第一种说法是清朝官方的“正常病死说”。在朱寿朋的《光绪朝东华录》中载有慈安的遗诏，说她在“（1881年农历三月）初九日偶染微疴，初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留”。但是这种“因病致死”是那样的快速而又突然，连当时的当事者也大为怀疑。据《清稗类钞》载，在慈安初感身体不适时，御医薛神速辰为她诊脉，认为“微疾不须服药”，没想到当晚就听说“东后上殡，已传吉祥板（棺木）”，大为诧异，还以外间论传。后来噩耗证实，他大戚日：“天地间竟有此事，吾尚可在此？”是不信慈安是因病致死。另一位当事人左宗棠，当时任军机大臣，突然听说慈安得病身亡，顿足大声说：“昨早对时，上边（指慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？”
第二种说法是因慈禧与慈安交恶，慈安被迫自杀说。据《清稗类钞》另一种记载，慈安与慈禧共同垂帘听政，慈禧权欲极重，慈安却倦怠少闻处事，并不与之争权，因此倒也相安无事。但到了1881年初，慈禧患血崩剧疾，不能视事，慈安有一段时间独视朝政，致使慈禧大为不悦，“诬以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激”，以致慈安气愤异常，又木讷不能与之辩，恼恨之下，”吞鼻烟壶自尽”。
第三种说法是慈禧进药毒死说。据恽毓鼎的《崇陵传信录》说，垂帘听政的两太后一天闲谈起咸丰末年旧事，慈安对慈禧说：“我有一件事，一直想跟你说。请你看一件东西。”慈安从小箱子里取出一张咸丰留下的遗诏给慈禧看。内容是他对慈禧其人很不放心，如慈安果然发觉慈禧有什么不安分守己的事，可以在众大臣面前宣读此诏，除掉慈禧。慈安笑道：“我们两姐妹相处久了，处得很好，何必留下它呢？”当场把遗诏烧了。慈禧脸都红了，谢过慈安，怏怏而去。光绪七年（1881年）三月十一日，慈安在庭院中看金鱼休闲，慈禧那边来了一位太监，送来一盒点心说：“这种点心，西佛爷觉得好吃，不肯独用，送一点给东佛爷尝尝。”慈安高高兴兴地当场尝了一块。于是，当天慈安忽然得病，很快就死了。
另外慈禧毒死慈安的原因还有一种说法，见于《清宫琐闻》。光绪当皇帝后，虽说是东西两太后同训朝政，实际点慈安不大管事，在宫中吃斋念经，一切都是慈禧说了算。于是，慈禧得以为所欲为。当时有名伶杨月楼，被召进宫演戏。慈禧看上了他，经常召他进宫，甚至留他在宫中过夜。一天，慈安有事找慈禧，慈禧不在，只见杨月楼睡在慈禧床上。慈安大惊而退。慈禧知道后，特别害怕，马上让杨月楼吃下一碗杏酪后出宫。杨回家后就死了。慈安并不打算追究此事，但慈禧一直忐忑不安。一次，朝廷讨论表彰某大臣家人节烈的时候，慈安借这个机会好言好语地规劝慈禧。慈禧不安，心里更不是滋味。过了几天，慈禧让宫婢给慈安送去点心，慈安吃过后便暴卒，连太医都来不及叫。作者说，这是当年在宫里的一位宫监告诉他的。王无生《述庵秘录》所记与此说相同，但有小异，同慈禧来往的名伶姓金。慈安发现他们二人睡在一起，痛责之，于是引起慈禧的杀机。
但是，总的来看，上述说法大多都出自传闻与野史笔记，究竟真相如何，有待进一步的探索和研究。