李莲英死后身首分家，肯定是被杀。那么是谁杀了他呢？民间有猜测种种。有人认为，李莲英可能是触犯了国法被杀身的。这很符合他身首异处的实际情况，但斩杀李莲英是个重大事件，重要新闻，怎么史料无记载，世间无传闻呢？可见，此说不可能。有人说，李莲英是因为讨债，被人暗杀于河北、山东交界之处的。还有人一说，他确是病死的。他的后人曾说他是善终，是因得了痢疾，医治无效病故的。由得病到病终前后仅四天时间。他一生虽然享尽了荣华富贵，但始终为自己是个太监，为“半残之身”而羞耻，以为死后没脸去见自己的列祖列宗，于是留下遗嘱，死后只留头颅，将身体舍弃掉了。这个猜测还是有一定道理的，但是，一点这方面的证据也没有。还有的人说，他是被暗杀的。因为当时正值辛亥革命爆发前夕，暗杀成风。李莲英是慈禧的鹰犬，与慈禧狼狈为奸，卖国求荣，干尽了坏事，为了打击封建势力和旧王朝，革命党人刺杀了他。
但是，上述所有的说法都还停留在猜测的层次上，李莲英的死因及其身首异处的政治谜团，还有待于新的史料的出现才能最终解开。