综合起来，有如下几种说法：有学者指出，建文帝出逃之后，削发为僧，云游四方，最后回到了江苏吴县穹隆山皇驾庵，并一直生活在这里，直到1423年病逝于此。
最近，对中国古文字深有研究的学者林国恩指出，写于贵州山谷之间的“红崖天书”，实际上就是建文帝逃亡后所写的一份讨伐朱棣的檄文，目的是号召臣民支持他重登帝位。（“红崖天书”写在贵州省安顺地区晒甲山的一面山崖上，字形似文似图，若篆若隶，因字条红色，又无人能破译，故称此名）以上是两个比较有影响的说法，
除此之外，还有泛舟海外说、隐居四川说等。
历史留下的悬疑使我们有很大的想象空间。《明史》中记载，郑和下西洋除“耀兵异域”外，另一个目的就是奉朱棣之命，在海外秘密寻找建文帝下落。看来，朱棣对于民间的传说还是半信半疑的，他自己也不敢轻视，也许他的一生都要生活在这个阴影下。