光绪、慈禧死后，社会上关于袁世凯弑君之说喧嚣。有一京报说光绪死时留五百字的遗言要杀袁世凯。真实情况是光绪的弟弟、摄政王载沣载沣确实已经开始解决袁世凯的去留问题，袁世凯半夜被召至宫中，此后便一去不归。他的部下们惶惶不可终日，大有草木皆兵之势。
段祺瑞首先展开营救行动。他在赴京打探到详情后，立即赶回保定，一回保定他就“病”了，而且“病”得很重。他的亲信幕僚、北洋新军的中高级军官纷纷赶来探视，就在探视过程中，段祺瑞用含蓄的方式向他们传递了信息：假装搞操练，并且要给外界确有其事的印象。
很快，陆军部就得到报告，说北洋军及其陆军学堂即将举行大规模冬操。
不经陆军部批准就擅自举行冬操，无疑是在犯上作乱。朝廷闻讯很是吃惊，可是往下追查，各部队又都推说并无此事，是有人故意制造谣言。
就在载沣等人惶恐不安的时候，陆军部又得到了一份更为惊人的报告：保定发生了大规模兵变。
与前面那份查无实据的报告不同，这次是来真格的，而且提供报告的人就是坐镇保定的段祺瑞！
原来就在段祺瑞放风要搞冬操的时候，几个月前刚调到保定的北洋第十六镇第十一协发生了火并事件。事件本身并不大，不过是几个聚赌的士兵发生争执，然后互相打了起来。
这种事情在新旧军中都不是什么了不得的新闻。段祺瑞开始处理时也没怎么太放在心上，随后一想，却发现居然是个天赐的好机会。
他立即从“病床”上爬起来，命令手下接通与第十一协协统李纯的电话。
“是秀山（李纯的字）吗？我是段祺瑞，你那边发生兵变了！”
“兵变？”李纯一时还没反应过来，“段大人，不是兵变，是几个士兵因赌博而……”
“是兵变！”段祺瑞打断对方的话，用斩钉截铁、不容置疑的语调说道：“你听着，你那里发生了兵变！你当怎么处置？”
“率兵弹压？”李纯终于有所领悟。
“对，立即弹压，声势越大越好！我随后带兵增援。”
就这样，兵营中一件芝麻绿豆般的事件被越炒越大。真实发生的“兵变”自然比捕风捉影的“冬操”更吓人，也让朝廷大为震动。
据说，载沣在摄政当国后就已经草拟了严惩袁世凯的谕旨，最终没有下达，原因固然很多，但段祺瑞策划的这一系列行动不能不说起到了一定作用。
1909年1月，朝廷以袁世凯“现患足疾，步履维艰，难任职任”为由，将其开缺回籍。
袁世凯虽被罢官，但项上人头总算还是保住了。当他乘火车路过保定，见到段祺瑞时所说的第一句话就是：“芝泉（段祺瑞的字），这次全亏你了！”