为了让朱由检顺利即位，杨涟可谓呕心沥血了，他昼夜不休，短短六天，须发尽白，连朱由检都感动了，多次赞他是忠臣。
然而，当杨涟看到魏忠贤等阉党独揽大权，残害忠良时，他再也坐不住了。
他写好奏折，本打算当面揭露魏忠贤的面目，然而最后还是落到了魏忠贤的手里。
魏忠贤利用了大字不识几个的朱由检，结果是魏忠贤躲过此次弹劾，罢免杨涟，并要将杨涟置之死地。
锦衣卫许显纯在魏忠贤的授意下，逼着汪文言诬陷杨涟，汪文言宁死不屈，最终被害死。
许显纯之好自己诬陷杨涟，当杨涟被抓回北京受审时，一路上百姓夹道痛苦，都“悉焚香建醮，祈祐涟生还”。
杨涟被关进了诏狱，在这里，他被各种折磨，但每一次的酷刑，都会让他更伟大。
首先是拷打，五天一次，每一次都要打到不能打，打到濒死，下巴被打掉了，牙齿被打掉了，体无完肤，杨涟不说一句话；
接着是钢刷，刷了几次，杨涟“皮肉碎裂如丝”，想想就触目惊心，但杨涟骂不绝口；
还有拶指（夹手指）、夹杠等等，都没让杨涟屈服。
栽赃没用，那就只能偷偷杀了。
许显纯用铜锤砸杨涟的胸膛，肋骨几乎全断了，但杨涟没死；
用一只装满土的布袋压着他的身子，这种方法一夜就能让人死，但杨涟还活着；
把铁钉钉入了杨涟的耳朵，杨涟坚强的活着；
最后，许显纯把一只铁钉钉入了杨涟的头顶，杨涟当场气绝身亡。
最后，收敛杨涟尸体的时候，已经溃烂碎了，仅得破碎血衣数片，残骨数根。
一同被害的还有左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章五人，时人称之为“六君子”。
但魏忠贤还是没放过他们，为了不让他们死后还能说，居然把他们的喉骨挖出来烧化成灰。