秦始皇是个心胸开阔的帝王，对诸子百家更是兼收并蓄。汉代出于独尊儒术的目的，污蔑秦始皇严刑峻法，一心要灭绝儒家学说。后世很多文人鹦鹉学舌，这类文字汗牛充栋，甚是可笑，甚是可恶。
其实，只要认真读《史记》我们就会发现，秦始皇并不排斥儒家学说，而且始终重用儒生。对诸子百家学说也是兼收并蓄。
比如《秦始皇本纪》就记载，二十八年秦始皇东巡时，就在山东与鲁国的儒生一起讨论问题（二十八年，始皇东行郡县，上邹峄山,立石，与鲁诸儒生议）。
秦二世的时候，儒生仍然在秦国高层发挥作用（陈胜起山东，使者以闻，二世召博士诸儒生问曰）。
陆贾、郦食其、张苍、伏生和叔孙通，都是在秦帝国高层担任职务的儒生。
张苍在秦帝国担任御史，叔孙通是侍奉在秦始皇身边的博士，陆贾和郦食其都是当时有名的儒生。他们在秦始皇执政期间，始终受到重用，从未受到迫害。可见，秦始皇并不讨厌儒生。说秦始皇要灭绝儒生和儒家文化，是汉代帮闲文人的谎言。
南宋史学家郑樵在他的史学著作《通志，校雠略一》中说：
“陆贾，秦之巨儒。郦食其，秦之儒生。叔孙通，秦时以文学侍诏博士。数岁，陈涉起山东，二世召博士诸儒生三十余问其故，皆引《春秋》之义以对。是则秦时未尝不用儒生与经学也。叔孙通降汉时，自有弟子百余人，齐、鲁之风未尝替。则知秦时未尝废儒。”
郑樵这段话，其史实引自《史记》等前朝史书。其中说到秦二世的时候，陈涉在山东起事，秦二世曾经召博士和儒生30多位来寻找对策。这些儒生都拿儒家经典《春秋》里的微言大义做回答。可见儒生在秦帝国是受重用的，儒家经典也没有受到禁毁。
郑樵还说，大儒叔孙通投降汉朝的时候，手下有门生一百多人，可见秦始皇并不是不允许聚众讲学，并不是不允许学习诸子百家的学说，只是要以秦帝国认可的公职人员为师。从这点意义上讲，秦始皇比罢黜百家，独尊儒术的汉代更民主，更开明。
清代著名学者康有为也曾说：
“秦虽不尚儒，然博士之员尚七十人，可谓多矣。且召文学甚众。伏生、叔孙通即秦时博士也，张苍即秦时御史。自两生外，鲁诸生随叔孙议礼者三十余人，皆秦诸生，未尝被坑者。其人皆怀蕴六艺，学通诗书，逮汉尤存者也，然而以坑儒为绝儒术，亦妄言也。”
康有为认为，秦帝国中用了很多儒生，这些人都精通儒家经典诗书，精通六艺，一直到汉代建立，仍然发挥着作用。可见说“坑儒”是为了灭绝儒家学说，是不负责任的妄言。
秦始皇留下的多处碑刻，也印证了秦始皇对儒家学说是取其精华去其糟粕地加以运用的。比如泰山石刻中明确写着“男女礼顺”的内容，这就是要求在思想教育方面要推行儒家倡导的道德礼仪规范，以道德范畴的礼来协调人与人之间的关系。勒石中还强调移风易俗，创造“廉清”的社会环境，这些都有儒家思想的成分因素。
对于诸子百家的学说也是如此。秦始皇二十八年在琅邪刻石中有：为官者要怜惜百姓，努力工作。征发劳役不要耽误农时，要让各行各业都有所发展，让百姓安居乐业，不要动兵打仗（“忧恤黔首，朝夕不懈”，“节事以时，诸产繁殖。黔首安宁，不用兵革”）。
这与墨子的民本思想很相近。新近出土的里耶秦简也证明了，秦始皇倡导这样的治国方略，并实际得到了贯彻执行。
里耶秦简中，洞庭郡守礼在给属县下达的公文中说：“农忙时不要劳动百姓服徭役。平时需要动用百姓服徭役的，能简省的不简省，将受到弹劾，还要按律治罪。（“田时，不欲兴黔首”，“可省少弗省少而多兴者，辄劾移县，亟以律令具论。”）
这是实实在在见诸于秦始皇具有大政纲领性的刻石，和地方官员具体实施的命令文书，这比带有明显偏见的形容词真实可信。