权不旁落。她一方面利用“中兴派”乃至一些反袁汉臣的意见，用明升暗降的办法，对袁世凯及其部属进行压制和防范，另一方面也对“中兴派”的过激举措进行适当限制，以免把袁世凯逼得太紧太急。