付款方式
债券
由清政府发出五种债券，按分摊数额交给各国收执，并以关税、盐税和常关税作为担保。帝国主义遂将各通商口岸50里内的常关税也划归外国人管理的海关税务司管理。
额外款
"镑亏借款"。《辛丑条约》规定，赔款数目虽按银两计算，因帝国主义国家的货币用金，还须按照白银市价折合为金币，这样亏损很大，这种亏损称为"镑亏"(以英国货币金镑为代表)。清政府为筹付这笔额外支出，1905年4月又向汇丰银行订借英金一百万镑，借款利息五厘，期限20年。
庚款办学
由于这笔赔款金额过于庞大，经当时驻美公使梁诚跟美方交涉，后来美国退还了部分赔款，应付赔款2444万，美国将当时尚未付足的1078万从1909年1月起退还，但强迫清政府必须用于帮助建立赴美留学教育系统。对中国进行精神、文化侵略。最初称为“清华学堂”，为留美预备学校，即后来清华大学的基础，成为后来中国最优秀的高等学府之一。英国后来也退还了部分赔款。在中国从事传教、经商30余年的史密斯,曾于1906年向美国总统建议"退还庚款"来培植中国学生。1907年美国国会通过了用"退还庚款"来教育中国学生的提案，1909年付诸实施。从1923年起英、法、意、比、荷各帝国主义国家也竞相效仿，用此款办起了大、中、小学，甚至幼儿园。
还款结果
一战影响
没有还完，主要原因有：1.一战影响：第一次世界大战期间，中国加入协约国参战，作为战胜国，停止对战败的德、奥赔款支付;十月革命胜利后，俄国部分的庚款余额，苏俄亦在1920年宣布放弃;美、英、日、荷四国部分的庚款余额则改订偿付办法。 抗战影响
2.抗日战争影响：1937年7月7日，抗日战争全面爆发。但中国并未停止支付对日赔款，甚至是在淞沪抗战爆发之后，民国政府仍指示相关部门向日本及时足额支付赔款。1937年9月7日梅乐和指示关务署：“当一二八淞护战之时，善后借款按月应拨日本部分，亦均经按期照付。”直到1937年9月国民政府财政部才命令海关税务司不再向日本拨付赔款，改由总税务司在汇丰银行开立了“备付日本庚款专帐”，按月划拨入帐，先后有十六个月之久，到1938年底共达52.5万英镑。这笔款并未交付日本，最后被海关洋员以退休养老金方式吞没了。这样，中国对日本的庚子赔款实际是支付到了1937年8月底，至此，中国对日庚款之余额有1858万两，中国对日庚款的实际支付总数计为5736万海关两。随着日本侵略中国的加剧，英美等帝国主义国家与日本在中国的既得利益冲突尖锐化，中国也无力赔款。于是英、美等国于1938年纷纷停止"庚子赔款"。至此，中国共赔款白银已近6.532亿两，折合银元近10亿元。